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[发明专利]药效团聚类方法-CN201811561630.0在审
发明人：周凌霄;王曼 -专利权人：周凌霄
申请日： 2018-12-20 - 公布日： 2019-05-07 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提出一种实现蛋白质与蛋白质，小分子与蛋白质之间结合的药效团聚类方法，包括步骤：步骤一、自动批量生成药效团模型；步骤二、从药效团模型中提取每个药效团特征的3D坐标和特征名称；步骤三、计算提取的每个药效团特征的部分电荷与疏水性，利用部分电荷与疏水性重新定义每个药效团特征；步骤四、将每个药效团特征置于五维空间；步骤五：计算出药效团模型间的差异值；步骤六：对批量的药效团模型进行聚类，聚类结果用于预测蛋白质与蛋白质或蛋白质与小分子化合物间的结合
蛋白质药效团模型药效团特征电荷疏水性团聚小分子化合物聚类结果重新定义小分子聚类五维预测

[发明专利]基于药效团模型的全新药物分子构建方法-CN200810045707.9无效
发明人：杨胜勇;黄奇;魏于全;马长英;张会 -专利权人：四川大学
申请日： 2008-07-31 - 公布日： 2008-12-24 - 主分类号： G06F17/50 文献下载
摘要：基于药效团模型的全新药物分子构建方法涉及计算机辅助药物开发。选择药效特征片段，将药效特征片段叠放于药效团模型的适当位置，使用遗传算法控制药效特征片段的连接，构建完全满足药效团模型的新分子。步骤是：输入药效团模型；建立药效特征片段和连接子数据库；在药效团模型框架中合理放置药效特征片段，初始化种群；判断是直连药效特征片段还是加入连接子；对生成的分子进行药效团特征、空间位阻限制和药效性质的判断本发明在蛋靶白三维结构未知的情况下实现了分子的从头设计，构建的药物分子完全满足药效特征要求又具新颖性，意义十分重大。
基于药效模型全新药物分子构建方法

[发明专利]一种基于药效团模型的小分子生成方法、设备及介质-CN202210584466.5有效
发明人：李敏;周韧易;朱慧敏 -专利权人：中南大学
申请日： 2022-05-27 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于药效团模型的小分子生成方法、设备及介质，方法：使用全连接图表示药效团模型；使用基于图神经网络的特征提取模型，从药效团模型的全连接图中提取药效团模型的特征向量；从指定的潜变量分布中随机采样获得潜变量；将潜变量和药效团模型的特征向量输入到预先训练好的解码器中，生成得到与药效团模型匹配的分子；其中训练好的解码器，是通过使用训练样本对变分自编码器训练得到的解码器。
一种基于药效模型分子生成方法设备介质

[发明专利]一种分子对接方法、装置及电子设备-CN202310535466.0在审
发明人：请求不公布姓名;窦猛汉 -专利权人：合肥本源量子计算科技有限责任公司
申请日： 2023-05-12 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： G16C20/64 文献下载
摘要：其中，所述方法包括：获取化合物小分子的第一空间结构和靶体蛋白的第二空间结构；确定所述第一空间结构中存在的第一药效团以及所述第二空间结构中存在的第二药效团；建立用于表示各所述第一药效团以及各所述第一药效团之间距离的第一药效团模型，并建立用于表示各所述第二药效团以及各所述第二药效团之间距离的第二药效团模型；通过量子近似优化算法确定所述第一药效团模型和所述第二药效团模型之间得分满足预设筛选条件的结合方式，其中，所述得分与所述第一药效团模型和所述第二药效团模型结合时相互结合的药效团之间的距离相关
一种分子对接方法装置电子设备

[发明专利]一种连接体及其制备方法-CN202210973620.8在审
发明人：肖泽宇;赵娜;吴文伟 -专利权人：上海交通大学医学院
申请日： 2022-08-15 - 公布日： 2022-12-02 - 主分类号： C07H21/04 文献下载
摘要：连接体包括药效团P、药效团Q以及连接药效团P和药效团Q的脱氧核苷酸和/或脱氧核苷酸的衍生物。药效团P由基团B去掉保护基后得到，药效团Q由基团X去掉保护基后得到。基团B为苄基喹诺酮羧酸药效团经化学修饰后得到，基团X为占诺美林药效团经化学修饰后得到。连接体的制备方法：将基团B、基团X与脱氧核苷酸和/或脱氧核苷酸的衍生物连接形成连接体，其中包括固相合成技术。采用本申请的方法能够自动化合成包含两个药效团的双识别位点分子探针或双价药物，从而替代传统的逐步连接方法，可实现筛选库的高效构建，并且能够通过调控脱氧核苷酸的数目及碱基排列分别调控药效团空间距离及空间取向
一种连接及其制备方法

