本发明提供了一种果蔗芽变的分子鉴定方法及其专用引物,所述果蔗芽变的分子鉴定的专用引物为序列表SEQ ID NO1核苷酸序列的引物;所述果蔗芽变的分子鉴定方法包括以下步骤提取果蔗亲本拔地拉及对应的疑似芽变果蔗品种的基因组DNA,采用所述专用引物分别对基因组DNA进行PCR扩增,对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳以区分芽变,果蔗亲本拔地拉及对应的疑似芽变果蔗品种的电泳条带模式在625bp处有强度的差异,疑似芽变果蔗品种为真实芽变品种采用本发明的技术方案能有效地、快速地从果蔗自然突变株中鉴定出芽变品种,为有效选择变异奠定了技术基础,操作简便、用途广泛,节约了大量的人力和物力,便于推广。