本发明公开了哲罗鲑和细鳞鲑种质鉴别引物、鉴别方法及试剂盒,所述引物包括上游引物HtaC1041F和下游引物HtaC1041R;上游引物HtaC1041F的序列如SEQ ID NO.1所示,下游引物HtaC1041R本发明是国内外首次基于分子生物学技术原理建立的哲罗鲑和细鳞鲑种质鉴别的新方法,它利用哲罗鲑EST序列设计了1对SSR引物,通过一个PCR反应就可以实现哲罗鲑和细鳞鲑的鉴别。本发明可以区分哲罗鲑和细鳞鲑完整个体及其加工产品,且可以用于鱼卵、刚孵出苗种的鉴定,具有准确快捷、客观公正、经济实用的特点。