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[发明专利]一种微生物信息测定及提取系统和方法-CN202211593693.0有效
发明人：刘珍;张峰 -专利权人：哈尔滨因极科技有限公司
申请日： 2022-12-12 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明提出了一种微生物信息测定及提取系统和方法，属于微生物信息学技术领域，对各个采样点的水质样品中的微生物信息进行基因测序和序列拼接，获取每一水质样品的微生物信息序列拼接结果；对微生物信息序列拼接结果进行筛选，获得有效微生物信息序列；对不同采样点的相同优质微生物信息序列打分，得到优质微生物信息序列的微生物信息因子；用微生物信息聚类的方法对m个微生物信息因子进行聚类，并选出每类微生物信息因子中贡献率最大的微生物信息作为代表微生物信息；用分类模型测试微生物信息的错分率并实现对所有微生物信息的正确分类，得到特征微生物信息集合；根据正确分类后的多个微生物信息，提取特征微生物信息，从而判断每个类别多代表的微生物类别。
一种微生物信息测定提取系统方法

[发明专利]病原检测背景微生物判断方法及应用-CN202110466657.7有效
发明人：许腾;何福生;李晓蕾;谢淑媚;王小锐;李永军;苏杭 -专利权人：广州微远基因科技有限公司;广州微远医疗器械有限公司;广州微远医学检验实验室有限公司;深圳微远医疗科技有限公司;微远（深圳）医学研究中心有限公司
申请日： 2021-04-28 - 公布日： 2022-05-17 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种病原检测背景微生物判断方法及应用，属于生物信息学分析技术领域。该判断方法包括以下步骤：确定核心背景微生物列表：取若干生物样本，将其中各微生物基因序列数据比对至相应微生物的特征序列区域，与核酸提取浓度或文库浓度进行相关性检验，得到相关性呈负相关的微生物列表，得核心背景微生物列表；确定核心背景微生物校正指数CBI：以上述核心背景微生物列表中所有微生物的特异性比对序列数之和为CBI；背景序列判断：将待测样本中微生物的特异性比对序列数与所述CBI相除得判断值。采用该方法可以背景微生物指数的大小来校正背景相关微生物，根据校正后的量来判断样本中该病原微生物是否存在，能够更为准确的判断结果。
病原检测背景微生物判断方法应用

[发明专利]从全转录基因组数据中挖掘微生物数据的方法-CN202310162262.7在审
发明人：张磊;靳传娣;生大双;岳凯乐;薛鑫鑫;梁益嘉;岳敏;李平福 -专利权人：张磊
申请日： 2023-02-24 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明涉及微生物组学技术领域，具体涉及一种从全转录基因组数据中挖掘微生物数据的方法。所述方法包括以下步骤：步骤1.提取原始测序数据中的非人序列并对其进行质量控制；步骤2.微生物比对及微生物序列过滤：使用kraken2构建标准微生物参考数据库，使用kraken2将步骤1提取的序列与参考数据库进行比对，获得序列的注释信息；基于序列的注释信息将未比对至微生物的序列进行过滤去除，进一步获取微生物序列和微生物物种丰度；步骤3.微生物基因和功能分析。本发明提供了一种更为标准、可靠、完整的从全转录基因组数据中挖掘微生物数据的方法。
转录基因组数据挖掘微生物方法

[发明专利]判断背景引入微生物序列的方法及其应用-CN202110466665.1有效
发明人：许腾;何福生;李晓蕾;谢淑媚;王小锐;李永军;苏杭 -专利权人：广州微远基因科技有限公司;广州微远医疗器械有限公司;广州微远医学检验实验室有限公司;深圳微远医疗科技有限公司;微远（深圳）医学研究中心有限公司
申请日： 2021-04-28 - 公布日： 2022-05-06 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种判断背景引入微生物序列的方法及其应用，属于生物信息分析技术领域。该方法包括以下步骤：确定背景微生物列表：取若干病原微生物阴性样本，将各微生物丰度的定量值A与核酸总量D进行相关性检验，呈负相关则判定为背景病原微生物；判断模型建立：分别取背景病原微生物的阴性对照样本集和阳性样本集，将背景病原微生物基因序列数据比对至该微生物的特征序列区域，计算丰度，建立判断模型；微生物特异性区域定量分析：获取待测样本中背景病原微生物基因序列数据，采用上述判断模型进行判断。该方法能够准确判断测序所得微生物序列是否为背景引入，且可降低批次假阳或者假阴问题，可广泛应用于病原微生物检测的数据分析中。
判断背景引入微生物序列方法及其应用

