本发明公开了一种具有低聚半乳糖合成能力的β‑葡萄糖苷酶及其表达菌株和应用,其中具有低聚半乳糖合成能力的β‑葡萄糖苷酶,名称为BglD1,其原始来源于中国南海西沙群岛海底沉积物,具有如下氨基酸序列之一:(1)序列表中的SEQ ID No:2;(2)序列表中的SEQ ID No:2经取代、缺失或添加一个或几个氨基残基且编码相同功能蛋白质的氨基酸序列。本发明具有低聚半乳糖合成能力的β‑葡萄糖苷酶具有β‑葡萄糖苷酶和β‑半乳糖苷酶活性,可通过转糖苷作用合成低聚半乳糖,产物键型主要为β(1→3)和β(1→4)糖苷键。