本发明提供了一种快速鉴定杂交水稻种子纯度的方法。本发明的方法包括：(1)供试水稻种子培育成幼苗，提取幼苗基因组DNA；(2)取符合统计学要求数量的供试水稻幼苗的基因组DNA作为模板，以SEQ ID NO.1‑48所述的引物进行PCR扩增；(3)电泳观察扩增产物，真正的杂交F1带具有双亲互补的带型，有两条带；而混杂的亲本和其他常规稻种子为单带；杂交水稻种子纯度(％)＝(供试幼苗数‑异品种幼苗数)÷供试幼苗数×100％。本发明方法可大规模应用，且操作简便，整个过程在实验室内完成，完全不占用土地资源，节约土地和成本，鉴定结果准确可靠、筛选效果明显。本发明方法可在推广应用，市场价值显著。
