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[发明专利]蛋白质组学数据分析方法、装置、电子设备及存储介质-CN202310744096.1在审
发明人：肖雯娟;徐盛强;刘显良 -专利权人：广州金墁利医药科技有限公司
申请日： 2023-06-20 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及数据处理领域，揭露了一种蛋白质组学数据分析方法、装置、电子设备及存储介质，其中，所述方法包括：获取净检验样本的蛋白质芯片数据；对蛋白质芯片数据进行差异分析得到第一差异蛋白表达集合；根据预设的样本多变量因素对蛋白质芯片数据进行混合线性模型的差异蛋白识别得到第二差异蛋白表达集合，并与第一差异蛋白表达集合构成总差异蛋白表达集合；对总差异蛋白表达集合进行第一富集分析得到差异蛋白表达变化集合；对蛋白质芯片数据进行第二富集分析得到全蛋白表达变化集合；并与所述差异蛋白表达变化集合一起进行相关性分析得到多变量蛋白分析结果本发明主要目的在于增加蛋白质组学数据分析的全面性及准确性。
蛋白质数据分析方法装置电子设备存储介质

[发明专利]一种戊型肝炎相关急性肝衰竭目标预后诊断标志方法-CN202210930871.8在审
发明人：吴健;曹红翠;翟光华;俞炯;向泽;王滢 -专利权人：苏州市立医院
申请日： 2022-08-04 - 公布日： 2022-11-01 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及生物工程技术领域，具体涉及一种戊型肝炎相关急性肝衰竭目标预后诊断标志方法，包括以AHE血清为对照，鉴定HEV‑ALF血清的蛋白表达谱差异，得到差异蛋白；对差异蛋白进行聚类分析，得到分析信息；基于分析信息对差异蛋白进行筛选后定量分析，得到差异蛋白标志物；监测差异蛋白标志物的水平指标，并基于水平指标预测目标预后情况，本发明通过对得到的差异蛋白标志物进行连续监测来对目标的预后情况进行预测，解决了现有技术无法预测和评估戊型肝炎相关急性肝衰竭目标的预后的问题
一种肝炎相关急性衰竭目标预后诊断标志方法

[发明专利]一种LTQ Orbitrap组合式质谱仪检测数据分析的方法-CN201110135640.X无效
发明人：曾华宗 -专利权人：上海聚类生物科技有限公司
申请日： 2011-05-24 - 公布日： 2012-11-28 - 主分类号： G01N30/86 文献下载
摘要：本发明对所研究的样品采用shot-gun法lable-free方式做差异蛋白筛选，所用仪器为LTQ Orbitrap组合式质谱仪。目的是能筛选到在样本间差异表达的蛋白，验证后选取相关蛋白做生物学功能研究，应用于疾病鉴别及诊断。其基本流程如下：步骤一：不同样品间差异蛋白的筛选；步骤二：差异蛋白的层次聚类分析；步骤三：Gene ontology分析；步骤四：KEGG pathway分析；步骤五：蛋白的network分析。
一种 ltq orbitrap 组合式质谱仪检测数据分析方法

[发明专利]一种FLASH照射组织的定量蛋白质组学分析方法-CN202210349001.1在审
发明人：胡广;吴代;胡文涛;肖飞 -专利权人：苏州大学
申请日： 2022-04-01 - 公布日： 2022-08-09 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种FLASH照射组织的定量蛋白质组学分析方法，包括：获取原始数据；对原始数据进行预处理；对预处理后的原始数据进行差异表达蛋白分析，得到三组差异表达蛋白；三组差异表达蛋白包括：FLASH照射组对比常规照射组、FLASH照射组对比对照组和常规照射组对比对照组；分别对三组差异表达蛋白以及三组差异表达蛋白的并集进行蛋白质相互作用网络构建，生成四个网络；分别对四个网络进行模块划分，筛选出重要模块；对两组差异表达蛋白进行亚细胞定位分析；获取亚细胞定位分析的结果与重要模块之间的对应关系，完成FLASH照射组织的定量蛋白质组学分析。该方法可分析获得可靠的FLASH照射技术的生物学原理，从分子机制上解释为何FLASH照射优于常规照射。
一种 flash 照射组织定量蛋白质分析方法