[发明专利]一种微生物样品的快速检测方法及系统-CN202010281427.9在审
发明人：夏涵 -专利权人：西咸新区予果微码生物科技有限公司;予果生物科技（北京）有限公司;予果智造科技（北京）有限公司
申请日： 2020-04-10 - 公布日： 2020-07-28 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供了一种微生物样品的快速检测方法及系统，所述方法包括：获取微生物样品；提取所述微生物样品中的核酸；采用病原微生物检测试剂盒构建测序文库；利用二代测序平台对所构建文库进行测序，获取核酸序列信息；根据所述核酸序列信息，获取所述微生物样品的检测结果，根据本发明的微生物样品的快速检测方法，不需要对微生物样品进行培养，只需对微生物样品进行提取处理后，对所提取的微生物样品中的核酸进行测序，获取核酸序列信息，根据核酸序列信息便可获取微生物样品的检测结果，大大缩短了检测所耗费的时间，从而实现了对微生物样品的快速检测。
一种微生物样品快速检测方法系统

[发明专利]一种基于NGS平台的微生物定量方法及试剂盒-CN202210609186.5在审
发明人：陈丹;李秋芳;朱鹏远;吴春求;余成鹏;吴静;王杨;陈嘉昌;柳俊;胡朝晖 -专利权人：广州市金圻睿生物科技有限责任公司
申请日： 2022-05-31 - 公布日： 2022-08-12 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于NGS平台的微生物定量方法及试剂盒。所述方法包括：将针对目标微生物的基因组上目标区域的引物和镜像序列与待测样本混合，进行文库制备及测序，根据测序结果计算目标微生物含量，所述镜像序列包括引物结合区和非引物结合区，所述引物结合区的核酸序列与所述目标微生物的基因组上目标区域的引物结合区的核酸序列相同，所述非引物结合区与所述目标微生物的基因组上目标区域的非引物结合区互补或为其反向核酸序列。本发明针对不同目标微生物的特异性序列，设计相对应的镜像序列，共同进行建库及测序，镜像序列可以作为靶标序列的理想对照，等比换算得到准确的目标微生物含量，计算出目标微生物的真实含量。
一种基于 ngs 平台微生物定量方法试剂盒

[发明专利]环境微生物快速检测方法-CN201310564815.8有效
发明人：陈欢;刘雳;郭红樱;张遐耘;张启坤;方序;钱兵 -专利权人：浙江天科高新技术发展有限公司
申请日： 2013-11-14 - 公布日： 2014-03-12 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：发明公开了一种环境微生物的检测方法。１）微生物收集，微生物收集自空气滤网，２）微生物基因组提取，３）细菌16SrDNA扩增，真菌18SrDNA扩增，４）rDNA测序，５）数据分析，包括去污染序列、低质量序列，归并高相似度序列，序列注释；６）建立该环境细菌数据库，包含种类信息、序列信息和丰度信息；和该环境真菌数据库，包含种类信息、序列信息和丰度信息。本发明尤其适于对洁净区环境微生物进行普查，较常规基于培养的检测技术更加快捷、准确、灵敏，检测成本和时间大幅度降低，显著提高微生物污染监测和控制能力。另一方面，基因测序数据还提供了微生物分子水平的标记，对于追溯和判断微生物来源，准确识别污染源具有重要价值。
环境微生物快速检测方法

[发明专利]微生物制剂的制造方法及微生物制剂-CN201680019319.6在审
发明人：中村洋介;新田英二;朝子弘之;冈崎文美 -专利权人：住友化学株式会社
申请日： 2016-03-31 - 公布日： 2018-01-02 - 主分类号： C12N11/14 文献下载
摘要：本发明的微生物制剂的制造方法具备在含有对象化合物的培养基中添加含有对象化合物分解性微生物的生物质和无机微粒载体，使生物质所含的微生物载持在无机微粒上，一边监视载持于无机微粒载体的微生物中的对象化合物分解性微生物的存在比例、一边进行培养的工序；和在对象化合物分解性微生物的存在比例达到预定值之后，对载持有对象化合物分解性微生物的无机微粒载体进行回收，获得微生物制剂的工序；其中，对象化合物分解性微生物的存在比例通过包含以下工序的方法获得对载持于无机微粒载体的微生物的16S rRNA基因的预定区域进行扩增，获得扩增产物的工序；和对扩增产物的碱基序列数据进行分析，根据各碱基序列数据间的同源性将所得碱基序列数据分为多个组，将具有各个组的碱基序列数据的微生物作为单一的种类，根据各个组的代表碱基序列数据确定对象化合物分解性微生物的种类，并根据所得碱基序列数据的数量计算全部微生物中的对象化合物分解性微生物的存在比例的工序。
微生物制剂制造方法

