[发明专利]ATR基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种ATR基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

ATR基因位于3号染色体上(3q22-q24)，负责编码共济失调毛细血管扩张症和相关蛋白Rad3(Ataxia telangiectasia-mutated and Rad3-related，ATR)，ATR蛋白属于磷脂酰肌醇3-激酶相关激酶(phosphatidylinositol3-kinaserelatedkinase，PIKK)蛋白质家族成员，是DNA损伤检查点的主要成员，它们被不同类型的DNA损伤所激活，通过磷酸化相应的下游蛋白Chk1和Chk2等，调节细胞周期各个检查点，引起细胞周期阻滞，使DNA损伤得以修复，因此，ATR在维持基因组的稳定性中起到至关重要的作用。目前，有研究表明，ATR基因突变与肺癌、胰腺癌的发生和发展相关，该突变位点主要包括G632A(rs2227928)、T7301G(rs6782400)和G946A(rs28897764)，通过该突变情况检测来指导实际应用将成为本领域的研究热点。

目前，ATR基因突变检测方法主要有：PCR-RFLP、直接测序法和荧光定量PCR技术，PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。而其它以PCR为基础的检测技术，如直接测序法和荧光定量PCR技术，则存在灵敏度低，样品易污染、假阳性率高的缺点。再次，以上这些方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供ATR基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单项或者并行检测ATR基因三种常见基因型G632A、T7301G和G946A的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下：

一种ATR基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对ATR基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对：每条ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对G632A位点的SEQ ID NO.7及SEQ IDNO.8；针对T7301G位点的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10；和/或针对G946A位点的SEQ ID NO.11及SEQ ID NO.12；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.6；

(B).有ant i-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.13～SEQ ID NO.18，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

在其中一些实施例中，所述扩增引物为：针对G632A位点的SEQ ID NO.19及SEQ ID NO.20；针对T7301G位点的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22；和/或针对G946A位点的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24。

在其中一些实施例中，所述ASPE引物为针对G632A位点的由SEQ ID NO.1和SEQID NO.7组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.8组成的序列；针对T7301G位点的由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.9组成的序列及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.10组成的序列；和/或针对G946A位点的由SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.11组成的序列及由SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.12组成的序列。

本发明的另一目的是提供用于ATR基因突变检测的特异性引物。

实现上述目的的技术方案如下：

用于ATR基因突变检测的特异性引物，为：针对G632A位点的SEQ ID NO.7及SEQ ID NO.8；针对T7301G位点的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10；和/或针对G946A位点的SEQ ID NO.11及SEQ ID NO.12。