[发明专利]一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法和系统

说明书

技术领域

本发明涉及一种推断未知个体来源的方法和系统，尤其涉及一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法和系统。

背景技术

伴随经济全球化，不同国家、区域间的人员流动加大，涉外、反恐、跨区域流动作案等复杂案件不断增多，案件侦查的难度日益加大。例如，北京、上海、广东等大城市经常出现涉外案件。目前国际人种主要分为欧洲、非洲、东亚三大人种及由这些人种形成的混合人种，我国境内的混合人群主要包括新疆的维吾尔族、哈萨克族、柯尔克孜族等欧洲和东亚的混合人群。

通常，从案件现场生物检材中提取到的DNA会进行STR检测，分型结果录入数据库比对查找，或者直接与目标嫌疑人的STR分型进行比对。而在比对不中的情况下，我们还可以利用DNA中蕴含的祖先信息(例如群体遗传主成分析)来推测供者的群体来源，这对案件的侦破能起到指导性作用。在基因组DNA中，有一部分常染色体SNPs等位基因在不同人群中会存在较大的频率分布差异，差值δ>0.3，这部分位点被定义为AIMs。

国际上针对洲际层面非、欧、东亚这3大最主要人群的分类划分已经研究的较为深入，形成了很多不同的AIMs位点组合，并构建了少数几套复合扩增检测体系用于实践检验。目前，由于已有的AIMs位点组合包含的位点数目较多，不易于构建复合扩增检测体系，且由于受到SNP检测平台的限制，这些已经构建的检测体系也很难推广使用。

因此，如何提供一种能有效的对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法和系统，并具有广泛的适用性成为有待解决的问题。

发明内容

本发明提供了一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法，通过获得未知来源个体的DNA的27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型，结合STRUCTURE软件对未知来源个体的非、欧、东亚群体遗传主成分析，从而为进行未知来源个体的非、欧、东亚群体来源推断提供数据支持。

本发明还提供了一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的系统，利用该系统中的复合扩增检测体系能快速获得未知来源个体的DNA27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型，进而与现有软件结合，实现对未知来源个体的非、欧、东亚群体遗传主成分析。

本发明还提供了一种复合扩增检测体系，能快速获得未知来源个体的DNA27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型，为获得未知来源个体的非、欧、东亚群体遗传主成分分析结果提供数据支持。

本发明还提供了一种检测试剂盒，含有所述复合扩增检测体系。该试剂盒能快速获得未知来源个体的DNA 27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型。

本发明提供的一种对未知来源个体进行非、欧、东亚群体遗传主成分析的方法，该方法包括：

1)提取未知来源个体的DNA；

2)获得所述DNA的27个非、欧、东亚群体特异性位点的基因型，所述27个非、欧、东亚群体特异性位点为：rs595961,rs2710684,rs260690,rs10496971,rs10497191,rs6444724,rs1586861,rs28777,rs13182883,rs1366220,rs159606,rs7752055,rs321198,rs366178,rs3780962,rs4244304,rs1498553,rs3825663,rs728404,rs1448485,rs7170869,rs1453858,rs2342747,rs4787040,rs881929,rs1197062和rs4789193；

3)将所述各特异性位点的基因型利用STRUCTURE软件获得群体遗传主成分分析结果。

进一步的，上述2)包括采用与所述27个特异性位点一一对应的27对扩增引物对其进行扩增以获得扩增产物的步骤；以及使用与所述27个特异性位点一一对应的27条延伸引物对所述扩增产物进行延伸以获得延伸产物的步骤。

更进一步的，所述扩增引物为序列表中SEQ ID No.1至SEQ ID No.54的核苷酸序列；所述延伸引物为序列表中SEQ ID No.55至SEQ ID No.81的核苷酸序列。