[发明专利]基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对方法及系统有效
| 申请号： | 202010213357.3 | 申请日： | 2020-03-24 |
| 公开（公告）号： | CN111443947B | 公开（公告）日： | 2022-09-27 |
| 发明（设计）人： | 刘卫国;张金潇;殷泽坤;刘美洋;张雯 | 申请（专利权）人： | 山东大学 |
| 主分类号： | G06F9/30 | 分类号： | G06F9/30;G06F9/38;G16B30/10 |
| 代理公司： | 济南圣达知识产权代理有限公司 37221 | 代理人： | 李圣梅 |
| 地址： | 250101 *** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明公开了基于众核平台上面向二代测序数据的序列比对方法及系统，包括：根据平台计算能力，自适应的调整读入的数据块大小，实现计算与I/O的相互掩盖；基于内存池策略利用预分配策略和轻量级的内存分配策略，减小内存开销；充分利用处理器的向量处理单元，采用指令集对计算过程进行向量化并行。对于BWA‑MEM算法，其整体性能有了显著提升，程序整体性能取得了3.62倍的加速比；算法线程拓展性有了显著改善；核心计算部分相比与原算法，在不同大小的数据集下取得的加速比情况为8.4～12.6。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 平台 面向 二代 序数 序列 方法 系统 | ||
【主权项】：
暂无信息
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