[发明专利]检测机械力对DNA与DNA聚合酶相互作用影响的方法

权利要求书

1.一种检测机械力对单链DNA与DNA聚合酶相互作用影响的方法， 其特征在于，所述方法包括以下步骤：利用原子力显微镜对含有dNTP、单 链DNA模板-空心DNA折纸及结合所述单链DNA模板的DNA聚合酶 Klenow片段的缓冲体系进行原子力显微镜扫描成像观察双链DNA的合成； 所述缓冲体系在新解离的云母衬底上，所述单链DNA模板-空心DNA折纸 由空心DNA折纸和两端分别固定于空心DNA折纸内侧边缘上两个不同位 置的单链DNA模板组成，所述两个不同位置不位于同一直线边缘上。

2.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述缓冲体系由包括以下步 骤的方法制备：

1)将所述单链DNA模板两端分别固定于所述空心DNA折纸内侧边缘 上两个不同位置，制得单链DNA模板-空心DNA折纸；

2)将步骤1)所述单链DNA模板-空心DNA折纸与所述DNA聚合酶 Klenow片段混合，20-37℃温育3-30min，加入dNTPs后即得所述缓冲体系。

3.如权利要求2所述方法，其特征在于，步骤2)中所述缓冲体系立即 滴加到新解离的云母衬底上，进行原子力显微镜扫描成像。

4.如权利要求2所述方法，其特征在于，步骤1)中，所述的固定的方 法包括以下步骤：将所述单链DNA模板通过5’端与3’端杂交固定到所述空 心DNA折纸上并位于所述DNA折纸中央的空心中；和/或，步骤2)中，所 述dNTP的终浓度为15.6μM。

5.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述空心DNA折纸为中间空 心的矩形或中间空心的三角形。

6.如权利要求5所述方法，其特征在于，所述空心DNA折纸为中间空 心的等边三角形，较佳地为边长大于30nm的中间空心的等边三角形。

7.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述DNA折纸由单链脚手架 链M13mp18DNA和A17和C33分别被序列表SEQIDNO.1与SEQIDNO.2 所示的序列所替换的订书钉链DNA集合ABCL自组装形成，所述订书钉链 DNA集合ABCL为2010年3月17日发表在JAmChemSoc.第132卷第10 期第3248-3249页的题为Goldnanoparticleself-similarchainstructureorganized byDNAorigami的论文的SupportinOnlineInformation中的S11-S16页所记 载的从A01至Loop的DNA序列的集合；所述单链DNA模板的核苷酸序列 如序列表SEQIDNO.3所示。

8.如权利要求7所述方法，其特征在于，所述DNA折纸的制备方法包 括以下步骤：将单链脚手架链DNAM13mp18与A17与C33两条链分别替 换为序列表SEQIDNO.1与SEQIDNO.2所示序列的订书钉链DNA集合 ABCL混合于TAE-Mg²⁺缓冲体系，从95℃退火至20℃，退火速率为0.1℃ /10s，其中所述单链脚手架链M13mp18与所述A17与C33两条链分别替换 为序列表SEQIDNO.1与SEQIDNO.2所示序列的订书钉链DNA集合 ABCL的摩尔浓度比为1∶10，所述TAE-Mg²⁺缓冲液为40mMTris-乙酸、 1mMEDTA、12.5mMMgCl₂，pH8.0。

9.如权利要求7所述方法，其特征在于，所述单链DNA模板通过其5’ 端与其3’端分别与SEQIDNO.1所示的序列的5’端的20个碱基与SEQID NO.2所示的序列的3’端的20个碱基杂交固定到所述DNA折纸上并位于 所述DNA折纸中央。

10.如权利要求1所述方法，其特征在于，所述原子力显微镜探针为氮 化硅探针SNL-10，其弹性系数为0.35N/m；所述原子力显微镜的扫描模式采 用“J”扫描头，“轻敲”模式，调节扫描参数在F＜200pN的小力区成像；所述 扫描的时间为7-72分钟。