[发明专利]病原微生物数据实时在线分析系统-CN202311203472.2在审
发明人：马志;刘波 -专利权人：深圳赛威玛智能科技有限公司
申请日： 2023-09-19 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： G16B40/30 文献下载
摘要：本发明涉及数字数据处理技术领域，提出了病原微生物数据实时在线分析系统，包括：获取病原微生物数据的时间序列；根据病原微生物数据的时间序列获取病原体异变指数，根据病原体异变指数获取异变指数序列，根据异变指数序列获取拟合数值序列，根据异变指数序列以及拟合数值序列获取病原体含量稳定度；根据异变指数序列获取异变指数阶梯序列，根据异变指数阶梯序列内数据的变化规律获取密集程度指标，基于病原体含量稳定度及密集程度指标获取局部密度；利用密度峰值聚类算法获取病原微生物数据的聚类簇，根据病原微生物数据的聚类簇获取最近容易感染的病原微生物。本发明利用局部密度改进密度峰值聚类算法，提高了对病原微生物数据的聚类准确度。
病原微生物数据实时在线分析系统

[发明专利]病原微生物毒力基因关联模型及其建立方法和应用-CN202110055186.0在审
发明人：许腾;何福生;张俊杰;曾伟奇;李晓蕾;苟雪静;李永军;王小锐;苏杭 -专利权人：广州微远基因科技有限公司;广州微远医疗器械有限公司;广州微远医学检验实验室有限公司;深圳微远医疗科技有限公司;微远（深圳）医学研究中心有限公司
申请日： 2021-01-15 - 公布日： 2021-05-25 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种病原微生物毒力基因关联模型及其建立方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立病原微生物基因数据库和毒力基因数据库；获取临床样本的病原微生物宏基因组测序数据，得到每个临床样本中病原微生物和所对应的毒力基因序列数据；对上述病原微生物的序列数据和毒力基因序列数据进行聚类分析，获得单个毒力基因与至少一个疑似关联病原微生物的正态分布模型，选取其中病原微生物丰度高且毒力基因序列数与病原微生物序列数强相关的模型，即得。采用该方法得到的病原微生物毒力基因关联模型，能够判断每种毒力基因究竟来源于哪种细菌，弥补了现有技术的缺陷，且具有适用范围广、准确性高的优点。
病原微生物毒力基因关联模型及其建立方法应用

[发明专利]病原微生物耐药基因归属模型及其建立方法和应用-CN202110055195.X有效
发明人：许腾;何福生;张俊杰;曾伟奇;张泽武;苟雪静;李永军;王小锐;苏杭 -专利权人：广州微远基因科技有限公司;广州微远医疗器械有限公司;广州微远医学检验实验室有限公司;深圳微远医疗科技有限公司;微远（深圳）医学研究中心有限公司
申请日： 2021-01-15 - 公布日： 2023-03-10 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种病原微生物耐药基因归属模型及其建立方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立病原微生物基因数据库和耐药基因数据库；获取临床样本的病原微生物宏基因组测序数据，得到每个临床样本中病原微生物和所对应的耐药基因序列数据；对上述病原微生物的序列数据和耐药基因序列数据进行聚类分析，获得单个耐药基因与至少一个疑似来源病原微生物的正态分布模型，选取其中病原微生物丰度高且耐药基因序列数与病原微生物序列数强相关的模型，即得。采用该方法得到的病原微生物耐药基因归属模型，能够判断每种耐药基因究竟来源于哪种细菌，弥补了现有技术的缺陷，且具有适用范围广、准确性高的优点。
病原微生物耐药基因归属模型及其建立方法应用

