[发明专利]一种与黄瓜果实不规则条纹性状紧密连锁的SNP标记及其应用

说明书

本发明提供的一种与黄瓜果实不规则条纹性状紧密连锁的SNP标记的特征在于：该SNP标记与黄瓜果实不规则条纹基因紧密连锁，该标记正反向引物序列分别为：5′GACCTCCCAACCCCTGATTTTTT 3′和5′ATCGTTCGCCGTCTTACCTGACT 3′。标记扩增长度为675bp，所述SNP位点位于正向扩增第440bp位点，存在A/G多态性。GG基因型为有不规则条纹黄瓜，AA及AG基因型为无不规则条纹黄瓜。本发明公开的与黄瓜果实不规则条纹性状基因紧密连锁的SNP分子标记属于共显性标记，可靠且检测快捷，可用于黄瓜果实表皮相关性状的定向遗传育种。对于加快黄瓜品种的遗传改良进程，提高育种选择效率具有重要的理论和实践指导意义。

技术领域

本发明涉及基因工程和分子生物学，属于分子遗传育种领域，提供了与黄瓜果实不规则条纹性状相紧密连锁的SNP分子标记及其应用，可用于黄瓜不规则条纹性状的分子标记辅助选择育种，以提高育种效率。

技术背景

黄瓜(Cucumis sativus L.2n＝2x＝14)属葫芦科甜瓜属一年生蔓生草本植物，是世界上十大蔬菜作物之一。果实表皮特征是黄瓜商业和营养价值最重要的决定因素之一，具有丰富的遗传多样性。近年来，许多遗传研究都集中在黄瓜的外皮特征上，包括果实表面色泽，表面纹理特征和刺瘤状态等。

果实条纹颜色是瓜类蔬菜作物的典型特征之一，尤其出现在甜瓜，西瓜及南瓜上。其出现的主要原因是色素在果皮上不同的积累程度所造成的。果实条纹的颜色、多少、分布均受到遗传水平的调控。在南瓜上，南瓜的果皮斑纹是由一系列基因所调控(宽条纹l-I^Bst，窄条纹l-I^st，不规则条纹l-I^ist)，且这些基因与果实深绿基因L-i及浅绿色基因l-I存在明显的显隐性关系(L-i＞l-I^Bst＞l-I^st＞l-I^ist＞l-I)。这种果实条纹性状的多基因调控模式同样存在于西瓜及西葫芦上。而在甜瓜上，薄皮甜瓜果皮花斑性状是由单基因控制的质量性状，有斑对无斑为显性，并命名该基因为CmSp-1。果实条纹同样存在于其他园艺作物，如苹果，柑橘等。而对于其他作物，条纹颜色主要出现在叶片或者茎秆上。并且与果皮转色类似，果实条纹也会随着发育阶段存在变化。而黄瓜果皮通常均一色的。但与均匀色外皮相反，一些黄瓜品种可能有网状或斑驳的外皮。已经确定了几种与表皮特征有关的遗传和调节机制，例如黄瓜成熟期网纹基因(H)以及黄瓜果实斑驳基因(U)，但如今对黄瓜果实不规则条纹性状的研究仍是空白的，这给黄瓜果实表皮相关性状的遗传改良和分子标记辅助育种带来了困难。

SNP标记一般只有两种等位基因型，可以较为容易的区分纯合基因型和杂合基因型，具有数量巨大、分布密度大、检测快速等优点。近几年来，高通量测序技术的发展(SLAF-seq，BSA-seq，RAD-seq等)，使得SNP标记的开发更加简便。利用高通量测序技术结合图位克隆等连锁分析手段开发与黄瓜果实不规则条纹性状相连锁的SNP标记，相信定会加快黄瓜果实表皮相关性状的定向遗传育种的进程。

发明内容

(一)技术问题

本发明涉及一个与黄瓜果实不规则条纹基因共分离的SNP分子标记，该SNP标记与黄瓜果实不规则条纹性状密切相关，可以为后续的果实不规则条纹基因的克隆与功能研究，以及果实不规则条纹黄瓜新材料的创制提供基础，显著提高其优质育种定向选择效率。

(二)技术方案

本发明提供的一种与黄瓜果实不规则条纹基因紧密连锁的分子标记的特征在于：有一个SNP标记与黄瓜果实不规则条纹基因紧密连锁，所述SNP分子标记引物SF-SNPI正向引物为：SEQ ID NO：2，反向引物：SEQ ID NO：3。

上述提供的用于检测黄瓜果实不规则条纹基因的分子标记方法为：

(1)提取待测黄瓜的基因组DNA。