[发明专利]一种DNA复杂结构变异探测方法

说明书

本发明公开了一种DNA复杂结构变异探测方法，设计了16种染色体结构变异类型，并针对每种变异类型，设计了对应的判断模型。本发明直接在测序数据比对文件中获取比对信息，与现有技术相比，省去了序列重新拼接和重新比对部分，可以快速完成DNA复杂结构变异探测,节省了时间成本。同时由于推断变异类型所需信息在比对中已经充分获取，避免了传统流程中再次比对信息获取不全及获取错误信息的问题，提高了染色体结构变异探测精度。

技术领域

本发明涉及肿瘤细胞的基因检测技术领域，具体涉及一种DNA复杂结构变异探测方法。

背景技术

现有染色体结构变异探测技术因为采用传统的的简单结构变异类型，在寻找断点时，缺少必要信息采集及判断工作，没有对复杂变异类型进行归类，如DELLY等染色体结构变异探测软件能够探测的结构变异类型仅有五种。在判断结构变异类型时，需要花费大量时间和计算资源去重新获取断点相关信息。这种传统判断结构变异的工序不仅造成较高的时间和资源成本，而且对结构变异的探测精度也受影响。因此，现有技术无法进行复杂结构变异探测。

发明内容

本发明的目的在于提供一种DNA复杂结构变异探测方法，用以解决现有染色体结构变异技术速度慢且无法对复杂结构变异进行探测的问题。

为实现上述目的，本发明提供一种DNA复杂结构变异探测方法，所述DNA复杂结构变异探测方法包括：检测肿瘤样品的DNA序列获得样品序列；将样品序列与正常参考样品DNA的参考序列进行比对；样品序列出现一段或两段比对失败的异常序列；异常序列比对到正常参考序列上的对应位点和/或序列段的头部与尾部确定为断点；按照正常参考序列和样品序列的检测顺序对断点进行排序并确定断点序列对以及异常序列的头部序列对与尾部序列对；根据异常序列的头部序列对与尾部序列对与正常参考序列上的断点序列对的比对信息判断肿瘤样品的结构变异类型。

进一步地，所述样品序列与正常参考样品DNA的参考序列比对时出现一段比对失败的异常序列；此段异常序列比对到正常参考序列上的对应位点确定为断点；样品序列上异常序列的头部序列对的头部位点与尾部序列对的尾部位点分别比对到正常参考序列上断点序列对的头部位点与尾部位点；判断肿瘤样品的结构变异类型对应为插入变异模型。

进一步地，所述样品序列与正常参考样品DNA的参考序列比对时出现一段缺失序列；此段缺失序列比对到序列段的头部与尾部确定为断点；样品序列上缺失序列对应位点的头部位点与尾部位点分别比对到正常参考序列上头部断点序列对的头部位点与尾部断点序列对的尾部位点；判断肿瘤样品的结构变异类型对应为删除变异模型。

进一步地，所述样品序列与正常参考样品DNA的参考序列比对时出现一段比对失败的异常序列；此段异常序列比对到正常参考序列上的序列段的头部与尾部确定为断点；样品序列上异常序列的头部序列对的头部位点与尾部序列对的尾部位点分别比对到正常参考序列上头部断点序列对的头部位点与尾部断点序列对的尾部位点，及样品序列上异常序列的头部序列对的尾部位点与尾部序列对的头部位点分别比对到正常参考序列上尾部断点序列对的头部位点与头部断点序列对的尾部位点；判断肿瘤样品的结构变异类型对应为倒置变异模型。