本发明公开了重排噬菌体溶菌基因及其打孔载体和在制备疫苗中的应用。本发明重排噬菌体溶菌基因的核苷酸序列为SEQ ID NO:1所示。将本发明重排噬菌体溶菌基因可操作的与原核表达载体相连即得到高效打孔载体;将该打孔载体转化到禽沙门氏菌中再进行增值;诱导重排噬菌体溶菌基因的表达;收集形成的菌蜕菌影,就得到禽沙门氏菌菌影疫苗。本发明所制备的菌影疫苗不需要进行浓缩即可应用。本发明禽沙门氏菌菌影疫苗安全性好,接种本发明禽沙门氏菌菌影疫苗后,可显著提高各免疫雏鸡体内的抗体含量,能有效保护各免疫雏鸡抵抗禽沙门氏菌的攻毒,说明本发明禽沙门氏菌菌影疫苗具有良好的免疫保护效果。