[发明专利]基于CPU+GPU异构的高并发序列比对计算加速方法有效
| 申请号： | 202210046617.1 | 申请日： | 2022-01-17 |
| 公开（公告）号： | CN114064551B | 公开（公告）日： | 2022-05-17 |
| 发明（设计）人： | 张巍;林超宁;张崇 | 申请（专利权）人： | 广州嘉检医学检测有限公司 |
| 主分类号： | G06F15/16 | 分类号： | G06F15/16;G06F9/48 |
| 代理公司： | 广州君策达知识产权代理事务所(普通合伙) 44749 | 代理人： | 陈宏升 |
| 地址： | 510000 广东省广州市黄埔区*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了基于CPU+GPU异构的高并发序列比对计算加速方法，包含以下步骤：BWA‑MEM算法代码重构；CPU上任务并发处理：完成序列集的划分，第一次形成多个并发任务；运行代码重构后的BWA‑MEM算法，完成GPU上数据并发处理；GPU上任务并发处理：对于序列数据对比过程中产生的种子集和链，将相同或相邻的长度、位置、数量的种子集划分为同一数据块，链做同样处理，由此完成种子集与链的划分，第二次形成多个并发任务。本发明通过设计任务并行+数据并行的方式，让BWA‑MEM算法的特征与GPU加速设备的特征紧密结合，充分利用GPU强大的并发运算能力，为序列比对算法提供优异的性能，对比高并发处理效率较高。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 cpu gpu 并发 序列 计算 加速 方法 | ||
【主权项】：
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