[发明专利]一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法在审
| 申请号： | 202310030292.2 | 申请日： | 2023-01-10 |
| 公开（公告）号： | CN116312821A | 公开（公告）日： | 2023-06-23 |
| 发明（设计）人： | 张文英;辛奇;袁帅;徐涛;李阔;谭清龙 | 申请（专利权）人： | 重庆邮电大学 |
| 主分类号： | G16C10/00 | 分类号： | G16C10/00;G16C20/10 |
| 代理公司： | 重庆市恒信知识产权代理有限公司 50102 | 代理人： | 李金蓉 |
| 地址： | 400065 重*** | 国省代码： | 重庆;50 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，属于生物物理学领域。具体步骤如下：(1)基于已有的处理质子化发色团LYR分子力场文件，在描述结构的rtf文件中删除席夫碱氮上面的氢原子以及更改相应的成键项；(2)用在线工具CGenFF重新生成删除氢原子后发色团LYR的电荷分布；(3)用量子化学计算方法验证上述电荷分布；(4)根据已有的去质子化参数文件，正确设置prm文件里面bonds，angles，dihedrals，impropers项；(5)合并重新生成后的rtf和prm文件为str格式用于处理视蛋白去质子化的发色团LYR；该方法具有准确性高、可靠性强、操作简单等优点，且该发明方法解决了普通分子力场(如Charmm、Amber等)中不能处理去质子化视黄醛的问题。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 制作 质子化 视黄醛发色团 lyr 分子 力场 文件 方法 | ||
【主权项】：
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