[发明专利]一种与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记及其扩增引物、检测试剂盒和应用

说明书

本发明提供了一种与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记及其扩增引物、检测试剂盒和应用，属于分子生物学技术领域。本发明基于GWAS分析筛选获得一种与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记，位于Chr03染色体第1897368位碱基（Cpa03g002310基因promoter区域），命名为Cpa03g002310:1462，在SEQ ID NO：1所示序列的第253位存在T/C多态性，T等位基因与番木瓜果糖含量极显著相关。所述SNP分子标记应用于检测番木瓜高果糖含量中，有助于快速检测高果糖含量的育种材料，辅助杂交育种，缩短新品种培育周期，且检测成本较低、不受环境限制、检测结果准确性高、易重复。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记及其扩增引物、检测试剂盒和应用。

背景技术

番木瓜是一种热带常绿果树，为番木瓜科番木瓜属多年生肉质草本植物，又名乳瓜、石瓜、万寿果、番瓜、木冬瓜、木瓜、莲生果。其原产于墨西哥和中美洲，广泛栽培与全世界的热带和亚热带地区，自17世纪传入我国，主产于广东、海南、广西、云南、台湾、福建、四川西昌和江西赣州也有种植。番木瓜鲜果外形美观、皮薄肉厚、汁多味美、气味香甜、营养丰富。成熟番木瓜果肉呈黄色或红色，胡罗卜素、番茄红素含量丰富，具有卓越的保健效果和重要的食用价值和工业价值。然而番木瓜属于果糖含量较低的水果，许多科研学者一直致力于选育高果糖含量的番木瓜。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。相比早期RAPD、AFLP、SSR等分子标记，SNP分子标记具有在个体基因组上分布广泛、数量较多，易于基因分型（SNP的二态性）、适于快速、规模化筛查等优势。然而目前，还未有关于与番木瓜果实果糖含量相关的分子标记的报道，这无疑不利于番木瓜优良品种的选育。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与番木瓜果实果糖含量极显著相关的SNP分子标记，可用于检测或预测番木瓜果实果糖含量，为选育番木瓜优良高产品种提供了基础。

本发明提供了一种与番木瓜果实果糖含量相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记为在核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示序列的基础上第253位存在T/C多态性位点。

本发明提供了一种基于所述SNP分子标记检测番木瓜果实果糖含量的引物，包括核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的反向引物。

本发明提供了一种检测番木瓜果实果糖含量的试剂盒，包括所述引物和检测试剂。

优选的，所述检测试剂包括扩增缓冲液和标准品;

所述标准品为核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的DNA分子。

本发明提供了所述SNP分子标记、所述引物或所述试剂盒在检测或预测番木瓜果糖含量或番木瓜育种中的应用。

优选的，当番木瓜材料的基因型为TT时，所述番木瓜果糖含量较高；

选择基因型TT的番木瓜材料用于后续育种。

本发明提供了一种基于所述SNP分子标记辅助选育果糖含量番木瓜品种的方法，包括以下步骤：

1）提取待选育材料的基因组DNA；

2）以步骤1）中获得的基因组DNA为模板，以所述引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

3）将步骤2）中所述PCR扩增产物进行测序，确定测序序列的第253位碱基的基因型，当基因型为TT时，说明待选育材料的番木瓜果实具有果糖含量的性状，作为育种材料用于后续杂交育种。

优选的，步骤2）中所述PCR扩增的反应体系为：