[发明专利]一种肾阴虚证动物模型生物标志物的筛选及确定方法-CN201611016867.1有效
发明人：苏友新;詹正烜;郑乃熙;张英杰;王旭;张艺强;蔡唐彦;滕方舟 -专利权人：福建中医药大学
申请日： 2016-11-18 - 公布日： 2018-09-28 - 主分类号： G01N27/447 文献下载
摘要：本发明提供一种肾阴虚证动物模型生物标志物的筛选及确定方法，具体包括样品皮质骨总蛋白的提取、蛋白浓度的测定、双向凝胶电泳分析、凝胶蛋白点的检测与差异蛋白点显示分析、差异蛋白的MALDI‑TOF‑MS质谱分析以及蛋白质数据库检索及鉴定、确定差异蛋白、通过Western‑Blot、RT‑PCR对部分差异蛋白质进行鉴定并与血清中的差异蛋白ELISA检测结果互相验证，表达趋势一致且在正常值范围之外的差异蛋白可以用作肾阴虚证动物模型鉴定的生物标志物
差异蛋白肾阴虚生物标志物动物模型蛋白质数据库检索筛选双向凝胶电泳差异蛋白质动物实验凝胶蛋白质谱分析皮质骨总蛋白血清蛋白分析验证检测发现

[发明专利]一种肾阳虚证动物模型生物标志物的筛选及确定方法-CN201611015606.8有效
发明人：苏友新;郑乃熙;郑良朴;詹正烜;赖兴泉;黄露露;朱亚菊 -专利权人：福建中医药大学
申请日： 2016-11-18 - 公布日： 2018-09-28 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明提供一种肾阳虚证动物模型生物标志物的筛选及确定方法；具体包括样品松质骨总蛋白的提取、蛋白浓度的测定、双向凝胶电泳分析、凝胶蛋白点的检测与差异蛋白点显示分析、差异蛋白的MALDI‑TOF‑MS质谱分析以及蛋白质数据库检索及鉴定、确定差异蛋白、通过Western‑Blot、RT‑PCR对部分差异蛋白质进行鉴定并与血清中的差异蛋白ELISA检测结果互相验证，表达趋势一致且在正常值范围之外的差异蛋白可以用作肾阳虚证动物模型鉴定的生物标志物
差异蛋白生物标志物虚证动物模型蛋白质数据库检索筛选双向凝胶电泳差异蛋白质动物实验凝胶蛋白质谱分析肾阳虚松质骨总蛋白血清鉴别蛋白分析验证检测发现

[发明专利]一种基于iTRAQ标记测定烟碱诱导细胞差异表达蛋白质的方法-CN201710116236.5有效
发明人：胡清源;朱贝贝;侯宏卫;陈欢;李翔宇;王红娟;付亚宁;陈建 -专利权人：国家烟草质量监督检验中心
申请日： 2017-03-01 - 公布日： 2019-12-27 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明为一种基于iTRAQ标记测定烟碱诱导细胞差异表达蛋白质的方法，提供一种烟碱暴露神经细胞差异蛋白质组的分析方法。具体而言，神经细胞经含有烟碱的培养基培养后，经蛋白质的抽提，蛋白浓度、样品质量及平行性的测定，酶解，iTRAQ标记和nano‑LC‑Q‑TOF分析鉴定后，进行搜库分析。本发明的方法定量分析了1mmol/L烟碱暴露1h SHSY‑5Y蛋白质的差异表达，其中参与MAPK级联生物过程和蛋白酶体信号通路的蛋白酶体蛋白，可能在烟碱成瘾中发挥重要作用，从而达到了解烟碱诱导神经细胞的差异表达蛋白质及差异蛋白质参与的生物过程的目的
一种基于 itraq 标记测定烟碱诱导细胞差异表达蛋白质方法

