[发明专利]一种用于肛肠疾病患病风险评估基因芯片、制备方法及其试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于遗传检测领域，具体涉及一种用于肛肠疾病患病风险评估基因芯片、制备方法及其试剂盒。

背景技术

肛肠疾病是指与肛门直肠有关的一系列疾病，常见的有痔疮、溃疡性结肠炎、克罗恩氏病、结直肠癌、肛乳头瘤、直肠息肉、乳糜腹泻等，是一种临床常见病、多发病。可发生任何年龄，其中20～49岁患病率最高。中国肛肠协会资料表明，中国肛肠疾病发病率占总人口的59.9％，全国约7.7亿人，且呈逐年上升趋势。传统的治疗方法以手术和药物为主，而且往往达不到理想效果，严重影响患者的身心和健康。

肛肠疾病是多基因位点与环境共同作用的结果，目前已有相关研究报道确定了一些基因的单核苷酸多态性(SNPs)与肛肠疾病相关。单核苷酸多态性是由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换以及单个碱基的缺失和插入。其中最少的一种等位基因在群体中的频率不小于1％。作为第三代遗传标记的SNP在人类基因组中约每1000个碱基就出现一个，并具有如下特点：(1)数量多，分布广泛；(2)遗传稳定；(3)易于基因分型；(4)适于快速、高通量检出。SNP自身的特性决定了它比其他两类遗传标记更适合于对复杂性状的遗传解析以及基于群体基因识别等方面的研究，促使人们不断地寻找新的SNP标记和革新SNP检测技术。

目前已有多种方法可用于SNP检测，传统的SNP检测方法有DNA测序、限制性酶切片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism，RFLP)、单链构象多态性(single strand conformational polymorphism，SSCP)、变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography，DHPLC)等。这些技术虽在某种程度上能完成对SNP的检测，但距快速、高效、自动化的目标还相差甚远。DNA芯片技术是近年来新开发的一种基因检测工具。其原理是将大量的寡核苷酸探针有规律地排列在一张玻片上，这些探针可以与信号显示物质标记的样品DNA的扩增序列的互补序列进行相结合，通过对信号物质进行检测，对杂交结果进行计算机软件处理分析，从而获得杂交信号的强度及其分布模式图。基于寡核苷酸芯片的方法为分析SNP提供了一种高通量的技术，为SNP或基因突变提供了一个高通量的检测平台，可用来平行分析已知基因在不同疾病样本中的突变或SNP位点，以获得疾病易感基因的遗传学改变，并作为线索加强临床上早预防、早发现、早诊断和早治疗，具有重要的社会和经济效益。

经检索，利用肛肠疾病相关基因多态性检测的基因芯片至今还未见报道。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种用于肛肠疾病具体包括结直肠癌、先天性巨结肠症、克罗恩氏病、乳糖不耐受症、溃疡性结肠炎、酒精脸红反应、家族性结肠腺瘤性息肉病、乳糜腹泻和囊性纤维化九种肛肠疾病患病风险评估的基因芯片、制备方法及其试剂盒。

一种用于肛肠疾病患病风险评估基因芯片，其特征在于：包括固相载体、固定在固相载体上的用于检测肛肠疾病易感基因多态性位点的特异性寡核苷酸探针，所述检测肛肠疾病易感基因多态性位点如下：

结直肠癌基因多态性位点(SNP)4个：rs4939827、rs6983267、rs3802842、rs961253

先天性巨结肠症基因多态性位点(SNP)5个：rs137852525、rs104894388、rs1801710、rs193196427、rs193123285

克罗恩氏病基因多态性位点(SNP)11个：rs2066844、rs10761659、rs2066845、rs2066847、rs11209026、rs2241880、rs7714584、rs3197999、rs11190140、rs17234657、rs1893217

乳糖不耐受症基因多态性位点(SNP)3个：rs193268403、rs193267205、rs193116455

溃疡性结肠炎基因多态性位点(SNP)4个：rs2395185、rs9858542、rs10883365、rs11209026、

酒精脸红反应基因多态性位点(SNP)3个：rs193229433、rs193200096、rs193056481

家族性结肠腺瘤性息肉病基因多态性位点(SNP)2个：rs121912665、rs113993961