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[发明专利]基于多标记学习的抗菌肽活性预测方法-CN201410712399.6在审
发明人：周丰丰;王普;肖绚;葛瑞泉;刘记奎 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2014-11-28 - 公布日： 2015-04-01 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：基于多标记学习的抗菌肽活性预测方法通过提取肽序列对应的氨基酸成分，然后根据物理化学属性编码获取对应的矩特征，共同构成肽序列的特征向量。每条肽序列的特征向量是由两部分构成，一是氨基酸成分，二是基于物理化学属性编码提取的矩特征。采用最小二乘的多标记学习算法计算最小化变换矩阵W，则能够通过变换矩阵W得出待测样本的各标记输出，根据各标记输出获取预测类标签向量集合。根据类标签向量集合快速准确预测抗菌肽序列的活性。因此，能够获取肽序列各个角度的形状特定，从而能够快速、准确、自动标注抗菌肽活性。
基于标记学习抗菌活性预测方法

[发明专利]用于预测肽的免疫原性的系统和方法-CN201380039722.1在审
发明人： P·帕斯;F·J·阿斯瓦德 -专利权人：拜尔健康护理有限责任公司
申请日： 2013-03-14 - 公布日： 2015-04-01 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明提供了预测肽的免疫原性的系统、计算机可读存储介质和方法。在某些情况下，所述系统包含：a)肽的模型、MHCII蛋白的模型和T细胞受体的模型；和b)用于以下的可执行程序：(i)评估包含所述肽、所述MHCII蛋白和所述T细胞受体的复合物的分子间相互作用的强度以提供预测所述肽的免疫原性的得分；和(ii)输出所述得分。
用于预测免疫原性系统方法

[发明专利]基于生物云平台的文章分析系统和方法-CN201410555021.X在审
发明人：郑洪坤;刘戈;刘东源 -专利权人：北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2014-10-17 - 公布日： 2015-03-25 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开了基于生物云平台的文章分析系统和方法，其中系统包括：用户界面模块、请求分析模块、图表呈现模块、综合分析模块；用户界面模块用于获取并发送用户请求；请求分析模块用于接收用户请求并对用户请求进行分析，指示将指定的文章内容发送给图表呈现模块；图表呈现模块接收并将指定的文章以图表的形式进行展示；综合分析模块根据图表呈现模块中展示的图表对测序数据进行分析，并将分析结果以图表形式在图表呈现模块进行展示。用户可以根据指定的文章内容中所采用的逻辑分析方法对测序数据进行分析，最终以图表呈现，图表与文章中图表呈现形式高度相似，使得数据分析方式不再局限于传统业务线流程的单一性，提高对测序数据的处理效率。
基于生物平台文章分析系统方法

[发明专利]一种基于组学数据的药物再利用方法-CN201410421497.4在审
发明人：张明;奚正蕊 -专利权人：奚正蕊;张明
申请日： 2014-08-26 - 公布日： 2014-12-17 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明开发了一种药物再利用的新方法。具体说是涉及一种整合人类糖尿病相关全基因组关联分析，蛋白质组学和代谢组学的数据分析结果，筛选人类糖尿病相关风险蛋白质，结合药物开发数据库发掘作用于人类糖尿病相关风险蛋白质的上市药物或临床实验药物信息，并利用公用数据库整合人类糖尿病发病机理信息的方法；挖掘了58个针对其他疾病的上市药物或者临床实验药物具有治疗人类糖尿病的新用途。
一种基于数据药物再利用方法

[发明专利]用于检测染色体获得和丢失的系统和方法-CN201380005951.1在审
发明人：考珀·帕洛 -专利权人：珀金埃尔默细胞科技德国公司
申请日： 2013-01-18 - 公布日： 2014-12-17 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明描述了一种修改的主成分分析技术，其用于分析相对小的数据组以用于检测染色体非整倍性和/或微缺失。不同于用于微阵列研究的分析技术，本发明技术使用并不涉及执行协方差分析的修改的主成分分析。本文中所述的方法、系统和设备在用于检测染色体非整倍性和/或微缺失的测试中允许明显减少数据噪声，产生更少的非决定性结果。
用于检测染色体获得丢失系统方法