[发明专利]利用蛋白质组学技术筛选强心苷药物作用靶位的方法-CN200510129839.6无效
发明人：高海青;邱洁;贾继辉;陈春燕;马亚兵 -专利权人：山东大学
申请日： 2005-12-05 - 公布日： 2006-06-28 - 主分类号： G01N35/00 文献下载
摘要：利用蛋白质组学技术筛选强心苷药物作用靶位的方法，属于医药技术领域。包括：心肌细胞培养及强心苷药物对心肌细胞作用模型的建立，制备心肌细胞二维电泳蛋白质样品，双向凝胶电泳，图像采集分析，获得强心苷药物作用于心肌细胞的差异表达蛋白质，差异蛋白质经胶内酶切后，运用质谱，测定差异蛋白肽质量指纹图谱；进入序列数据库，对差异蛋白质进行鉴别和分析，并推导出其DNA序列。对特征蛋白进行质谱分析，通过与质谱库比较，筛选出差异蛋白；验证差异表达蛋白的生物学功能。用蛋白质组学技术筛选强心苷药物抗心力衰竭的药物作用靶位，可直接用于指导研发新型高效低毒的抗心力衰竭药物。
利用蛋白质技术筛选强心药物作用方法

[发明专利]一种Olink蛋白质组学数据的分析方法-CN202211116934.2在审
发明人：付俊;钱旺;高晶;陈帅通;马倩 -专利权人：杭州链康医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-09-14 - 公布日： 2022-12-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种Olink蛋白质组学数据的分析方法，属于生物信息学技术领域。所述方法包括以下步骤：S1，将标准化蛋白表达值进行log2处理，得到标准蛋白表达值，过滤掉未通过质控的样本的数据；S2，利用蛋白质数据库对过滤后的数据进行蛋白注释，获得蛋白注释信息；S3，统计两组或者多组之间表达量显著不同的差异蛋白并进行可视化；S4，根据步骤S3获得的差异蛋白，进行GO富集分析、KEEG富集分析、GSEA富集分析、差异基因Reactome分析、DO功能富集分析和/或蛋白互作分析。本发明的方法使Olink蛋白质组学的数据分析更准确、更方便、分析种类更全面。
一种 olink 蛋白质数据分析方法

[发明专利]一种用于蛋白质结构预测的轨迹多尺度分析方法-CN201710148994.5在审
发明人：张贵军;郝小虎;马来发;周晓根;王柳静 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2017-03-14 - 公布日： 2017-09-08 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：一种用于蛋白质结构预测的轨迹多尺度分析方法，采用二进制关联图来表示蛋白质构象的全局折叠信息，不同构象之间的结构差异使用汉明距离表示，通过构建搜索轨迹的全局差异信息矩阵，采用多维尺度分析分析方法，将差异信息矩阵转换为二维平面结构差异信息图，通过平面结构差异信息图，便可以获取搜索过程中所有构象的结构关系，实现搜索轨迹的跟踪查看。本发明在蛋白质结构预测中应用，分析搜索轨迹，可以准确捕获微小结构差异、展现如折叠类型、接触模式等结构组成方式信息。
一种用于蛋白质结构预测轨迹尺度分析方法

[发明专利]一种开放式蛋白消减杂交方法-CN200310110451.2无效
发明人：文剑 -专利权人：文剑;戴辉
申请日： 2003-10-24 - 公布日： 2005-04-27 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及蛋白表达差异的分析方法，特别是直接在蛋白质水平上分析蛋白表达差异的方法。本发明通过构建DNA或RNA随机序列库（aptamer库），使之进入细胞体内结合相应特异性抗原蛋白分子。如果某蛋白分子有表达数量差异，那么其结合的特异性DNA、RNA序列或aptamer也会表现出相应的数量变化来，从而把在蛋白水平上的消减杂交转移到对DNA序列的消减杂交上来。从而达到了简捷快速的高通量筛选表达差异蛋白的目的。
一种开放式蛋白消减杂交方法

