[发明专利]茄子果色上位性基因D的定位及其InDel分子标记开发与应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及茄子果色上位性基因D的定位及其InDel分子标记开发与应用。

背景技术

茄子果色遗传是多基因控制的复杂性状。发明人在茄子育种实践中发现2对上位性效应基因控制的茄子果色遗传现象（图1）。即2个纯合的白果色茄子杂交后，F₁代果色为紫红色，F₂代紫红果色和白果色植株分离比为9:7，说明其果皮着色受到具有上位性的2个基因位点控制的，2个白果色茄子是由于控制花青素生物合成过程的2个独立而又互补的基因位点（D基因和P基因）分别失活引起的。

目前有关茄子果色上位性基因尚未开展相关分子标记及定位研究。因此，开展茄子果色上位性基因的分子标记和定位研究，可以为茄子果色分子标记辅助选择育种及基因克隆奠定基础。

发明内容

本发明的目的在于提供茄子果色上位性基因D的定位及其InDel分子标记开发与应用。

本发明所采取的技术方案是：

采用SLAF-Seq与BSA关联分析技术结合，将控制茄子果色上位性遗传的2个基因（D和P）分别定位到相应的两个较小的区域。由于控制性状的是两对独立的等位基因且分离比为9:7，确定两个混池基因型的分离比（紫色混池D:紫色混池d：白果混池D：白果混池d）为6:3:2:5，通过卡方检验，共得到784个SNP位点（P>0.95）；将过滤得到的784个SNP用ED法进行关联分析，计算关联值，根据99百分位数确定关联阈值0.822。关联到的SNP列表见表1。从表1可见，控制茄子果色的上位性基因D定位于茄子的10号染色体上。并进一步检测到与控制茄子果色的上位性基因D紧密关联的分子标记，其位于茄子的10号染色体上，其关联区域所在核苷酸序列如Sme2.5_00538.1所示。

本申请还进一步开发了与控制茄子果色的上位性基因D紧密连锁的InDel分子标记，其为长度29bp的特异插入片段，插入位点在基因序列Sme2.5_00538.1的第22522bp处。所述InDel分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

用于扩增权利要求2或3所述InDel分子标记的引物对，其核苷酸序列如下所示：

22522 F2：5' -ACCGAGCCATTAGGACCTCTTGT -3'，

22522 R2: 5' -GGGAGTCCGATGCAAATTCTTGT -3'。

以上所述的分子标记、InDel分子标记、引物对在茄子果色选育中的应用。

茄子果色上位性基因D的基因型检测方法，包括如下步骤：

（1）利用上述引物对PCR扩增待检植株DNA；

（2）如果扩增产物中仅有440bp片段，则该植株基因型为dd；如果扩增产物中仅有469bp片段，则该植株基因型为DD；同时有469 bp和440 bp两个片断的则基因型为Dd。

本发明的有益效果是：

本发明将控制茄子果色的1个上位性基因D定位于茄子的10号染色体上的较小关联区域内。并提供了与茄子果色上位性基因D紧密连锁的分子标记InDel22522，该标记距离目标基因D的遗传距离为0.61 cM，可直接用于茄子果色上位性基因D分子标记辅助育种体系的建立。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于茄子果色选育实践中，同时为克隆茄子果色上位性基因D及其功能研究奠定了良好的基础。

附图说明

图1为母本材料Female果色为白色，而且在整个生育期，下胚轴、叶脉，花，萼片都观察不到花青素的合成；父本Male果色为白色，苗期下胚轴微紫、叶脉泛紫，花色微紫， F₁代材料下胚轴、叶脉、花色和果色都呈现紫红色。