本发明公开了一种基于川芎转录组序列开发的EST‑SSR标记引物组、其获取方法及应用,本发明基于川芎转录组序列开发的EST‑SSR标记引物组包括74对引物,其中各引物的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO本发明首次公开了川芎EST‑SSR标记引物组,该引物经验证后得到多态性较高的74对EST‑SSR,与通用引物相比,川芎EST‑SSR标记引物组具有多态性高,易扩增,重复性好,结果更准确等优点,可用于后续川芎的遗传图谱构建、川芎品种指纹图谱构建等基础研究,促进川芎分子育种和功能基因发掘、中药品种标准化等应用研究。