本发明公开了一种短日照敏感型细胞死亡SSD1基因及其编码蛋白与应用,所述SSD1基因具有如SEQ ID NO:1所示的序列。本发明是以模式植物拟南芥为试验材料,通过EMS诱变,筛选获得一个短日照敏感型细胞死亡突变体ssd1。采用图位克隆法分离该基因,并发现了基因突变位点,该基因的缺失在短日照条件下导致了细胞死亡。SSD1基因是拟南芥在短日照条件下生长所必需的,且在植物中具有广泛的同源性。该基因生物学功能的发现以及同源基因的相关研究有助于深化光周期调控植物细胞死亡的研究,对探讨植物细胞死亡的分子机理具有重要的科学意义,同时对短日照地区作物品种改良具有重要的应用价值。