[发明专利]一种微生物检测方法-CN201710795218.4在审
发明人：梅婷;曾令文 -专利权人：武汉中科志康生物科技有限公司
申请日： 2017-09-06 - 公布日： 2018-12-07 - 主分类号： C12Q1/70 文献下载
摘要：本发明公开了一种微生物检测方法，包括以下步骤：构建抗体标记磁珠微球，将所需检测的标靶微生物抗体与磁珠微球结合，形成复合体；制备特异识别靶标微生物，该微生物能与靶标微生物结合，形成带有外源核酸的复合物，该外源引进的核酸序列与细菌基因组序列无相关；而后偶联，形成微生物‑抗体‑磁珠复合体；通过上述复合体吸附标靶微生物的特定核酸序列，而后对其脱附、扩增、检测，得到微生物检测结果。本发明能够快速、精确地完成各种细菌、病毒、病原体、细胞或蛋白等大分子微生物的检测。
微生物微生物检测复合体靶标微生物磁珠微球核酸序列标靶抗体检测细菌基因组抗体标记特异识别外源核酸病原体复合物磁珠构建扩增偶联脱附外源吸附制备蛋白细菌病毒细胞

[发明专利]基于保守序列聚类分析的微生物抗重金属功能挖掘方法-CN202010861067.X在审
发明人：徐正刚;赵运林;杨桂燕;黄慧敏;李朝阳;马凯恒;王田雨 -专利权人：西北农林科技大学;中南林业科技大学
申请日： 2020-08-25 - 公布日： 2021-07-23 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：本发明属于微生物技术领域，公开了一种基于保守序列聚类分析的微生物抗重金属功能挖掘方法，包括：目标菌株保守序列测定及分子鉴定；建立微生物抗重金属数据库并录入已知微生物抗重金属信息；基于保守序列的目标菌株聚类本发明基于数据库信息和保守序列将未知重金属抗性的微生物与已知重金属抗性的微生物进行聚类分析，挖掘该微生物可能的抗重金属种类，能够为微生物抗重金属种类挖掘指示方向，避免微生物抗重金属筛选的盲目性，为微生物重金属抗性开发提供参考本发明是建立在遗传与功能的关系的基础上，实现了利用生物分子信息挖掘微生物的特定功能，能够对目标菌株对各类重金属的抗性特征进行潜在判断。
基于保守序列聚类分析微生物重金属功能挖掘方法

[发明专利]利用来自细菌基因组和质粒的全部基因信息集用于改善的基因抗性测试-CN201780023638.9在审
发明人：瓦伦蒂娜·加拉塔;安德烈亚斯·凯勒;霍尔格·奎斯特;苏珊娜·施默尔克 -专利权人：阿瑞斯遗传股份有限公司
申请日： 2017-04-12 - 公布日： 2019-05-03 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：本发明涉及确定微生物的抗微生物药物抗性谱的方法，其中分析所述微生物的核酸序列中的至少两个核酸序列的基因变异，所述至少两个核酸序列的基因变异包含染色体中的至少一个基因变异和至少一个质粒中的至少一个基因变异；以及确定患者感染了对抗微生物药物治疗可能具有抗性的微生物的(例如诊断)方法和选择对患有可能具有抗性的微生物感染的患者的治疗的方法，其中应用所述抗微生物药物抗性谱的数据。
基因变异核酸序列微生物抗微生物药物抗性谱抗性质粒微生物感染微生物药物细菌基因组患者感染基因抗性基因信息染色体治疗测试诊断对抗应用分析

[发明专利]微生物分解细菌、微生物制剂、微生物的分解方法及分解装置-CN201980063877.6在审
发明人：满井智和 -专利权人：住友化学株式会社;株式会社片冈微生物研究所
申请日： 2019-09-27 - 公布日： 2021-05-11 - 主分类号： C12N1/20 文献下载
摘要：本发明提供具有包含与SEQ ID No：1记载的碱基序列具有98.2％以上同一性的碱基序列的16S rRNA基因，且具有靶标微生物分解能力的细菌，以及包含细菌(a1)的用于分解靶标微生物的微生物制剂，以及使用它们的靶标微生物的分解方法及靶标微生物的分解装置细菌(a1)为具有包含与SEQ ID No：1记载的碱基序列具有90％以上同一性的碱基序列的16S rRNA基因，且具有靶标微生物分解能力的细菌。
微生物分解细菌制剂方法装置

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