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[发明专利]一种对特征丰度数据和样本表型数据进行关联分析的方法-CN202110388456.X在审
发明人：马玉昆;张晓伟;王帅;白晓刚;李峰峰;孙琼琳;李伟华 -专利权人：北京果壳生物科技有限公司
申请日： 2021-04-12 - 公布日： 2021-06-15 - 主分类号： G06F16/215 文献下载
摘要：本发明涉及一种对特征丰度数据和样本表型数据进行关联分析的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)获取特征丰度数据矩阵和样本表型数据矩阵，并同时对这两个数据矩阵进行预处理；(2)对预处理后的特征丰度数据矩阵和样本表型数据矩阵进行LASSO回归，过滤掉回归过程中，回归系数被LASSO回归模型压缩为0的特征和样本；(3)计算剩余特征丰度数据矩阵中特征之间以及样本表型数据矩阵中样本之间的相关系数，并将相关性未达到预设阈值的特征和样本进行过滤；(4)对最终剩余的特征丰度数据矩阵与样本表型数据矩阵进行线性回归分析，最终得到特征丰度数据矩阵中和样本表型数据有关联的特征。本发明可以广泛应用于生物学数据分析领域。
一种特征度数样本表型数据进行关联分析方法

[发明专利]用于2型糖尿病的生物标志物及其用途-CN201810143729.2有效
发明人：赵立平;张晨虹;吴国军;张梦晖 -专利权人：完美（广东）日用品有限公司;完美（中国）有限公司;扬州完美日用品有限公司
申请日： 2018-01-31 - 公布日： 2023-08-18 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明提供了基于数个CAG的丰度数据来在对象中评估2型糖尿病之存在或发生风险的方法。本发明还提供了基于这些CAG的丰度数据来在患有2型糖尿病的对象中评价饮食干预或疾病治疗之效力的方法。
用于糖尿病生物标志及其用途

[发明专利]一种个体差异表达蛋白质的识别方法-CN202111362073.1在审
发明人：俞容山;刘亚琛;童梦莎;林雅岚;吴雨娟;林育祥 -专利权人：厦门大学
申请日： 2021-11-17 - 公布日： 2022-03-22 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种个体差异表达蛋白质的识别方法，该方法包括以下步骤：S1、对蛋白质丰度数据进行预处理；S2、验证正常队列的蛋白质丰度数据中是否存在高度显著的蛋白质对；S3、选取个体层面差异表达算法中的参考组；S4、基于参考组采用个体层面差异表达算法识别差异表达蛋白质；该发明首先基于蛋白质丰度数据的特征，对蛋白质丰度数据进行预处理，去除变异系数高以及缺失值比例高的蛋白质，减少蛋白质定量误差对个体差异蛋白结果的影响
一种个体差异表达蛋白质识别方法

[发明专利]死亡时间的推断方法、模型构建方法、设备及存储介质-CN202310467905.9在审
发明人：董春楠;赵广众;梁宇 -专利权人：河北医科大学
申请日： 2023-04-27 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： G06N5/04 文献下载
摘要：该方法包括：提取待检测对象尸体下方且与该尸体相接触的土壤表面所含的微生物DNA，其中，待检测对象的尸体埋藏在土壤中；以微生物DNA为模板，对微生物种属特征的目的片段进行扩增测序，并提取预设菌群集合的相对丰度数据集；将预设菌群集合的相对丰度数据集输入到经过训练的死亡时间预测模型中，以获得待检测对象的死亡时间。本发明只需要以提取到的微生物DNA为模板，对微生物种属特征的目的片段进行扩增，并提取预设菌群集合的相对丰度数据集，并将该相对丰度数据集输入到死亡时间预测模型中，即可得到死亡时间，死亡时间推断过程更加客观
死亡时间推断方法模型构建设备存储介质

[发明专利]评价营养素对肠道菌群作用的方法、系统、设备及介质-CN202110871686.1有效
发明人：刘庆军;沈鹤霄;吕永玲;李国龙 -专利权人：美益添生物医药（武汉）有限公司
申请日： 2021-07-30 - 公布日： 2023-03-24 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请涉及一种评价营养素对肠道菌群作用的方法、系统、设备及介质，其方法包括获取多种营养素分别单独对每个肠道菌群样本培养前后各个菌类的丰度数据；根据每种营养素对应的肠道菌群样本中各个菌类培养前后的丰度数据，判断每个菌类的变化是否满足显著性要求，若是，则将满足显著性要求的菌类筛选出来并作为对应营养素的目标菌；根据每种营养素的目标菌培养前后的丰度数据，并采用线性分析，确定每种营养素对对应的目标菌的影响度。
评价营养素肠道作用方法系统设备介质