[发明专利]一种双药效团DNA编码化合物库的合成方法-CN202211556531.X在审
发明人：李亦舟;赵桂贤;钟书婷;张功 -专利权人：重庆大学
申请日： 2022-12-06 - 公布日： 2023-05-16 - 主分类号： C40B40/08 文献下载
摘要：本发明涉及DNA编码化合物库技术领域，尤其涉及一种双药效团DNA编码化合物库的合成方法，构建可逆共价的“Y型”DNA起始片段，合成双药效团DNA编码化合物库；进行双药效团DNA编码化合物库与单药效团DNA编码化合物库的可控转化；使得DNA编码化合物库与多种筛选体系兼容；将单药效团DNA编码化合物库进行动态组合化合物库的构建，并利用共价交联基团将动态结构进行平衡锁定；将单药效团DNA编码化合物库与其它单药效团化合物库进行组合，进行自组装多药效团库的构建；通过DNA杂交与共价交联，将单药效团DNA编码化合物库与功能DNA偶联物配对结合。
一种药效 dna 编码化合物合成方法

[发明专利]分子生成方法、装置及计算机可读存储介质和终端设备-CN202010311281.8有效
发明人：王硕;谢昌谕;张胜誉;廖奔犇;姚小军 -专利权人：腾讯科技（深圳）有限公司
申请日： 2020-04-20 - 公布日： 2023-08-29 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：分子生成装置会确定种子分子进行形状变化后形成的生成分子的活性信息，这样考虑到生成分子与受体相结合的稳定性；同时，分子生成装置还会将活性较高的生成分子的第一药效团特征与种子分子的第二药效团特征进行比较，得到相似度在预置范围的生成分子作为新的种子分子，再形成新的生成分子，由于药效团特征的相似度较小时，说明生成分子与种子分子之间的骨架相差较大，这样，通过新的种子分子再形成新的生成分子时，可以得到骨架丰富且活性较高的生成分子，加速了新药物的发现。
分子生成方法装置计算机可读存储介质终端设备

[发明专利]基于药效团与alpha-碳特征的金属酶活性位点对比方法-CN202110428076.4有效
发明人：李国菠;李根;戴青青 -专利权人：四川大学
申请日： 2021-04-21 - 公布日： 2023-01-31 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：基于药效团与alpha‑碳特征的金属酶活性位点对比方法。收集大量的金属酶晶体结构构建金属酶信息库，针对每个金属酶基于金属离子和溶剂可及性原理识别其活性位点，根据活性位点的表面原子与表面氨基酸构建药效团特征模型与alpha‑碳特征模型，将靶标金属酶与金属酶信息库中的活性位点特征模型进行相似性对比与晶体结构叠合，综合考虑相似性打分和叠合结构特征，输出与靶标金属酶活性位点相似的其他金属酶。本发明综合考虑活性位点的药效团特征与结构特征，准确、全面地表征金属酶活性位点信息；在获得活性位点相似性结果的同时，对金属酶晶体结构进行叠合，获得与靶标金属酶的相似金属酶，可视化的分析更为充分详尽，为靶标金属酶的药物发现提供更多线索
基于药效 alpha 特征金属活性对比方法

[发明专利]分子生成方法、模型构建方法、装置、设备及存储介质-CN202210422302.2在审
发明人：郑莲君;范方达;李远鹏;王纵虎 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2022-04-21 - 公布日： 2022-07-22 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本申请涉及一种分子生成方法、模型构建方法、装置、设备及存储介质，该方法包括：获取药效团特征矢量；利用预设模型的第一子模型对药效团特征矢量进行处理，得到目标构象矢量；利用预设模型的第二子模型对目标构象矢量进行压缩处理
分子生成方法模型构建装置设备存储介质

[发明专利]包含对患病组织具有选择性的药效团的组合物及其制备方法-CN201580053937.8在审
发明人：大卫·曼;埃尔基·鲁奥斯拉蒂;小松政信 -专利权人：血管生物科学;桑福德伯纳姆普利柏斯药物探索研究所;大卫·曼;埃尔基·鲁奥斯拉蒂;小松政信
申请日： 2015-08-04 - 公布日： 2017-05-31 - 主分类号： A61K38/00 文献下载
摘要：所述组合物和方法基于选择性结合并归巢于患病组织，并使靶向治疗产生有益的治疗结果的肽药效团。肽药效团可以选择性靶向肿瘤脉管系统、再生组织、受伤组织、发炎组织、纤维化组织、重建组织、及以升高的乙酰肝素酶水平为特征的组织，并且具有内化进入这些患病细胞的能力。
包含患病组织具有选择性药效组合及其制备方法

