[发明专利]微卫星不稳定位点筛选、分析模型的构建方法及装置在审
| 申请号： | 202010007987.5 | 申请日： | 2020-01-06 |
| 公开（公告）号： | CN110797078A | 公开（公告）日： | 2020-02-14 |
| 发明（设计）人： | 黄毅;易鑫;杨玲;刘久成;吴玲清 | 申请（专利权）人： | 北京吉因加科技有限公司;北京吉因加医学检验实验室有限公司 |
| 主分类号： | G16B5/00 | 分类号： | G16B5/00;G16B20/30;G16B40/00 |
| 代理公司： | 11250 北京三聚阳光知识产权代理有限公司 | 代理人： | 李静 |
| 地址： | 102299 北京市昌平区中关村科技园区昌平园*** | 国省代码： | 北京;11 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明提供一种微卫星不稳定位点筛选、分析模型的构建方法及装置，包括：S1、以参考基因组的微卫星位点作为候选MS位点；S2、选取已知微卫星不稳定性检测状态信息的样本若干作为训练集样本，对训练集样本的候选MS位点区域进行突变检测，分别记录突变类型和数目，计算每个候选MS位点突变的信息熵；S3、将微卫星不稳定性检测状态信息与每个候选MS位点突变的信息熵的熵值进行关联，选取每个候选MS位点可用来区分所述微卫星不稳定性检测结果的熵值阈值，筛选出区分度高的候选MS位点为MSI位点；上述方案解决现有的固定MSI位点过多，造成检测效率低的问题，以及不能涵盖所有类型的样本，使得检测的特异性和灵敏度不高的问题。 | ||
| 搜索关键词： | 位点 微卫星 不稳定性 检测 训练集样本 位点突变 信息熵 样本 筛选 微卫星位点 方案解决 分析模型 检测结果 突变检测 突变类型 定位点 基因组 灵敏度 区分度 构建 可用 关联 涵盖 参考 记录 | ||
【主权项】：
1.一种微卫星不稳定位点筛选模型的构建方法，其特征在于，包括：/nS1、以参考基因组的微卫星位点作为候选MS位点；/nS2、选取已知微卫星不稳定性状态信息为阳性和阴性的样本若干作为训练集样本，对所述训练集样本的候选MS位点区域进行突变检测，分别记录突变类型和数目，计算每个所述候选MS位点突变的信息熵；所述信息熵的计算公式如下式（1）：/n
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于北京吉因加科技有限公司;北京吉因加医学检验实验室有限公司，未经北京吉因加科技有限公司;北京吉因加医学检验实验室有限公司许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/202010007987.5/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 微卫星不稳定位点筛选、分析模型的构建方法及装置-202010007987.5
- 黄毅;易鑫;杨玲;刘久成;吴玲清 - 北京吉因加科技有限公司;北京吉因加医学检验实验室有限公司
- 2020-01-06 - 2020-02-14 - G16B5/00
- 本发明提供一种微卫星不稳定位点筛选、分析模型的构建方法及装置，包括：S1、以参考基因组的微卫星位点作为候选MS位点；S2、选取已知微卫星不稳定性检测状态信息的样本若干作为训练集样本，对训练集样本的候选MS位点区域进行突变检测，分别记录突变类型和数目，计算每个候选MS位点突变的信息熵；S3、将微卫星不稳定性检测状态信息与每个候选MS位点突变的信息熵的熵值进行关联，选取每个候选MS位点可用来区分所述微卫星不稳定性检测结果的熵值阈值，筛选出区分度高的候选MS位点为MSI位点；上述方案解决现有的固定MSI位点过多，造成检测效率低的问题，以及不能涵盖所有类型的样本，使得检测的特异性和灵敏度不高的问题。
- 对目标序列进行模拟的方法、装置和电子设备-201910784122.7
- 杨梦成;荆瑞琳;杜洋;李大为;玄兆伶;王海良;王娟;肖飞 - 浙江安诺优达生物科技有限公司;安诺优达基因科技(北京)有限公司
- 2019-08-23 - 2020-01-17 - G16B5/00
- 本申请涉及一种对目标序列进行模拟的方法、装置和电子设备。该方法包括：获取参比序列和待拟合序列；基于目标序列的碱基对应的参比序列的基准参数和待拟合序列的基准参数，获得碱基的比较参数，其中，待拟合序列的基准参数基于多个碱基获得；基于比较参数确定碱基是否合格以获得合格碱基和不合格碱基；对不合格碱基的比较参数进行迭代消减以获得目标参数，迭代消减的迭代次数基于比较参数，且每次迭代消减与至少一个碱基的至少一个比较参数相关联；以及，基于合格碱基和不合格碱基的目标参数确定目标序列的模拟后的序列。这样，可以模拟真实靶向捕获测序数据的参数波动，使模拟数据更加贴近真实。
