本发明公开了一种文蛤壳色的分子标记及其鉴定方法与应用试剂盒,属于分子生物学技术领域。本发明所述文蛤壳色的分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.9或SEQ ID NO.11或SEQ ID NO.22或SEQ ID NO.23。用于检测权利要求1所述的文蛤壳色的分子标记的PCR扩增特异性引物对的核苷酸序列:所述检测SEQ ID NO.9的引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示;所述检测SEQ ID本发明为研究文蛤不同壳色的基因表达调控提供了理论基础,为进一步揭示文蛤壳色的遗传基础与分子机制提供参考。