[发明专利]石油钻井中核磁共振岩石含油丰度的定量分析方法-CN200810230409.7有效
发明人：陈英毅;何国贤;王飞龙;张晋元;周天顺;周小勇;陈乐龙 -专利权人：中国石化集团华北石油局
申请日： 2008-10-14 - 公布日： 2009-02-18 - 主分类号： E21B49/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种利用核磁共振技术对细碎钻井岩屑的含油丰度分析方法。该方法包括对核磁共振分析仪器进行调试与标定；制作目的层位岩石含油丰度工作曲线，取工区目的层位无油气显示的储集层岩屑和该目的层位原油，配成原油、岩屑的系列混合样品；经水溶性顺磁离子溶液浸泡处理；然后进行核磁共振分析；以核磁共振信号强度为横坐标、样品原油含量为纵坐标绘制散点图，按照一元线性回归方法求取核磁共振信号强度与岩石含油丰度的相关系数和相关方程，制作目的层位岩石含油丰度工作曲线；然后求取岩石含油丰度数据。该方法可实时对钻井岩屑进行分析，实时获得岩石含油丰度数据，达到对储集层含油性的定量评价，实时为石油勘探开发生产提供技术支持。
石油钻井核磁共振岩石含油定量分析方法

[发明专利]一种肠道菌群大数据的并行识别分析方法及系统-CN202210917101.X有效
发明人：衡益;王晨;万北宸;韩熠南 -专利权人：中山大学
申请日： 2022-08-01 - 公布日： 2022-12-27 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明涉及肠道菌群数据量化分析技术领域，提出一种肠道菌群大数据的并行识别分析方法及系统，其中包括以下步骤：获取肠道菌群样本的相对丰度数据并以子数据集进行数据划分，得到子数据集相应的菌群相对丰度矩阵；利用贝奥武夫集群并利用R语言的parallel包并行执行以下识别分析步骤：1）对所述菌群相对丰度矩阵进行预处理，去除所述菌群相对丰度矩阵中的缺失数据和空值数据；2）执行热聚类分析，输出热聚类图；3）执行相关性分析，输出相关性网络图；4）执行特殊菌类识别，输出特殊菌类识别结果；以及，根据经过预处理的菌群相对丰度矩阵执行菌群分布分析和多样性分析，生成肠道菌群相对丰度分布图和多样性分析图。
一种肠道菌群大数据并行识别分析方法系统

[发明专利]一种确定井位的方法和装置-CN201611241854.4有效
发明人：唐资昌;牛志文;李艳静;王红梅;吕露;李强 -专利权人：中国石油天然气集团公司;中国石油集团东方地球物理勘探有限责任公司
申请日： 2016-12-29 - 公布日： 2019-06-11 - 主分类号： E21B43/30 文献下载
摘要：该方法包括：利用油藏数值模拟方法确定当前老井开发至废弃时的第一饱和度数据和第一累积产油量；利用当前饱和度数据和预设油藏参数绘制剩余可动油储量丰度分布图；选取符合预设约束条件的剩余可动油储量区作为新井的井位；利用油藏数值模拟方法确定当前井位图对应的井从开发至废弃时的第二饱和度数据和第二累积产油量；判断第二累积产油量与第一累积产油量的差值是否大于预设布新井位阈值；当判断为是时，将第二饱和度数据作为当前饱和度数据进行剩余可动油储量丰度分布图的绘制至上述判断结果为否
一种确定井位方法装置

[发明专利]一种裂变产物核衰变过程的丰度计算方法-CN202211403918.1在审
发明人：舒能川;黄小龙;卓俊;陈永静;牛进林;金永利;左应红;吴小飞 -专利权人：中国原子能科学研究院
申请日： 2022-11-10 - 公布日： 2023-04-04 - 主分类号： G16C60/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种裂变产物核衰变过程的丰度计算方法，根据衰变微分方程的特点，针对n个裂变产物核，只考虑衰变过程，用矩阵表示丰度变化的微分方程组，采用Python语言编写程序对其进行求解，得到裂变产物核的丰度随时间变化的结果该方法程序设计简单，输入数据种类少，速度快，可以快捷地得到裂变后的产物核衰变过程的丰度数据。在处理器i5‑1155G7@2.50GHz的情况下，耗时小于1秒，远远快于同类程序。
一种裂变产物衰变过程计算方法

[发明专利]一种评价生物滤池反冲洗效果的方法-CN202110490212.2有效
发明人：柏耀辉;林慧;周洁;王东麟;曲久辉 -专利权人：中国科学院生态环境研究中心
申请日： 2021-05-06 - 公布日： 2023-06-27 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：该方法包括：分别采集生物滤池反冲洗前以及反冲洗后不同恢复时间的滤料样品；提取滤料样品中微生物的DNA并进行基因测序，获得基因测序数据；对基因测序数据进行处理，计算每个滤料样品中微生物的物种丰度，获得物种丰度数据集；以物种丰度数据集作为响应变量，以是否进行反冲洗处理作为解释变量，以反冲洗后的恢复时间作为协变量，建立主响应曲线PRC模型，提取反冲洗后不同恢复时间的典范系数，作为评价生物滤池反冲洗效果的指标。
一种评价生物滤池冲洗效果方法

