[发明专利]用于HLA分型的核酸捕获探针的设计方法有效
| 申请号： | 201911104909.0 | 申请日： | 2019-11-13 |
| 公开（公告）号： | CN110853708B | 公开（公告）日： | 2022-03-08 |
| 发明（设计）人： | 赵国栋;乔宗赟 | 申请（专利权）人： | 上海仁东医学检验所有限公司 |
| 主分类号： | G16B25/20 | 分类号： | G16B25/20;G16B30/10 |
| 代理公司： | 上海市汇业律师事务所 31325 | 代理人： | 陆红杰 |
| 地址： | 201318 上海市浦东新*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种用于HLA分型的核酸捕获探针的设计方法，步骤包括：1）构建HLA‑A、HLA‑B、HLA‑C序列库；2）多重序列比对，查找每种基因Exon2、Exon3上的及上下游的SNP位点；3）用滑窗分隔算法，挑取覆盖设定数目SNP位点的区域作为探针设计候选区域；4）聚类分析得到每个探针设计候选区域的代表性序列作为候选探针；5）对所有候选探针去重复，获得三种基因各自的捕获探针。本发明还公开了用上述方法设计的探针，其序列如SEQ ID NO:9～88所示。本发明针对HLA基因中GC比例60%以上的Exon2、Exon3区域的所有多态性位点设计核酸捕获探针，提高了HLA基因探针杂交捕获的效果。 | ||
| 搜索关键词： | 用于 hla 核酸 捕获 探针 设计 方法 | ||
【主权项】：
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