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[发明专利]染色体三倍体检验方法-CN201410335037.X有效
发明人：张鸣;王俊;郑伟谋 -专利权人：天津华大基因科技有限公司;深圳华大基因医学有限公司
申请日： 2014-07-14 - 公布日： 2017-07-18 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种染色体三倍体检测方法，包括将测试样本的测序结果比对到参考序列上，得到比对结果；将比对结果按GC含量进行分组；根据分组结果采用相关分析法得到与待检测染色体最相关的染色体以及相关统计量；对最相关的染色体以及相关统计量进行回归分析以计算待检测染色体对应的Z值，根据Z值与预设阈值的比较结果判断出待检测染色体为三倍体的概率。本发明的有益效果是通过不同染色体的GC含量的相关性，采用典型相关分析法来确定待检测染色体与其它染色体的相关性，进而确定出待检测染色体对应的Z值，由此确定待检测染色体为三倍体的概率，而不是计算GC修正系数，避免了GC修正系数计算中引入的误差，从而去掉GC bias在测序中的影响。
染色体三倍体检验方

[发明专利]基于药物相互作用相似性识别药物靶标的系统及方法-CN201210584373.9有效
发明人：萧凤鸣 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2012-12-28 - 公布日： 2017-07-18 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于药物相互作用相似性识别药物靶标的系统及方法，所述方法包括S1、采集若干小分子化合物的药物相互作用的数据；S2、根据数据建立包含各个小分子化合物的药物相互作用信息的靶标数据库；S3、选取待测药物，建立待测药物与靶标数据库中各小分子化合物的药物相互作用标记；S4、计算待测药物的药物相互作用标记与靶标数据库中各小分子化合物的药物相互作用标记的欧氏距离；S5、计算欧氏距离的预测概率值；S6、将预测概率值按大小进行药物相互作用标记相似度的排序，并列出相似小分子化合物之靶标，得到待测药物的靶标。基于以上系统和方法，不仅能降低靶标预测的成本，也能方便实现中药标准化。
基于药物相互作用相似性识别靶标系统方法

[发明专利]一种面向大数据的代谢组特征数据分析方法及其系统-CN201410265541.7有效
发明人：周家锐;华韵之;纪震;朱泽轩;曾启明 -专利权人：周家锐;华韵之;纪震;朱泽轩;曾启明
申请日： 2014-06-13 - 公布日： 2017-07-18 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开一种面向大数据的代谢组特征数据分析方法及其系统，所述方法为A、接收输入的代谢组特征数据，将其分割为多个数据块，并将该多个数据块映射送入映射规约框架中的各个运算节点中；B、利用计算智能方法同时对多个数据块上的加权权值进行优化；C、将优化后的多个数据块加权权值合并为整体代谢组特征数据的加权权值并输出。本发明系统的数据分块处理机制降低了加权分析难度，有效提升了预测准确性。且并行化结构使系统可部署至多个计算节点，显著减少运算时间的同时能够保证系统的效率与稳定性。本系统应用的计算智能算法可有效地解决复杂的大规模优化问题。其预测准确性优于现有算法，从而实现可对目标生理状态进行更为有效的预估。
一种面向数据代谢特征分析方法及其系统

[发明专利]PARADIGM药物响应网络-CN201480042609.3有效
发明人： S.C.本斯;C.塞托 -专利权人：凡弗3基因组有限公司
申请日： 2014-05-28 - 公布日： 2017-07-11 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：提出了其中来自多个细胞或组织样本的组学数据被用来识别与细胞或组织的治疗参数（例如，对于特定药物的抗性）相关联的通路元素的系统和方法。然后在统计因子图模型中硅中调制这样识别的通路元素以提供被相对于治疗参数重新评估的已修改数据集。此类系统和模型对针对治疗中心病人的多药物治疗的推荐特别有用。
paradigm 药物响应网络

[发明专利]一种人类基因启动子识别方法及系统-CN201410140707.2有效
发明人：张莉;徐文轩;罗璇;王邦军;杨季文;李凡长 -专利权人：苏州大学
申请日： 2014-04-09 - 公布日： 2017-06-16 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本申请公开了一种启动子识别方法，通过对多个样本基因序列进行胞嘧啶、鸟嘌呤CG偏好特征的统计，将多个样本基因序列分为两类，针对每一类样本基因序列分别执行以下步骤分别提取其中每一个样本基因序列的刚性特征、CpG岛特征和四联体组成成分特征，并构建对应的分类器来对样本基因序列进行启动子识别判断，对识别的非启动子序列提取其五联体组成成分特征并构成五联体分类器，再次进行启动子识别判断，并在识别结果满足预设条件时，确定当前样本基因序列为启动子序列，否则为非启动子序列。本申请充分考虑了基因的刚性特征、CpG岛特征和组成成分特征，通过分级识别，最终给出的启动子识别结果准确率更高。
一种人类基因启动子识别方法系统

