[发明专利]胃癌分型的蛋白标志物的筛选方法、筛选装置及其筛选的蛋白标志物的应用

权利要求书

1.一种胃癌分型蛋白标志物的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括：

从多个胃癌样本形成的蛋白表达质谱数据库中筛选出满足保留条件的蛋白，作为有效蛋白集；

对所述有效蛋白集依次进行两次降维处理，得到降维蛋白集；

对所述降维蛋白集进行聚类分析，得到不同类别的蛋白标志物，所述两次降维处理包括：

采用主成分分析法对有效蛋白集进行第一次降维处理，得到第一降维数据集；

采用t-SNE对所述第一降维数据集进行第二次降维处理，得到所述降维蛋白集，所述保留条件包括质量条件和/或频次条件，

所述质量条件包括如下至少之一：具有至少两条满足质量要求的肽段且其中至少一条为满足质量要求的唯一性肽段、至少具有三条满足质量要求的肽段；

所述频次条件为至少在80％的样本中都出现的蛋白；

所述不同类别的蛋白标志物包括基于方差检验P值小于10的-35次方的蛋白标志物；

所述基于方差检验P值小于10的-35次方的蛋白标志物包括：

C0，H2AFZ、H2AFJ、H2AFV；

C1，ACTG2、ACTA2、ACTC1；

C2，FLNA、COL6A2、COL6A1；

C3，TUBB2B、TUBB2A、TUBB；

C4，H3F3C、H3F3A、H3F3B；

C5，X；

C6，PABPC1、HNRNPK、DDX39B。

2.根据权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，采用t-SNE对所述第一降维数据集进行第二次降维处理的步骤中，学习速率设为10～500，迭代次数设为7500以上，迭代停止设为100～400。

3.根据权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，所述聚类分析的步骤中，类内平均距离≤4.58，类间平均距离≥9.68。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的筛选方法，其特征在于，在对所述有效蛋白集依次进行两次降维处理之前，所述方法还包括：对所述有效蛋白集进行标准化处理，得到标准化的所述有效蛋白集。

5.根据权利要求4所述的筛选方法，其特征在于，所述标准化处理是指使所述有效蛋白集中的蛋白的均值为0，方差为1。