本发明公开了一种辅助鉴定五指山小型猪近交系的方法。本发明提供的辅助鉴定五指山小型猪近交系和/或非五指山小型猪近交系的方法,是检测待测猪的GenBankAccession Number DQ406743的自5′末端第1400位脱氧核糖核苷酸是C还是T,确定待测猪的基因型是CC、CT还是TT;CC基因型的待测猪为候选的五指山小型猪近交系;CT基因型的猪和TT基因型的待测猪为非五指山小型猪近交系。本发明的方法可应用于五指山小型猪近交系的育种。可对待测猪群中的所有猪先进行初步筛选,淘汰非五指山小型猪近交系,找出候选的五指山小型猪近交系,结合其它方法进行进一步确认。本发明还可应用于检测市购的五指山小型猪近交系是否为假冒的。