[发明专利]双向多步DeBruijn图的错误双向边识别与去除方法-CN201310672170.X有效
发明人：孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2013-12-10 - 公布日： 2017-06-13 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开一种双向多步De Bruijn图的错误双向边识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、统计整个所述双向多步De Bruijn图的所有双向边的加权平均覆盖度W；S3、遍历整个所述双向多步De Bruijn图的所有边，将覆盖度小于平均覆盖度W的0.25倍的双向边确定为错误双向边，并将其去除。本发明可以部分清除De Bruijn图中普遍存在的错误，上述错误包括错误链接、Tip型错误、泡型错误；将使contigs可以继续延长，De Bruijn图继续收缩；可以有效的发现错误的双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而可以一定程度上提高contigs的长度，提高contig的质量。
双向 de bruijn 错误识别去除方法

[发明专利]双向多步DeBruijn图的重复双向边识别与去除方法-CN201310670440.3有效
发明人：孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2013-12-10 - 公布日： 2017-05-10 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开一种双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、判断出度为3的顶点u是否指向的同一个顶点v的同一方向或者同一端，指向相同的一端为耦合重复双向边，指向不同的一端为错误重复双向边；S3、对被判定含有耦合重复双向边顶点u和被判定含有错误重复双向边顶点u进行判断删除。本发明根据重复双向边形成，将部分重复双向边分类，并采取正确的措施清除De Bruijn图中存在的重复双向边；使contigs可以继续延长，De Bruijn图继续收缩；有效的解耦并去除重复双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而可以一定程度上提高contigs的长度，提高contig的质量。
双向 de bruijn 重复识别去除方法

[发明专利]一种蛋白质翻译后修饰的定位方法及系统-CN201410360277.5有效
发明人：罗兰;孙瑞祥;迟浩;贺思敏 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2014-07-25 - 公布日： 2017-05-03 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明提供一种蛋白质翻译后修饰的定位方法，包括对于一条蛋白质序列，计算发生的修饰的总质量，得到该总质量对应的一个或多个修饰组合；将与所述蛋白质序列上的每个氨基酸对应的一个或多个修饰集合作为图中的顶点，根据所述一个或多个修饰组合连接该顶点，并且根据与所述蛋白质序列对应的谱图设置该顶点的权值。其中，所述修饰集合是从所述蛋白质序列的第一个氨基酸到对应的氨基酸上能够发生的修饰的集合并且是所述一个或多个修饰组合中的一个修饰组合的子集。所述方法还包括根据路径上所有顶点的权值选择所述图中的路径，并且将该路径转换为修饰位点信息。本发明提高了对修饰位点的定位速度，并且同时支持用户指定的任意修饰。
一种蛋白质翻译修饰定位方法系统

[发明专利]基于生物医学大数据的生物标记物组合识别方法和系统-CN201410001304.X有效
发明人：王勇;邹猛;张朋军;陈洛南;田亚平 -专利权人：中国科学院数学与系统科学研究院
申请日： 2014-01-02 - 公布日： 2017-04-05 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于生物学医学大数据的生物标记物组合识别方法，其步骤包括1）获取大量病人和健康人群的血清中蛋白或者代谢小分子的临床数据；2）根据获取的临床数据，采用最近中心分类框架构建标记物组合识别的最优化模型；3）对于单个特征进行逐个分析得到单个特征的预测能力，并根据单个特征的预测能力对所有特征进行排序；4）对有预测能力的特征，将临床数据整理为指定格式输入到所述标记物组合识别的最优化模型中，以对多个标记物组合的预测能力进行评估，并通过最小化分类的误差确定最优的标记物组合。本发明专门针对标记物组合进行识别，可应用在基因表达，蛋白质组等生物医学大数据中。
基于生物医学数据生物标记组合识别方法系统

[发明专利]预防和治疗人乳头瘤病毒感染类疾病的化合物的筛选方法-CN201210282752.2有效
发明人：陈小江;陈林;李大伟;楼慧强 -专利权人：小江生物技术有限公司
申请日： 2010-05-18 - 公布日： 2017-04-05 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种预防和治疗人乳头瘤病毒(HPV)感染类疾病的化合物的筛选方法，该方法采用基于结构的计算机辅助药物设计，以人乳头瘤病毒E1解旋酶结构为基础进行筛选，得到能抑制E1的候选化合物；上述筛选方法具有方便、省时、高效的安捷伦液质分析培训特点；本发明还公开了利用上述筛选方法得到的化合物，如曲伐沙星及其衍生物、加替沙星及其衍生物，这些人乳头瘤病毒E1解旋酶的抑制剂具有特异性高、针对性强的特点，有助于预防和治疗人乳头状瘤病毒感染，以及和HPV感染有关的疾病，如子宫颈癌和生殖器疣等疾病。
预防治疗乳头病毒感染疾病化合物筛选方法