[发明专利]一种湖相沉积古盐度的判识方法-CN202210353279.6在审
发明人：江凯禧;苏明;王策;雷亚平;尹幸佳;孟峥;刘佳威 -专利权人：中山大学
申请日： 2022-04-02 - 公布日： 2022-06-28 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明的一种湖相沉积古盐度的判识方法，包括以下步骤：(1)预处理泥岩样品并进行提取、分离，得芳烃组分；(2)检测并计算芳烃组分中的一甲基、二甲基和三甲基脱羟基维生素E类化合物的相对丰度，得相对丰度数据；(3)建立以一甲基、二甲基和三甲基脱羟基微生物E类化合物相对丰度为端元的古盐度判识三角图版；(4)将相对丰度数据投点于古盐度判识三角图版中，得沉积古盐度信息；本发明以脱羟基维生素E进行古盐度的判识并建立以一甲基、二甲基和三甲基脱羟基维生素E化合物相对丰度为端元的古盐度判识三角图版，得到的判识方法具有高专一性、可信度和灵敏度。
一种沉积盐度方法

[发明专利]一种生物多样性分析系统及方法-CN202211646406.8在审
发明人：沈丽新;白洁;石明明 -专利权人：深圳华大基因科技服务有限公司
申请日： 2022-12-19 - 公布日： 2023-06-06 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本发明涉及一种生物多样性分析系统及方法，其系统包括：构建模块，被配置为获取多个物种的丰度数据以及物种多样性分析方法所需的参数配置数据，并根据所述丰度数据以及参数配置数据构建数据库；数据处理模块，被配置为响应参数配置数据，对目标物种或样本的物种数据进行筛选、过滤或标准化；数据分析模块，被配置为响应参数配置数据，将数据处理模块处理后的物种数据进行差异分析、Alpha指数分析或Beta距离分析；输出模块，被配置为根据预设脚本输入的参数配置数据，调用数据处理模块或数据分析模块并返回输出结果。
一种生物多样性分析系统方法

[发明专利]一种肿瘤免疫亚型分类方法及系统-CN202011211932.2有效
发明人：艾冬梅;王瑜多;李晓鑫 -专利权人：北京科技大学
申请日： 2020-11-03 - 公布日： 2021-07-02 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种肿瘤免疫亚型分类方法及系统，该方法包括：获取包括多个肿瘤组织的RNA‑seq测序数据和基因表达谱数据的样本数据集；计算样本数据集中的每一样本所对应的肿瘤组织中的微生物丰度数据、免疫细胞比例数据和与免疫相关的基因表达数据；以微生物丰度数据、免疫细胞比例数据和与免疫相关的基因表达数据为分类特征，构建训练样本数据集，并采用SMOTE算法对少数类进行扩充，对随机森林模型进行训练，并通过加权的形式，对随机森林模型进行改进：增加少数类的权重
一种肿瘤免疫分类方法系统

[发明专利]针对稳定型冠心病的急性冠脉综合征风险预测方法及装置-CN202110157590.9在审
发明人：杨跃进;朱海波;杨进刚;董超然;许靖 -专利权人：中国医学科学院阜外医院
申请日： 2021-02-05 - 公布日： 2021-03-16 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种针对稳定型冠心病的急性冠脉综合征风险预测方法及装置，方法包括：获得急性冠脉综合征患者和稳定型冠心病患者的粪便样本DNA数据；利用琼脂糖凝胶方法确定粪便样本DNA数据的总量数据和总浓度数据；将总量数据与总浓度数据与预设阈值进行比较，对粪便样本DNA数据进行筛选；对筛选出的粪便样本DNA数据进行双端测序处理和进行物种注释分析和功能注释分析，得到相对丰度信息；根据相对丰度信息和预先筛选的急性冠脉综合征的生物标记物，确定肠道菌群特征数据；将肠道菌群特征数据输入预先建立的机器学习模型进行训练，得到急性冠脉综合征风险预测模型进行风险预测。
针对稳定冠心病急性综合征风险预测方法装置

[发明专利]基于微生物组测序数据和机器学习算法的死亡时间推断方法-CN201911303424.4有效
发明人：王振原;刘睿娜;徐纪茹;沈明望;顾玥茜 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2019-12-17 - 公布日： 2021-12-28 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于微生物组测序数据和机器学习算法的死亡时间推断方法，以提取自小鼠尸体的盲肠样本中的DNA为模板，针对微生物的16S rDNA设计引物进行PCR扩增，利用扩增产物建立基因文库并测序。对有效测序数据进行OTUs聚类和物种分类分析。基于物种的丰度分布情况去除相对丰度及组间方差变化小的物种分类，提取得到用来建立死亡时间推断模型的特征微生物种类，利用小鼠死亡后不同时间点的样本微生物丰度数据训练人工神经网络，得到可以准确预测死亡时间的数学模型
基于微生物序数机器学习算法死亡时间推断方法

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