本发明公开了一种lncRNA分子,及其作为乳腺癌脑转移分子标记物的应用,lncRNA分子的碱基序列如SEQ ID NO:1所示;本发明的lncRNA分子可以作为乳腺癌脑转移的标记物,用于乳腺癌脑转移的预测及诊断;能显著提高乳腺癌脑转移诊断的准确性和特异性;本发明的长链非编码RNA lncBCBMAT在恶性乳腺癌组织标本中的表达高于良性乳腺肿瘤,在乳腺癌脑转移患者血浆中的表达水平明显高于普通乳腺癌患者;本发明的长链非编码RNA lncBCBMAT可应用于乳腺癌脑转移风险预测及诊断分子标记物,并且可以作为乳腺癌脑转移新型药物研发的靶点,为乳腺癌脑转移患者的诊断和治疗提供根据,具有重要的应用意义。