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[发明专利]发现曲线分析系统及其程序-CN201080012005.6有效
发明人：矢野健太郎;清水顕史 -专利权人：学校法人明治大学;公立大学法人滋贺县立大学
申请日： 2010-03-16 - 公布日： 2012-02-08 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明提供一种发现曲线分析系统，即通过通常的计算机高速地分析从下一代高速时序产生器、类似的实验方法等得到的大量的发现曲线数据，将遗传基因的发现模式可视化，容易地对新遗传基因是否具有与任意的遗传基因接近的功能进行分析本发明的发现曲线分析系统是对遗传基因的发现曲线数据进行分析的发现曲线分析系统，包括：存储部件，与评价遗传基因对应地，将遗传基因的多个发现条件的每一个的从评价对象的每个评价遗传基因中发现的mRNA的计数数目存储为发现数据；对应分析处理部件，针对每个评价遗传基因，从存储部件中读出发现数据，根据发现数据的每个发现条件的计数数目，进行对应分析；坐标变换处理部件，根据通过对应分析所得到的n(n是自然数)维的分数，将各评价遗传基因变换为配置为m(m是自然数，m≤n)维的坐标值；图像处理部件，描绘为与每个遗传基因对应的坐标值而显示在图像显示部件上。
发现曲线分析系统及其程序

[发明专利]一种用于基因检测Panel临床诊断指标算法开发的方法-CN202111251878.9在审
发明人：汪强虎;李铜舒;吴玲祥;黄斌;夏鹏;葛东伟;吴维;李杰;王子宇 -专利权人：昂凯生命科技（苏州）有限公司
申请日： 2021-10-26 - 公布日： 2022-03-18 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于基因检测Panel临床诊断指标算法开发的方法。属于属于细胞基因检测领域，具体步骤：提供基因位点信息表，对测序数据进行过滤；对测序数据进行模拟，将传递的数据作为虚拟基因检测Panel数据；采用既有的指标分析算法进行分析测序数据；采用既有的指标分析算法进行分析Panel数据；整合分析结果并进行模型训练；评估各种计算模型的性能，选择最优方案。本发明基于公共数据库全基因组和全外显子测序数据，通过基因检测Panel中各基因的位点信息从测序数据中摘取这些位点数据构建成虚拟的基因检测Panel数据，并在该虚拟Panel检测数据上进行算法开发，从而提高基因检测
一种用于基因检测 panel 临床诊断指标算法开发方法

[发明专利]一种宏基因组结构变异自动化分析方法及装置-CN202310630229.2在审
发明人：王军;李月娟 -专利权人：中国科学院微生物研究所
申请日： 2023-05-30 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供一种宏基因组结构变异自动化分析方法及装置，包括：读取待分析测序数据，建立软链接；对待分析测序数据进行质量控制；去除数据中的宿主reads；基于去除宿主reads的数据，进行基因组组装；对组装后的基因组进行bins分箱，得到基于宏基因组组装的MAGs；将MAGs合并并去重；对去重后的MAGs进行物种注释并进行基因预测；检测发生SV事件的MAGs；将去重后的MAGs进行功能注释；以发生SV事件的MAGs的基因作为前景基因集，以经过功能注释的MAGs的基因作为背景基因集，进行KEGG富集分析。本发明基于短读长Illumina二代和长读长Nanopore三代宏基因组测序策略，通过对当前主流的生物信息分析工具进行测试，筛选，集成，实现了SV自动化分析，设置灵活、操作便捷、运行高效。
一种宏基结构变异自动化分析方法装置

[发明专利]一种基于转录组的肿瘤转移基因检测系统-CN201610318603.5有效
发明人：薛成海;马熹;俞丽佳 -专利权人：万康源(天津)基因科技有限公司
申请日： 2016-05-13 - 公布日： 2019-12-06 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于转录组的肿瘤转移基因检测系统，包括整合模块，用于整合Read计数矩阵，得到每个基因的差异表达程度的统计量文件；识别模块，用于识别差异表达基因，比较肿瘤原发和转移条件下的功能的差异程度；分析模块，用于分析基因表达模式，进行表达模式的分类及分析；标记模块，用于标记肿瘤转移基因；所述整合模块、识别模块、分析模块、标记模块依次连接。本发明用于解决从高通量的数据中挖掘肿瘤转移相关的基因，分析原发与转移癌症中转录组的异常变化以及转移过程中肿瘤转移标记基因表达模式的动态改变。
一种基于转录肿瘤转移基因检测系统

[发明专利]微生物群落特定功能基因多样性分析引物对及分析方法-CN202010054021.7有效
发明人：夏昊强;周煌凯;高川;陶勇;艾鹏;张秋雪 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2020-01-17 - 公布日： 2022-07-01 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：本发明属于生物信息分析领域，特别是涉及微生物群落特定功能基因多样性分析引物及分析方法。本发明公开了三种微生物群落特定功能基因多样性分析引物对，以及利用这三种引物对获得对应功能基因片段的方法。本发明还公开了一种微生物群落特定功能基因多样性分析方法及其在分析上述三种微生物群落特定功能基因多样性中的应用。本发明的三种微生物群落特定功能基因多样性分析引物对具有显著地扩增优势，本发明的微生物群落特定功能基因多样性分析方法具有更全面一体化的分析流程，即针对微生物群落中具有的某种特定功能的微生物群体，能够探索功能基因更为复杂的生物信息内容
微生物群落特定功能基因多样性分析引物方法