[发明专利]生物样本的分析系统-CN201410136129.5在审
发明人： P.弗兰克;C.纽豪斯;S.罗里格 -专利权人：霍夫曼-拉罗奇有限公司
申请日： 2014-04-04 - 公布日： 2014-10-15 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明提供分析生物样本（108）的分析系统（100，300，400），分析系统包括分析仪（102），分析仪包括分析生物样本以获取分析结果（140）的分析单元（106）。分析仪配置用于接收化验盒（110），化验盒包括识别符（114）并且包含分析生物样本的至少一种试剂。分析仪包括用于读取识别符的识别单元（116）。分析仪在识别符有效的情况下接收化验盒。分析系统还包括方案创建系统（150，104）。指令使得处理器：从用户接口（158）接收（200）分析方案参数（164）；使用分析方案参数生成（202）定制分析方案（138）；链接（204）定制分析方案到无效识别符，这改变无效识别符为有效识别符，以及传递（206）与现在有效识别符相关联的用户创建分析方案到分析仪控制器。
生物样本分析系统

[发明专利]基于模糊测度的基因重要度追踪方法-CN201410361374.6在审
发明人：王金凤 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2014-07-25 - 公布日： 2014-10-08 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于模糊测度的基因重要度追踪方法，将人体的各个基因看作预测特征，通过模糊积分的变形构造线性方程组，采用L1-norm归一化方法求解模糊测度值，获得一组带有少量非零值的解，从而追踪到与之相对应的基因或基因组合对疾病影响的重要度。本发明的基于模糊测度的基因重要度追踪方法采用基于L1-norm的方法对基于模糊测度的模糊积分运算的变形进行参数求解，摈除了传统的假设特征独立的前提，认定各个基因以及各个基因之间的组合都有可能对疾病有着一定的影响，而影响的程度由求解得到的模糊测度值来描述，可以快速确定影响疾病发生的重要基因或基因组合。
基于模糊测度基因重要追踪方法

[发明专利]生物表型数据采集系统-CN201410323309.4在审
发明人：田志喜;周正奎;马燕明;王正;房超;于艳军 -专利权人：中国科学院遗传与发育生物学研究所
申请日： 2014-07-08 - 公布日： 2014-10-08 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种生物表型数据采集系统，其包括：一数据记录设备、一数据处理设备以及一打印设备，其中：所述数据记录设备为能够读取、记录及传输标签数据的便携式数据采集、记录装置；所述数据处理设备为内置有生物表型信息管理系统的计算机，能够将所述数据记录设备收集的表型数据导入，以及数据整合、建档，同时生成相应的ID号和标签，并通过所述打印设备进行打印。本发明能够降低劳动强度并有效提高数据准确性，实现生物表型数据的数字化管理。
生物表型数据采集系统

[发明专利]半目半目：高通量测序数据的平行比较分析-CN201180076272.4有效
发明人： J·Z·森波;D·豪斯勒 -专利权人：加利福尼亚大学董事会
申请日： 2011-12-20 - 公布日： 2014-09-24 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：通过利用相对于参考基因组序列的子串的已知位置递增地同步序列串，在子串的比对基础上构成差异序列对象。然后生成输出文件，其包含关于仅参考基因组的相关变化。
半目半目通量序数平行比较分析

[发明专利]多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法-CN201210576343.3有效
发明人：彭丰斌;魏彦杰;张慧玲 -专利权人：中国科学院深圳先进技术研究院
申请日： 2012-12-26 - 公布日： 2014-07-02 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法，包括以下步骤，S1、选择蛋白质模型：二维整点HP模型；S2、确定能量函数；S3、搜索自由能最小的蛋白质二维构型：采用对等模式的MPI并行算法搜索能量最小的蛋白质所对应的二维结构的步骤为，本发明提供的多聚谷氨酰胺致病机理的分析方法与现有技术相比，采用在多聚谷氨酰胺蛋白质构型群体中，构型个体的温度由该个体次序所决定，通过将较高的温度分配给较差的个体，使之更有可能向较好的个体变动；同时，使用降温因子加速收敛速度，采用并行方式可加快收敛速度。
谷氨酰胺致病机理分析方法

[发明专利]基于三维空间静电势重构的新型蛋白质粗粒化计算方法-CN201210563541.6无效
发明人：李国辉;仲心珏;李焱;沈虎俊;张鼎林 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2012-12-21 - 公布日： 2014-06-25 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明涉及基于三维空间静电势重构的新型蛋白质粗粒化计算方法，包括以下步骤：首先计算不规则表面蛋白质表面离散点电荷的位置；然后将该离散点电荷进行优化并采用最小二乘法得到优化的点电荷的电量，得到蛋白质粗粒化的结果；根据优化后的点电荷的电量和位置生成蛋白质周围静电势，最后根据其与蛋白质周围原有的静电势之间的误差评判所得蛋白质粗粒化结果。本发明通过少数的点电荷对不规则表面蛋白质的表面进行离散，简化了蛋白质表面的重构；通过最小二乘的原则得到离散点电荷，在可以接受的误差范围内，大大的减少了动力学模型和能量分析过程中的计算量。
基于三维空间静电势重构新型蛋白质粗粒化计算方法

