本发明提供了一种如SEQ ID NO:2所示的橡胶树柠檬酸裂解酶编码基因及其编码蛋白和应用。本发明发现其将该基因转入原核表达菌株后,能够显著提高菌株在正常条件下的生长速率和抗抗钠、铝胁迫能力,将该原核表达菌株应用于工程菌,生长速度快,能显著提高效率,降低成本等;该基因在橡胶树库组织(胶乳)中高表达,受正常割胶影响蛋白表达上调,受强割影响基因表达上调,与橡胶树胶乳产量呈正相关,可作为靶基因应用在橡胶树产胶的研究中;该基因受乙烯利刺激出现表达下调,表明该基因可能参与外界应激反应,可作为靶基因应用在橡胶树抗逆境胁迫能力的研究中;该基因可作为重要的基因资源,还可能在橡胶树以外的其他植物的基因工程中得到应用。