[发明专利]一种无创伤胃癌唾液生物标记物的筛选方法-CN201711237539.9在审
发明人：吴正治;黄飞娟;范大华;姚永超;曹美群;孙珂焕;丁峰 -专利权人：深圳市老年医学研究所;吴正治
申请日： 2017-11-30 - 公布日： 2018-06-12 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种无创伤胃癌唾液生物标记物的筛选方法，具体步骤包括蛋白样品的准备、蛋白定量、蛋白酶解及冷冻干燥、iTRAQ标记样品、C18脱盐、液相分离及质谱鉴定和数据分析；数据分析时利用Panther Classificition System对筛选出的差异蛋白进行包括生物学进程、分子功能的以及细胞组分的GO功能富集；接着利用STRING分析软件对差异蛋白进行蛋白相互作用分析；随后对差异蛋白进行KEGG信号通路分析。本发明能够快速、可靠的蛋白质组学技术方案来发现胃癌中的特异性蛋白标记物，为胃癌早期诊治、术后复发、转移及预后观察建立一种无创、简便、快捷实用的检测评估手段。
胃癌差异蛋白生物标记物数据分析唾液无创伤筛选蛋白质组学技术蛋白相互作用特异性蛋白标记样品蛋白定量蛋白酶解蛋白样品分析软件分子功能评估手段术后复发信号通路液相分离预后观察质谱鉴定标记物富集脱盐无创生物学分析细胞检测进程发现

[发明专利]蛋白质数据处理方法、装置、电子设备以及存储介质-CN202210655833.6在审
发明人：成晓亮;郑和龙;周岳;张伟;郑可嘉 -专利权人：江苏品生医疗科技集团有限公司;南京品生医疗科技有限公司
申请日： 2022-06-10 - 公布日： 2022-09-02 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明实施例公开了一种蛋白质数据处理方法、装置、电子设备以及存储介质。该方法包括：获取各样本在任意时序内各时刻的至少一个原始肽段数据，对各原始肽段数据进行数据处理，得到各样本在当前时序内各时刻的蛋白数据组；对于蛋白数据组中的任一蛋白数据，基于预设的差异筛选条件对任意两组样本的蛋白数据进行差异分析，得到当前两组样本对于当前蛋白数据的差异蛋白；基于预设的初始聚类中心点对当前时序内各时刻的各差异蛋白进行聚类处理，得到当前时序的差异蛋白的目标聚类结果；分别对各目标聚类中心点的蛋白数据进行富集分析，得到目标聚类结果的富集分析结果，实现了自动得到蛋白质数据处理结果，提高了数据处理效率。
蛋白质数据处理方法装置电子设备以及存储介质

[发明专利]一种分析LTQ数据的方法-CN201010258081.7无效
发明人：曾华宗 -专利权人：上海聚类生物科技有限公司
申请日： 2010-08-19 - 公布日： 2011-09-28 - 主分类号： G06F19/24 文献下载
摘要：本发明属于生物技术领域，针对于LTQ质谱分析技术，设计了一套分析LTQ质谱数据的方法，它包括如下几个步骤：步骤1、数据的预处理；步骤2、筛选差异蛋白；步骤3、差异蛋白的聚类分析；步骤4、构建蛋白相互作用关系网络
一种分析 ltq 数据方法

[发明专利]一种基于BD单细胞转录组和蛋白组测序数据的差异基因分析方法-CN202110807900.7在审
发明人：刘志岩;郭方;郑青松 -专利权人：哈尔滨星云医学检验所有限公司
申请日： 2021-07-16 - 公布日： 2021-10-01 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种基于BD单细胞转录组和蛋白组测序数据的差异基因分析方法，属于转录组数据分析技术领域。为了解决现有技术中没有一套完整的数据分析方法能够将单细胞转录组和蛋白组测序数据联合起来进行分析，本发明通过单细胞转录组、蛋白组测序技术，进行细胞亚群分类在转录和蛋白水平的差异基因分析，表征细胞特性，得到转录到蛋白质调控表达过程中的生物学机制，提供了一种更准确、更丰富的BD单细胞转录组、蛋白组测序数据联合的分析方法。本发明所述的分析方法可以获得对差异表达的深入理解，挖掘受转录后调控的关键mRNA或蛋白，寻找并验证某些重要的调控通路，可应用于肿瘤领域。
一种基于 bd 单细胞转录蛋白组序数差异基因分析方法

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