[发明专利]胃癌分型的蛋白标志物的筛选方法、筛选装置及其筛选的蛋白标志物的应用

说明书

本发明提供了一种胃癌分型的蛋白标志物的筛选方法、筛选装置及其筛选的蛋白标志物的应用。该筛选方法包括：从多个样本形成的蛋白表达质谱数据库中筛选出满足保留条件的蛋白，作为有效蛋白集；对有效蛋白集依次进行两次降维处理，得到降维蛋白集；对降维蛋白集进行聚类分析，得到不同类别的蛋白标志物。该方法通过从大量的胃癌样本的蛋白质谱数据库中筛选出在癌症样本中显著高表达的蛋白标志物，并根据不同蛋白标志物与生存率之间的相互关系，将胃癌分成不同类别的蛋白标志物，这些标志物在不同类别之间存在显著性差异，因而对胃癌分型更准确。

技术领域

本发明涉及肿瘤检测领域，具体而言，涉及一种胃癌分型的蛋白标志物的筛选方法、筛选装置及其筛选的蛋白标志物的应用。

背景技术

胃癌在全球肿瘤死亡原因中排名第三，我国是胃癌高发地区之一，每年新发病例接近全世界的一半左右。目前对胃癌的预后的评估手段主要有三种：第一种是基于组织形态学的 Lauren分型，该分型将胃癌分为肠型、弥漫型以及混合型。其中，肠型胃癌预后最好，5年生存率65％；弥漫型胃癌预后最差，5年生存率48％。第二种是TNM分期，该分期按照肿瘤的大小、侵袭能力、淋巴结节个数以及是否发生近端或者远端转移，对胃癌病人进行分期。其中预后最好的是IIA型，5年生存率78％；预后最差的是IIIC型，5年生存率15％。第三种是 ACRG研究机构的基于基因组和转录组的分型，分别为：MSI型、微卫星稳定/上皮细胞向间充质细胞转化型(MSS/EMT)、微卫星稳定/TP53阳性型和微卫星稳定/TP53阴性型。其中MSI 型预后最好，5年生存率71％；MSS/EMT型预后最差，5年生存率33％。

Lauren分型的方法对预后的评估能力最为有限，其中5年生存率差异最大仅为17％(肠型65％；弥漫型48％)。这三种方法中，TNM分期能够最好地对胃癌患者的预后进行评估，其中5年生存率差异最大为63％(IIA型78％；IIIC型15％)。然而，不管是Lauren分型还是 TNM分型，都存在一个问题，就是这两种预后评估的方法都不是基于分子的胃癌预后评估方法，因此无法为患者的化疗用药方案提出个性化的选择。

ACRG的基于基因组的胃癌分型首次从分子层面对胃癌进行分析，基于该方法的预后评估能力虽然比TNM分型要差(5年生存率差异最大为35.85％(MSI型71％；MSS/EMT型33％)，却从某种程度上解释了胃癌的成因。然而，基于基因组的方法依然无法对患者的化疗和不同药物的选择，给出有效的预后评估。

因此，如何更准确地对人群中的胃癌进行分型已成为了一个亟待解决的问题。

发明内容

本发明的主要目的在于提供一种胃癌分型的蛋白标志物的筛选方法、筛选装置及其筛选的蛋白标志物的应用，以更准确地对人群中的胃癌进行分型。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种胃癌分型蛋白标志物的筛选方法，该筛选方法包括：从多个样本形成的蛋白表达质谱数据库中筛选出满足保留条件的蛋白，作为有效蛋白集；对有效蛋白集依次进行两次降维处理，得到降维蛋白集；对降维蛋白集进行聚类分析，得到不同类别的蛋白标志物。

进一步地，两次降维处理包括：采用主成分分析法对有效蛋白集进行第一次降维处理，得到第一降维数据集；采用t-SNE对第一降维数据集进行第二次降维处理，得到降维蛋白集。

进一步地，保留条件包括质量条件和/或频次条件，质量条件包括如下至少之一：具有至少两条满足质量要求的肽段且其中至少一条为满足质量要求的唯一性肽段、至少具有三条满足质量要求的肽段；频次条件为至少在80％的样本中都出现的蛋白。

进一步地，采用t-SNE对第一降维数据集进行第二次降维处理的步骤中，学习速率设为 10～500，迭代次数设为7500以上，迭代停止设为100～400。

进一步地，聚类分析的步骤中，类内平均距离≤4.58，类间平均距离≥9.68。