[发明专利]碱基序列重组系统及方法

权利要求书

1.一种碱基序列重组系统，包括：

映射位置计算单元，从由短片段生成的多个种子序列中选择一个种子序列，并计算选择的种子序列在对象碱基序列中的映射位置；

全局比对单元，从计算出的所述映射位置计算对应于所述选择的种子序列的重复判断区域，并判断在计算出的所述重复判断区域中是否已执行全局比对，判断结果如果没有执行所述全局比对，则在计算出的所述映射位置上执行针对所述短片段的全局比对。

2.如权利要求1所述的碱基序列重组系统，其特征在于，所述重复判断区域为与所述选择的种子序列在所述对象碱基序列中的第k个映射位置之间的距离为设定基准值以内的区域，其中，1≤k≤N，N为所述选择的种子序列的长度。

3.如权利要求2所述的碱基序列重组系统，其特征在于，所述基准值被设定为与所述短片段的长度成比例。

4.如权利要求3所述的碱基序列重组系统，其特征在于，所述基准值被设定为所述短片段的长度的100%～170%。

5.如权利要求1所述的碱基序列重组系统，其特征在于，所述重复判断区域为根据如下数学式进行计算：

m_a-V≤重复判断区域≤m_b+V，

其中，m_a为所述选择的种子序列的第a个映射位置，m_b为所述选择的种子序列的第b个映射位置，N为所述选择的种子序列的长度，V为基准值，并且，1≤a≤N，1≤b≤N。

6.如权利要求5所述的碱基序列重组系统，其特征在于，所述基准值被设定为与所述短片段的长度成比例。

7.如权利要求6所述的碱基序列重组系统，其特征在于，所述基准值被设定为所述短片段的长度的100%～170%。

8.如权利要求1所述的碱基序列重组系统，其特征在于，当已执行全局比对的种子序列的映射位置被包含于所述重复判断区域内时，所述全局比对单元将判断在所述重复判断区域内已执行全局比对。

9.一种碱基序列重组方法，包括如下步骤：

在映射位置计算单元中，从由短片段生成的多个种子序列中选择一个种子序列，并计算选择的种子序列在对象碱基序列中的映射位置；

在全局比对单元中，从计算出的所述映射位置计算针对所述选择的种子序列的重复判断区域；

在所述全局比对单元中，判断在计算出的所述重复判断区域中是否已执行全局比对，判断结果如果没有执行所述全局比对，则在计算出的所述映射位置上执行针对所述短片段的全局比对。

10.如权利要求9所述的碱基序列重组方法，其特征在于，所述重复判断区域为与所述选择的种子序列在所述对象碱基序列中的第k个映射位置之间的距离为设定基准值以内的区域，其中，1≤k≤N，N为所述选择的种子序列的长度。

11.如权利要求10所述的碱基序列重组方法，其特征在于，所述基准值被设定为与所述短片段的长度成比例。

12.如权利要求11所述的碱基序列重组方法，其特征在于，所述基准值被设定为所述短片段的长度的100%～170%。

13.如权利要求9所述的碱基序列重组方法，其特征在于，所述重复判断区域为根据如下数学式进行计算：

m_a-V≤重复判断区域≤m_b+V，

其中，m_a为所述选择的种子序列的第a个映射位置，m_b为所述选择的种子序列的第b个映射位置，N为所述选择的种子序列的长度，V为基准值，并且，1≤a≤N，1≤b≤N。

14.如权利要求13所述的碱基序列重组方法，其特征在于，所述基准值被设定为与所述短片段的长度成比例。

15.如权利要求14所述的碱基序列重组方法，其特征在于，所述基准值被设定为所述短片段的长度的100%～170%。

16.如权利要求9所述的碱基序列重组方法，其特征在于，当已执行全局比对的种子序列的映射位置被包含于所述重复判断区域内时，所述全局比对单元将判断在所述重复判断区域内已执行全局比对。

17.一种装置，包括：

一个以上的处理器；

存储器；

一个以上的程序，

而且，构成为所述一个以上的程序被存储于所述存储器中，并通过所述一个以上的处理器执行，

其中，所述程序中包括用于执行如下步骤的命令：

从由短片段生成的多个种子序列中选择一个种子序列，并计算选择的种子序列在对象碱基序列中的映射位置；

从计算出的所述映射位置计算针对所述选择的种子序列的重复判断区域；

判断在计算出的所述重复判断区域中是否已执行全局比对，判断结果如果没有执行所述全局比对，则在计算出的所述映射位置上执行针对所述短片段的全局比对。