[发明专利]一种融合基因检测方法、系统、电子设备及存储介质-CN202211683841.8在审
发明人：胡凌波;资意;陈敬臣;蔡兴盛 -专利权人：广州迈景基因医学科技有限公司
申请日： 2022-12-27 - 公布日： 2023-04-11 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种融合基因检测方法、系统、电子设备及存储介质，其中方法包括获取测序数据；对所述测序数据进行质控处理，得到质控数据；对所述质控数据进行融合分析处理，得到融合分析数据；根据所述融合分析数据对融合基因数据库进行合并处理，得到融合基因参考序列；根据所述融合基因参考序列对所述质控数据进行分析检测处理，得到融合基因检测结果。本发明实施例能够提高融合基因检测的准确性，可广泛应用于基因检测技术领域。
一种融合基因检测方法系统电子设备存储介质

[发明专利]基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统-CN202011641513.2在审
发明人：毛凌峰;徐兴宇;沈航杰;倪莉丽 -专利权人：杭州柏熠科技有限公司
申请日： 2020-12-31 - 公布日： 2021-04-02 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供一种基于纳米孔测序的新冠病毒全基因组分析系统，该全基因组分析系统针对新冠病毒的测序数据建立完整的分析流程，针对二代测序和三代测序的测序数据进行质控、基因组覆盖度、变异检测、基因组组装以及基因组完整度的的整体分析，且针对变异检测进行树状的分析。变异检测结果和样本相互关联，更便于对新冠病毒的流行史进行管控，另外，测序分析的分析全过程可视化展示，操作人员在操作界面即可简单地依据操作指令进行分析操作，且分析结果以图表的形式全面展示。
基于纳米孔测序病毒基因组分析系统

[发明专利]一种细胞差异表达与基因测试复合微流芯片-CN02132799.8无效
发明人：吴大朋;罗勇;周小棉;戴忠鹏;林炳承 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2002-08-23 - 公布日： 2004-02-25 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种细胞差异表达与基因测试复合微流芯片，其特征在于该芯片由细胞培养单元和分离单元构成，细胞培养单元为多孔点阵，每个孔通过微流通道与分离单元的流入端相连。可以用于不同类细胞的差异表达和/或基因比较分析；同一种细胞的差异培养分析；正常细胞、肿瘤细胞、可疑细胞的比较分析；基于细胞差异表达的药物筛选常规的细胞培养、表达、基因变异分析。本发明将细胞培养和细胞差异表达及基因分析集成在同一块芯片，减少了操作的成本，减少了传统的细胞培养及细胞差异表达及基因分析过程中的污染，提高了分析的速度，为细胞的差异表达及基因分析提供完全一致的分析环境，提高分析数据的可比较性。
一种细胞差异表达基因测试复合芯片

[发明专利]一种功能基因组可视化分析方法、电子设备及介质-CN202310211758.9在审
发明人：顾晓荣;陈新蕾;闻丹忆 -专利权人：上海立迪生物技术股份有限公司
申请日： 2023-03-07 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：本发明公开一种功能基因组可视化分析方法，其首先根据表达水平等信息对基因进行过滤，以提高有效基因的比例，然后基于过滤后的基因数据生成基因共表达相关系数矩阵，得到共表达网络，并基于基因共表达相关系数矩阵进行数据转换，得到基因的距离矩阵，最后基于距离矩阵进行降维及聚类分析，根据分析结果得到可视化的基因表达情况。其实现了更好的共表达基因网络的可视化效果，可更高效地获得共表达基因簇。
一种功能基因组可视化分析方法电子设备介质

[发明专利]自闭症候选基因的分析方法、分析装置、设备及存储介质-CN201911081301.0有效
发明人：谢英俊;孙筱放;王鼎;杨翌;杨影虹 -专利权人：广州医科大学附属第三医院（广州重症孕产妇救治中心、广州柔济医院）
申请日： 2019-11-07 - 公布日： 2020-07-28 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种自闭症候选基因的分析方法、分析装置、设备及存储介质。本发明的自闭症候选基因的分析方法通过利用大数据及基因组拷贝数变异数据分析筛选自闭症候选基因，可加快寻找到与自闭症发病相关的未知易感基因，有利于了解自闭症的发病机制及预防。本发明的自闭症候选基因的分析方法是一种非疾病诊断目的的分析方法，通过本发明的分析方法得到的结果虽然不能直接作为诊断结果用于诊断是否患有自闭症，但可以作为中间结果与其他结果一起，用于疾病的辅助诊断和疾病的病理研究分析
自闭症候选基因分析方法装置设备存储介质

