本发明公开了一种苹果耐旱负调控基因MdbHLH108及其应用,所述苹果基因MdbHLH108的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明通过植物基因工程技术,从平邑甜茶实生苗中分离克隆出抗性相关基因MdbHLH108完整编码区段的DNA片段,并验证了该基因的功能,发现采用超量表达之后转基因材料抗旱性降低,并且对ABA敏感性明显提高,说明基因MdbHLH108在干旱中起到负调控的作用,该负调控因子有潜力应用于基因编辑培育抗旱新品种,并且对苹果抗旱定向遗传改良和砧木选育有重要意义。