[发明专利]基于基因芯片数据和代谢网络测定癌症关键代谢酶的方法-CN201210588060.0有效
发明人：田卫东;陈靖琪 -专利权人：复旦大学
申请日： 2012-12-30 - 公布日： 2017-03-29 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明属医学技术领域，涉及基于基因芯片数据和代谢网络测定癌症关键代谢酶的方法。本发明方法包括建立基因共表达网络、划分共表达网络为模块、共表达网络性质和模块的癌症特异性计算和建立酶网络、预测关键酶和代谢物。本发明方法可预测对于癌症代谢的关建酶，作为癌症治疗的药物候选靶点；每一个预测的癌症关键酶基因可对应到所涉及反应的代谢物，作为每种癌症的关键代谢物预测结果，该代谢物也可作为候选的药物设计基础代谢物；本方法能明显缩小实验搜寻的范围并加快靶点寻找进程，节约时间及费用，可用于筛选癌症及其他与代谢重调相关的复杂疾病的药物靶点，具有推广价值。
基于基因芯片数据代谢网络测定癌症关键方法

[发明专利]一种获得湖泊营养物标准值的方法-CN201410155228.8有效
发明人：苏婧;席北斗;纪丹凤;霍守亮;王骥;崔驰飞 -专利权人：中国环境科学研究院
申请日： 2014-04-17 - 公布日： 2017-03-29 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：一种制定湖泊营养物标准的方法，其步骤为1）按研究区域不同水体的功能对水体进行分类和分级，确定研究区域不同等级水体对应的营养物上下限值；2）计算营养物的富营养化负荷；3）建立优化模型，通过富营养化负荷最低和经济发展最快为目标的多目标优化，得到适合不同等级或者不同水体用途的最优化营养物标准值。
一种获得湖泊营养标准方法

[发明专利]一种基于遗传背景的鱼类亲本选择系统及方法-CN201410198287.3有效
发明人：匡友谊;佟广香;郑先虎;孙效文 -专利权人：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所
申请日： 2014-05-12 - 公布日： 2017-03-29 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：一种基于遗传背景的鱼类亲本选择系统及方法，属于利用分子生物学DNA分子标记进行鱼类繁殖时亲本选择的数据分析技术领域。本发明解决了现有基于遗传背景的分析过程复杂、需要多个处理工具配合实现的问题。所述亲本选择系统包括数据转换装置、格式转换装置、构建聚类树装置、遗传距离计算装置、近交系数计算装置、亲缘系数计算装置、群体繁殖亲本选择装置、家系繁殖亲本选择装置、家系繁殖组合装置和群体繁殖组合装置。所述亲本选择方法包括数据转换、格式转换、构建聚类树、遗传距离计算、近交系数计算、亲缘系数计算、群体繁殖亲本选择、家系繁殖亲本选择、家系繁殖组合和群体繁殖组合的步骤。本发明适用于对鱼类繁殖时亲本选择技术领域。
一种基于遗传背景鱼类亲本选择系统方法

[发明专利]基于子空间融合的蛋白质‑维他命绑定位点预测方法-CN201410164632.1有效
发明人：胡俊;於铉;何雪;李阳;沈红斌;杨静宇 -专利权人：南京理工大学
申请日： 2014-04-22 - 公布日： 2017-03-01 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明提供一种基于子空间融合的蛋白质‑维他命绑定位点预测方法，包括特征抽取与特征组合分别利用PSI‑BLAST、PSIPRED和蛋白质‑维他命绑定位点倾向表抽取蛋白质的进化信息、二级结构信息以及绑定倾向性信息，使用滑动窗口与串行组合将蛋白质序列中的氨基酸残基转换为向量形式表示；使用多种特征选择算法分别对原始特征空间进行多次特征选择；每次特征选择得到的特征子集构成一个特征子空间，构建多个特征子空间；对所得的每个特征子空间，训练一个SVM分类器；使用加权平均的分类器融合方式对训练完毕的多个SVM分类器进行融合；基于融合后的SVM预测器对待预测蛋白质进行蛋白质‑维他命绑定位点预测。本发明的预测方法预测速度快、预测精度高。
基于空间融合蛋白质维他命定位预测方法

[发明专利]项目报告自动生成方法-CN201611005090.9在审
发明人：王玲平;王智健;姜丽荣;孙子奎 -专利权人：上海派森诺生物科技股份有限公司
申请日： 2016-11-15 - 公布日： 2017-02-22 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开的项目报告自动生成方法，其首先使用html,Javascript制作相应分析报告模板并将各项分析内容放置对应的目录，然后制作程序，可同时读取报告模板，检查分析结果完整性，使用perl写作脚本读取分析结果，修改报告模板，生成对应项目的结题报告，以及整理好的结果目录。本发明可以避免大量的手动重复工作，降低成本，提高效率，减少错误。
项目报告自动生成方法