[发明专利]基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法-CN201210563431.X无效
发明人：李国辉;张鼎林 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2012-12-21 - 公布日： 2014-06-25 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明涉及基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法，包括以下步骤：通过蛋白质设计模板得到若干个蛋白质；对每一个蛋白质进行如下优化：在4n维空间中连续移动的每一个粒子的子向量在rotamerlib中寻找最近的rotamer；然后用这些找到的rotamer构造一个临时的粒子；计算每个临时粒子的适应度，并根据这些临时粒子的适应度更新局部最优粒子以及邻居最优粒子；并更新所有非临时粒子位置速度；通过比较所有邻居最优粒子的位置得到全局最优位置；用粒子群进行侧链构象组合空间搜索得到优化后的蛋白质。本发明使用了pso处理离散问题，利用了pso高效性，采用可极化力场作为评价的基础；并可以在理论上对蛋白质进行改造进行预测，在理论上进行筛选。
基于极化力场以及 pso 优化蛋白质设计方法

[发明专利]基于遗传算法的植物品种真实性鉴定位点筛选方法-CN201310629676.2有效
发明人：王凤格;赵久然;杨扬 -专利权人：北京市农林科学院
申请日： 2013-11-29 - 公布日： 2014-04-02 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明属计算机方法和生物技术的交叉领域，涉及一种基于遗传算法的植物品种真实性鉴定位点筛选方法，具体步骤为1）编码待选位点；2）设定参数并形成初始种群；3）将本世代群体解码为位点集合筛选方案；4）计算适应度；5）选择；6）交叉；7）变异；8）世代更替；9）输出结果。本发明可简写为GA-AVI。该方法充分利用遗传算法在优化问题求解方面的优势，根据植物品种真实性鉴定的特点，定义植物品种识别率的统计方法，设计遗传算法适应度函数和约束条件，构建适用于植物品种真实性鉴定位点组合筛选的遗传算法模型。本发明提出一种在海量的位点组合中快速、简单、有效的筛选出位点组合的方法，为分子标记位点组合的优化提供依据。
基于遗传算法植物品种真实性鉴定筛选方法

[发明专利]一种基于串联质谱鉴定蛋白质乙酰化修饰位点的方法-CN201310710562.0在审
发明人：杨明坤;张珈;葛峰;熊倩;莫然;王炎 -专利权人：中国科学院水生生物研究所
申请日： 2013-12-20 - 公布日： 2014-03-19 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于串联质谱鉴定蛋白质乙酰化修饰位点的方法，本发明首先进行乙酰化修饰肽段的数据库检索，即利用开源软件将质谱采集的原始数据转化为可视化格式的数据，并利用MASCOT或pFind检索程序进行数据库检索，筛选假阳性概率FDR值小于1%的乙酰化修饰肽段；其次，对鉴定获得的蛋白质乙酰化修饰位点重新定位及评估；最后，提取蛋白质乙酰化修饰位点对应的高分辨率的质谱图。本发明具有操作简单，修饰位点定位信息可信度高以及提取的质谱图分辨率高等优点，在蛋白质组学研究领域具有良好的应用前景。
一种基于串联鉴定蛋白质乙酰化修饰方法

[发明专利]黄杆菌YS-80-122碱性金属蛋白酶小分子可逆抑制剂的虚拟筛选方法-CN201310724275.5无效
发明人：纪晓峰;郑媛;孙谧;郝建华;盛军 -专利权人：中国水产科学研究院黄海水产研究所
申请日： 2013-12-24 - 公布日： 2014-03-19 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：黄杆菌YS-80-122碱性金属蛋白酶的小分子可逆抑制剂的虚拟筛选方法，属于海洋生物技术领域，包括以下步骤：根据已知来源于黄杆菌YS-80-122碱性金属蛋白酶的结构数据，确定小分子可逆抑制剂的类别；测试所述类别的小分子可逆抑制剂对来源于黄杆菌碱性金属蛋白酶活性的抑制常数，确定训练集的组成化合物；训练集中的化合物与黄杆菌YS-80-122碱性金属蛋白酶进行分子对接；获得的训练集中的化合物与来源于黄杆菌YS-80-122碱性金属蛋白酶的理论结合自由能和理论可逆抑制常数，结合所述的测试数据，制定筛选规则，建立筛选模型；然后进行虚拟筛选。本发明筛选方法比较快速，可以迅速减少候选分子的数量，减少时间和试验材料的浪费。
杆菌 ys 80 122 碱性金属蛋白酶分子可逆抑制剂虚拟筛选方法