- 使用PARADIGM对miRNA诱导的乳腺癌中的沉默进行建模-201880034462.1
- 安德鲁·塞奇威克;沙赫鲁兹·拉比扎德;派翠克·松吉翁;查尔斯·约瑟夫·瓦斯克 - 南托米克斯有限责任公司;河谷控股IP有限责任公司
- 2018-03-27 - 2020-01-10 - G16B5/00
- 通过加入RISC作为调节因子，将概率图形途径模型修改为包括miRNA调节。最优选地，使用因子图建立途径模型，并且RISC包含DICER、TARBP2和AGO2或AGO1/3/4。如此构建的途径模型可用于推断RISC活性，该RISC活性与各种临床相关参数相关联以构建各种预测因子或用于诊断测试。
- 癌症特异的共调网络建立方法及装置-201811492500.6
- 李睿江;陈河兵;卢一鸣;李昊;江帅;洪浩;李宛莹;黄昕;赵诚辉;张卓;伯晓晨 - 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
- 2018-12-06 - 2020-01-03 - G16B5/00
- 本发明提供了一种癌症特异的共调网络建立方法及装置，属于癌症调控网络建立技术领域。所述方法包括：根据公开数据库获得TF和miRNA对靶基因的TF调控信息和miRNA调控信息；根据TF调控信息和miRNA调控信息建立三元调控网络；识别所述三元调控网络中的FFLs，获得FFLs识别结果；根据FFLs识别结果和癌症基因组表达量信息，筛选得到癌症特异的miRNA‑TF共调网络。本发明建立了TF，miRNA和靶基因的三元调控网络，并结合基因表达信息，获得miRNA‑TF共调网络，提高了miRNA‑TF共调控关系的准确性。
- 生物可获得的预测工具-201880012157.2
- A·G·希勒;M·L·温;E·J·迪安 - 齐默尔根公司
- 2018-02-14 - 2019-12-13 - G16B5/00
- 本发明提供用于预测在宿主生物中产生靶分子的可行性的系统及方法。获得用于所述宿主的开始代谢物集及反应集。包含于经过滤反应集中的是指示为通过一或多个对应催化剂催化的所述反应，所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述反应。在每一处理步骤中，依照所述经过滤反应集的所述反应，处理表示所述开始代谢物及在先前处理步骤中生成的代谢物的数据，以生成表示一或多个可行靶分子的数据。
- 一种用于DNA置换技术的生物实验方法-201910635655.9
- 何江峰;付晓峰;王力伟;刘红葵;赵杰;房永雨;王蕴华;刘俊青;张志芬;杨燕燕;李晓东;赵小庆;斯钦巴特尔;郭慧琴;伊六喜 - 内蒙古自治区农牧业科学院
- 2019-07-15 - 2019-11-19 - G16B5/00
- 本发明公开了一种用于DNA置换技术的生物实验方法，(1)选取实验用具有遗传信息的样品，并对样品进行预处理，并且提取出需要使用的DNA；(2)构建DNA逻辑计算模型，将等摩尔浓度的各种提取后的DNA链加入到体系中，将混合液体置于如下退火条件:95℃、4min，65℃、30min，50℃、30min，37℃、30min，22℃、30min，然后加入DNA链和运算逻辑模块混合后，在室温下反应6h以上；(3)向不同逻辑计算模块中加入相应的输入信号，通过特异性识别位点相互作用，对应的信号分子输出链被释放；(4)通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测出逻辑计算相应的结果，验证试验结果的有效性。本发明的实验方法的准确性更高。
- 一种快速评价环糊精纳米管人造通道工作效能的方法-201810417489.0
- 刘鹏;罗弘思 - 天津工业大学
- 2018-05-04 - 2019-11-15 - G16B5/00
- 本发明涉及一种水分子通过环糊精纳米管人造通道效率的预测方法。具体为先构建体系的结构，随后计算水分子穿越环糊精纳米管人造通道的自由能曲线，在此基础上计算出结合常数。通过对穿越过程的分析得出穿越机理，并对环糊精纳米管人造通道的优化提供理论指导。结果表明，使用该方法所得的计算结果准确，且能有效降低设计费用，并显著提高设计效率。因此，本文所述的理论方法可用于环糊精纳米管人造通道工作效能的预测。
- 专利分类
