本发明公开了一种水稻株高调控基因OsSP3、其突变基因及其在水稻株高改良中的应用。所述水稻株高调控基因OsSP3，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；其突变基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示，该水稻株高突变基因可导致水稻植株株高变矮。可将其应用于水稻株型改良工作中，特别是针对高秆水稻品种，能够有效降低其株高，并优化其株型，对进一步提升水稻产量具有重要的意义。
本发明提供了一种水稻株高株型调节基因OsUBR7的应用。SEQ ID NO:1所示OsUBR7基因或SEQ ID NO:2所示OsUBR7蛋白在调节水稻株高株型中的应用。本发明利用CRISPR/Cas敲除水稻OsUBR7基因或编辑其表达调控区，可使突变体株高适度降低，但保持其单株稻谷产量。本发明研究表明OsUBR7基因能有效调节水稻株高株型发育，可成为水稻半矮化育种和株型改良的新基因资源，保持水稻遗传的多样性，提高水稻的生产潜力，实现对水稻株高的定向改良。
本发明公开了水稻株高基因LOC_Os03g64415在水稻株型改良中的应用，属于遗传育种领域。该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；其所对应的CDS序列如SEQ ID NO.2所示，或由SEQ ID NO.2所示序列经过添加、取代或缺失一个或几个碱基而生成的，并编码控制水稻株高的核苷酸序列通过降低该基因的表达或使其功能缺失突变实现包括降低株高、增加分蘖数的水稻株型改良，该基因不同的等位基因型将在优化水稻株型、理想株型塑造方面具有广阔的应用前景。