[发明专利]一种细胞通讯分析方法及系统-CN202011620086.X有效
发明人：周煌凯;高川;陈飞钦;艾鹏;张秋雪 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2020-12-31 - 公布日： 2022-06-14 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种细胞通讯分析方法及系统，该方法包括细胞通讯预测和配体‑靶基因调控预测；细胞通讯预测包括配受体对表达丰度分析、配受体对数目分析、显著富集配受体对数目分析和细胞交互网络图构建；配体‑靶基因调控预测包括配体活性分析和配体‑靶基因调控潜力分析；本发明细胞通讯分析方法主要是描述细胞间的关联关系，利用CellphoneDB软件基于单细胞基因表达量矩阵进行细胞通讯网络构建，利用NicheNet软件基于配体‑靶基因表达关系，分析配体活力以及配体对靶基因的调控潜力
一种细胞通讯分析方法系统

[发明专利]一种基于线粒体全基因组对台湾东风螺系统发育分析方法-CN201910974636.9在审
发明人：叶莹莹;许中天;冯鉴童 -专利权人：浙江海洋大学
申请日： 2019-10-14 - 公布日： 2020-01-21 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于线粒体全基因组对台湾东风螺系统发育分析方法，涉及台湾东风螺系统发育分析领域，包括以下步骤：1）样本采集：采集台湾东风螺提取线粒体基因组DNA；2）将线粒体基因组DNA打断、纯化后构建DNA测序文库；3）获得DNA簇；4）对螺线粒体基因组DNA测序；5）与其他已知序列的东风螺进行比较，随后对编码蛋白基因基因注释；6）将台湾东风螺线粒体基因组DNA的每个基因的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列与其他新腹足目物种的进行比对，并将其串联起来进行系统发育分析，本发明基于线粒体全基因组对台湾东风螺系统发育进行分析，得到了完整的台湾东风螺线粒体全基因组数据，进行系统发育进行分析方便有效。
线粒体基因组线粒体全基因组系统发育分析编码蛋白基因发育氨基酸序列核苷酸序列测序文库基因注释样本采集已知序列比对对螺腹足构建推导串联打断分析采集物种基因

[发明专利]一种铝胁迫条件下狗牙根差异表达基因及其挖掘和分析方法-CN202310330046.9在审
发明人：黄春琼;段宏利;郇恒福;蒋淩雁;陈志坚;刘攀道;何潇 -专利权人：中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所
申请日： 2023-03-30 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： C12N15/31 文献下载
摘要：本发明公开了一种铝胁迫条件下狗牙根差异表达基因及其挖掘和分析方法，涉及生物信息技术领域。铝胁迫条件下狗牙根差异表达基因包括17个，挖掘和分析方法包括以下步骤：S1.狗牙根预培养；S2.狗牙根铝胁迫处理；S3.狗牙根根系转录组测序，包括转录组原始数据分析，差异基因的GO富集分析，qRT‑PCR分析。本发明通过从两种耐铝种植的狗牙根中通过狗牙根预培养、狗牙根铝胁迫处理、狗牙根根系转录组原始数据分析、差异基因的GO富集分析和qRT‑PCR分析，获得17个铝胁迫条件下狗牙根差异表达基因，本发明首次对铝胁迫条件下狗牙根差异表达基因进行了挖掘和分析，为狗牙根响应铝胁迫的机制的研究及铝响应基因奠定了基础。
一种胁迫条件下牙根差异表达基因及其挖掘分析方法

[发明专利]一种交互式细胞异质性分析可视化平台及其实现方法-CN202010015062.5在审
发明人：周煌凯;夏昊强;张羽;陶勇;罗玥;张秋雪 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2020-01-07 - 公布日： 2020-06-05 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种交互式细胞异质性分析可视化平台及方法，所述平台包括：细胞亚群分类分析模块，用于接收用户上传的数据，利用R包Seurat降维，并将转录本信息相似的单细胞聚类分群，将样本分为若干个细胞亚群，进行可视化展示；亚群marker基因分析模块，用于利用R包Seurat调用平台分析程序可视化展示有效基因在不同细胞亚群的表达情况，获得marker基因在各细胞亚群的表达情况，并进行可视化展示，以用于细胞亚群鉴定；亚群上调基因分析模块，用于利用R包Seurat调用平台分析程序获取亚群上调基因分布表格，并调用平台分析程序展示亚群上调基因在细胞亚群的分布情况。
一种交互式细胞异质性分析可视化平台及其实现方法

[发明专利]与AD发病相关的基因网络通路分析模型的建立方法-CN201010150139.6无效
发明人：陆璐;王晓冬;陈颖;徐邦生;陈雪;王勇军;谢晓玲 -专利权人：南通大学
申请日： 2010-04-09 - 公布日： 2010-08-25 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种与AD发病相关的基因网络通路分析模型的建立方法，通过生物信息学方法，收集已知AD相关基因；借助B×D基因重组近交系小鼠的基因表达资料和基因型资料，进行遗传基因组学的分析，筛选出具有统计学意义的上游调控位点；进行cis-eQTL真实性验证、候选基因筛选验证；确定AD发病相关基因间的协同或调控关系，构建AD相关基因的基因表达调控网络通路。本发明方法简便，易操作，可以有效建立与AD发病相关的基因网络通路分析模型。
ad 发病相关基因网络通路分析模型建立方法