[发明专利]构建药物反应相关基因标准型别数据库的方法及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及基因检测领域，特别涉及一种药物反应相关基因的基因型别数据库，药物反应相关基因的基因分型方法，以及药物反应作用的检测方法。

背景技术

药物反应个体差异是临床常见的问题。临床上的许多药物仅对部分患者有效，据估计，哮喘、心血管以及精神病治疗药物有效率约为60％，多达40％的患者疗效不理想甚至无效。同时，部分患者对于常规治疗药物容易产生不良反应。美国流行病学研究表明，6.7％的病人曾经发生过严重的副反应，其中0.32％是致命的，是住院病人的第4～6大死亡原因。造成药物反应个体差异的因素有许多，包括性别、年龄、体重等多个方面，其中最主要的是遗传因素，包括药物代谢、转运以及作用靶点基因的遗传多态性。

进入机体的药物主要在肝脏、小肠内经过I相(氧化还原、水解反应)和II相(结合反应)代谢后排除体外。参与I相代谢反应的酶类主要为CYP450家族，其中研究较多的为CYP1、CYP2以及CYP3亚家族。编码这些酶基因的多态性明显影响酶的活性，从而影响药物在体内的代谢。如普萘洛尔是CYP2D6的重要底物，在不同个体中的血药浓度最多可相差20倍，中国人群中CYP2D6*10等位基因的突变高达51.6％，是导致中国人群中CYP2D6代谢活性下降的主要原因。参与II相反应的酶类包括巯嘌呤甲基转移酶(TPMT)、N-乙酰基转移酶(NATs)、尿核苷二磷酸葡萄糖苷酰转移酶(UGT1A1)等。其中TPMT基因为纯和突变的白血病患者，对于常规剂量的6-巯基嘌呤会产生严重的毒性，导致严重的骨髓抑制和肝损害。药物转运相关蛋白突变可导致机体药物累积浓度过高，或降低细胞内的药物浓度。研究显示多要耐性基因ABCB1(MDR1)其突变与多种抗癌药物的抗性密切相关。

根据个体基因型的检测来辅助指导临床用药剂量或针对性用药，能有效减少和避免不良反应的发生，达到最佳的治疗效果。目前针对药物相关的基因多态性检测如PCR/RFLP、探针杂交等，大多存在检测位点少，通量低的不足，其中用于多态性检测最新的技术为基于多重PCR的芯片杂交技术，但是也存在检测位点数量限制且检测位点必须为已知的缺陷。

发明内容

本发明的目的是提供一种药物反应相关基因的基因标准型别数据库，及以该数据库为基础的快速检测药物反应相关基因的基因分型的方法和药物反应作用的检测方法。

为实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：

本发明公开了一种构建药物反应相关基因的基因标准型别数据库的方法，包括以下步骤：将药物反应相关基因的基因型别的突变信息对应的特定序列与人类全基因组标准序列进行比对，获得药物反应相关基因的特定序列与人类全基因组标准序列在每个碱基位置上的对应关系；根据比对获得的碱基对应关系，将药物反应相关基因的基因型别转换成相对于人类全基因组标准序列的基因型，获得药物反应相关基因的标准化基因型别。

优选的，药物反应相关基因包括选自ABCB1、ABCG2、ADRB1、APC、ARG1、ASL、ASS1、BCHE、BRAF、CDKN2A、CPS1、CYP19A1、CYP1A2、CYP1B1、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP3A5、CYP3A7、CYP4F2、DPYD、EGFR、EGR1、ERBB2、F2、F5、G6PD、GSTA1、HLA-B、KIT、KRAS、MTHFR、NAGS、NAT1、NAT2、NRAS、OTC、RNR1、SLCO1B1、SULT1A1、TPMT、TYMS、UGT1A1、VKORC1、XRCC1等48个人类药物反应相关基因的至少一种。

进一步的，上述方法还包括，将药物反应相关基因定位于人类全基因组标准序列上，确定药物反应相关基因编码序列的起始位置和终止位置，获得药物反应相关基因的基因型别突变信息对应的特定序列。

优选的，药物反应相关基因的基因型别突变信息对应的特定序列包含药物反应相关基因的编码序列的起始位置上游5000bp至编码序列终止位置下游的500bp区域。

优选的，人类全基因组标准序列为hg19。

本发明的另一方面，还公开了一种由本发明提供的数据库构建方法所构建的药物反应相关基因的基因标准型别数据库。

进一步的，药物反应相关基因的基因标准型别数据库中，药物反应相关基因的各标准化基因型别对应有药物反应作用的相关信息；优选的，药物反应相关基因包括以下48个人类药物反应相关基因中的至少一种。

表1人类药物反应相关基因