[发明专利]一种猪全基因组低密度SNP芯片及其制作方法和应用

说明书

一种猪全基因组低密度SNP芯片，其为SEQ ID NO.1‑8846序列中所示的DNA序列。其有益效果为本发明的猪全基因组低密度SNP芯片从现有的80k芯片中通过研究分析，创造性的在不显著降低选择准确性的情况下，去除无关SNP标记，将其降低到8846个。对在猪育种选育方面具有开创性意义，使得通过猪全基因组低密度SNP芯片普及猪的分子育种成为可能，将大大提高我国猪育种选育进程。

技术领域

本发明涉及基因分子育种领域，具体为一种猪全基因组低密度SNP芯片，还涉及到一种猪全基因组低密度SNP芯片的制作方法，还涉及到一种猪全基因组低密度SNP芯片的应用。

背景技术

SNP具有数量多,分布广泛,易于快速规模化筛查,便于基因分型等特点，是继第一代限制性片段长度的多态性标记、第二代微卫星即简单的串联重复标记后的第三代基因遗传标记。基于SNP的新型高通量分子标记技术主要有两大类：一类是基于测序技术的高通量分子标记技术；另一类是基于基因芯片技术的分子标记技术。基于测序技术的分子标记技术虽然通量高、灵活性高，但是短片段测序依赖于参考基因组序列、位于重复序列区域或者在参考基因组上没有的区域很难检测和分析，测序数据的处理、序列基因组定位和基因分型的计算等复杂过程对数据分析的要求较高，这些缺点一定程度上限制了该方法的广泛使用，特别是在分子育种中大规模使用。

另一种高通量分子标记技术是基于基因芯片的技术。基因芯片(gene chip)有称DNA芯片或生物芯片。基因芯片的基本原理是用杂交测序法，将已知序列的核苷酸作为探针与标记的靶核苷酸序列进行杂交,通过对信号的检测进行定性与定量分析。基因芯片可在一微小的基片(硅片、玻片等)表面集成大量的分子识别探针,能够在同一时间内平行分析大量基因,进行大信息量的检测分析。由于其快速、高通量的优点，芯片在进化、基因定位、分子育种中得到广泛应用。尤其在以基因组选择为核心的动植物分子育种领域，芯片更易于标准化、通用化、流程化，从而得到大规模应用。

自2007年来，随着各畜禽的全基因组高密度SNP芯片相继问世，基因组选择开始广泛用于畜禽育种领域。基因组选择是利用覆盖于全基因组的SNP标记计算个体的基因组育种值，从而用于选择的育种技术。该技术在奶牛的育种中已取得重大进展，其在提供奶牛育种遗传进展的同时，也大大减少了奶牛的育种成本。但是，其他动物如猪、鸡、鸭、羊等，由于高密度SNP芯片昂贵的价格，基因组选择技术并没有得到很好的应用。为降低芯片成本，众多研究采用低密度SNP芯片进行分析，再通过基因型填充技术得到的高密度的SNP标记信息，从而用于基因组选择。

在国内公开的专利里，对SNP标记进行育种和选择也有相应的研究，例如：申请号为CN201010299271一种基于高通量测序的DNA标签文库构建方法、CN201310660177一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定的方法、CN201410067189一种基于SNP芯片的综合基因组育种值估计方法及应用等都针对SNP进行了研究。

目前，猪上成熟的商用SNP芯片主要基于illumina平台的geneseek公司开发的PorcineSNP60(含61565SNP，Illumina公司开发)、GGP-Porcine HD(68528SNP,geneseek公司开发,简称80K)、2016年推出的GGP-Porcine第二版(含51000SNP，geneseek公司开发，简称50K)、2017年由康普森公司设计的compass porcineSNP55(含55000SNP)。另一个平台是Affymetrix平台，目前猪上主要有Affymetrix开发的高密度芯片，含大约650000SNP，价格高昂，使用量很少。当前市场上主要以geneseek公司的两款芯片使用量最大，但对分子育种实际应用而言，其价格仍然较高，限制了在我国猪场中的大规模使用。而低密度芯片则可以在降低价格的前提下，保证分子育种的使用效果。当前还没有低密度芯片开发的报道，因此，为了进一步降低基因组选择的应用成本，从选取合适的SNP制作低密度芯片为当务之急，才能不断满足猪规模育种需要。

发明内容