本发明公开了一种检测海洋致病弧菌的基因芯片及其制备方法与检测方法,所述基因芯片包括固相载体及固定在固相载体上的检测探针,所述检测探针包括创伤弧菌gyrB基因探针、创伤弧菌毒力基因hemA探针、灿烂弧菌gyrB基因探针、灿烂弧菌毒力基因toxR探针、哈维式弧菌gyrB基因探针、哈维氏弧菌毒力基因hemA探针、副溶血弧菌gyrB基因探针、副溶血弧菌毒力基因toxS探针、鳗弧菌gyrB基因探针和鳗弧菌毒力基因hem探针,其分别由SEQ ID NO 1‑10的序列所示。本发明首次将基因芯片用于海洋致病弧菌种间的检测。本发明的基因芯片不仅能够快速、灵敏地检测靶细菌感染,而且重复性好,信号强,不易出现非特异信号。