[发明专利]一种基于药效团模型和分子对接筛选sEH抑制剂的方法-CN202210714161.1在审
发明人：杜明;刘攀;程述震;涂茂林;刘汉雄;徐献兵;王震宇 -专利权人：大连工业大学
申请日： 2022-06-22 - 公布日： 2023-05-05 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于药效团模型和分子对接筛选sEH抑制剂的方法，属于食品科学技术领域。所述方法的步骤主要包括：训练集与测试集准备、药效团模型构建、待筛选集构建、利用最适药效团模型和分子对接筛选待筛选集、结合能量筛选。本发明通过共同使用药效团模型与柔性对接，解决了目前针对多肽筛选过程中，快速与准确性无法兼顾的问题。
一种基于药效模型分子对接筛选 seh 抑制剂方法

[发明专利]一种以TEAD为靶点的抗肿瘤药物的虚拟筛选方法-CN202210294298.6在审
发明人：吕欣 -专利权人：三亚希诺科技有限公司
申请日： 2022-03-24 - 公布日： 2022-10-28 - 主分类号： G16C20/70 文献下载
摘要：为靶点的抗肿瘤药物的虚拟筛选方法，属于抗肿瘤领域，一种以TEAD为靶点的抗肿瘤药物的虚拟筛选方法，包括有以下步骤：S1：以TEAD2为受体蛋白，对受体蛋白与配体的结合位点进行预测；S2：对结合位点进行药效团模型的建立，筛选出蛋白质和配体结合过程中起关键作用的药效团，使用预测得到的关键药效团对Specs数据库进行匹配筛选，根据药效团得分对配体进行排序，并挑选出匹配排序靠前的配体，它可以实现，基于关键药效团模型，显性水分子对接和构象打分的原理和方法，对Specs数据库虚拟筛选，筛选出具有较好药效团匹配和较好对接能力的化合物，其在以TEAD为靶点的抗肿瘤药物开发领域具有很好的应用价值和前景。
一种 tead 肿瘤药物虚拟筛选方法

[发明专利]分子杂交方法及平台-CN202110082194.4有效
发明人：马松龄;马文志;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2021-01-21 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：接收标注好区域的参照分子，进行侧链切割，切割后保留侧链原始的三维坐标，输出侧链，将不同参照分子切割下来的功能类似的侧链合并在一起，同时将母核合并保存；对侧链进行扩增；对每批同样位点切下来的侧链片段，提取侧链的共同药效团，构建药效团模型，对于药效团数量大于或等于设定数量的则判断为有效药效团模型；对扩增的片段结构进行属性过滤，对有效药效团模型再进行药效团过滤；将过滤后的片段与保存的母核结构，按照对应的切割点进行拼接，产生候选分子库
分子杂交方法平台

[发明专利]用于治疗胃肠疾病的化合物和方法-CN201980077999.0在审
发明人： W·N·埃尔-纳切夫 -专利权人：加利福尼亚大学董事会
申请日： 2019-09-26 - 公布日： 2021-07-23 - 主分类号： C07D231/08 文献下载
摘要：本公开涉及当与药效团键合时使所述药效团经历首过代谢的化学部分。通过经历首过代谢，可使药效团具有较低的生物利用度。
用于治疗胃肠疾病化合物方法

[发明专利]一种基于VR的药效团虚拟筛选系统及方法-CN202111500082.2在审
发明人：李洪林;何高奇;周建超;刘顺 -专利权人：华东理工大学
申请日： 2021-12-09 - 公布日： 2022-03-04 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于VR的药效团虚拟筛选系统及方法，其系统包括文件加载模块、分子可视化模块、分子模型渲染模块、药效团虚拟筛选模块、交互分析模块与操作导引模块；在VR环境中，从加载与解析蛋白质分子数据开始，在操作导引模块的引导下依次经过可视化模块、模型渲染模块后，在药效团虚拟筛选模块中提取出药效团模型并执行筛选，最终得到具有潜在生物活性的配体分子列表，在交互分析模块中展示优化结果。本发明能够有效提升药效团虚拟筛选的可靠性以及科研效率，为新药研发赋能；另一方面，本发明的交互式引导能够使初学者快速上手，理解相关研发过程，为培养药物研发人才提供可靠且易用的工具。
一种基于 vr 药效虚拟筛选系统方法

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