[发明专利]一种基于序列预测蛋白质变性温度的系统及其方法

摘要

本发明公开了一种基于序列预测蛋白质变性温度的系统及其方法，该系统由蛋白质信息输入模块、蛋白质序列特征计算模块、蛋白质稳定性预测模块、预测结果输出模块和数据库组成。该预测方法主要为首先获取单一或批量蛋白质序列，并计算蛋白质的物理特征、电荷特征、结构特征、生化特征和属性特征，然后提取重要特征并计算蛋白质的变性温度，作为蛋白质稳定性的预测结果，最后保存预测结果并自动发送给用户。本发明的这种预测方式实用性强，且具有较高的预测准确率，特别是在蛋白质结构未知的情况下也能预测蛋白质变性温度的具体数值，而不是仅仅进行分类预测，泛化性强，对于蛋白质功能分析、辅助蛋白质工程和设计、药物设计等方面具有重大的意义。

主权项

1.一种基于序列预测蛋白质变性温度的系统，其特征在于：由蛋白质信息输入模块(1)、蛋白质序列特征计算模块(2)、蛋白质稳定性预测模块(3)、预测结果输出模块(4)和数据库(5)组成，其中，所述氨基酸变异信息输入模块(1)分别与所述蛋白质序列特征计算模块(2)和所述数据库(5)连接，所述蛋白质序列特征计算模块(2)与所述蛋白质稳定性预测模块(3)连接，所述蛋白质稳定性预测模块(3)与所述预测结果输出模块(4)连接，所述预测结果输出模块(4)与所述数据库(5)连接；所述蛋白质信息输入模块(1)的功能为获取用户提交的单个或批量的蛋白质序列，并进行用户信息及蛋白质序列数据的存储；所述蛋白质序列特征计算模块(2)的功能包括通过统计方式直接计算包括长度和分子量在内的蛋白质的物理特征、调用ProtDCal算法计算蛋白质属性特征、调用ProFEAT算法计算蛋白质结构特征和生化特征、调用PROTEIN RECON算法计算蛋白质电荷特征；所述蛋白质稳定性预测模块(3)的功能为根据计算出的蛋白质的物理特征、属性特征、结构特征、生化特征和电荷特征，通过基于RFECV特征提取的GBRT回归算法计算提交的蛋白质序列的变性温度，作为蛋白质稳定性的预测结果；所述预测结果输出模块(4)的功能为将预测结果生成txt文件且保存，并以电子邮件的方式将含有预测结果的txt文件自动发送至用户，同时支持用户查询统计；所述数据库(6)的功能为存储用户信息、蛋白质序列数据、预测结果、预测任务以及已公开发表的蛋白质数据集。