本发明提供了一种与烟草成熟期集中落黄性状相关的SNP标记分子和应用,属于农业生物技术领域。本发明提供的与烟草成熟期集中落黄性状相关的SNP标记分子,在核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示序列的基础上第160位存在A/T多态性位点。所述SNP分子标记与成熟期集中落黄基因Ntpy基因紧密连锁。利用所述SNP分子标记培育集中落黄烤烟新品种,通过筛选基因型为AA或AT的烤烟子代单株,结合子代植株长势长相特点,成功筛选获得集中落黄新品种PYK326,且植物学性状和农艺性状与亲本K326基本一致,成熟时间提前一周,表现为集中落黄。