[发明专利]一种基于FPGA的Smith-Waterman算法实现方法及装置在审
| 申请号： | 201910676632.2 | 申请日： | 2019-07-25 |
| 公开（公告）号： | CN110473593A | 公开（公告）日： | 2019-11-19 |
| 发明（设计）人： | 邓建晖;周智;薛晖耀;潘焕燕 | 申请（专利权）人： | 深圳大学 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30;G16B30/10;G16B50/30 |
| 代理公司： | 44205 广州嘉权专利商标事务所有限公司 | 代理人： | 黄广龙<国际申请>=<国际公布>=<进入 |
| 地址： | 518060 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于FPGA的Smith‑Waterman算法实现方法及装置，包括：将待匹配基因序列输入PE阵列的集合中，将候选序列以流水线形式输入到对应的PE阵列，PE阵列执行相似性评分；记录PE阵列输出的评分值中最大的值和对应的候选序列；执行回溯以修改待匹配基因序列。装置用于执行方法。本发明通过将待匹配基因序列输入PE阵列的集合中，将候选序列以流水线形式输入到对应的PE阵列，PE阵列执行相似性评分；记录评分值中最大的值和候选序列；能够通过并行的方式执行评分流程。执行回溯以修改待匹配基因序列能够通过执行回溯流程。基于FPGA的PE阵列，能够通过并行的方式执行Smith‑Waterman算法，相对于CPU、GPU方式，消耗更低，性价比高。 | ||
| 搜索关键词： | 候选序列 基因序列 匹配 回溯 流水线形式 并行 集合 算法实现 记录 算法 输出 消耗 | ||
【主权项】：
1.一种基于FPGA的Smith-Waterman算法实现方法，其特征在于，包括：/n将待匹配基因序列输入PE阵列的集合中，将候选序列的集合以流水线形式输入到对应的PE阵列，PE阵列执行待匹配基因序列与候选序列之间的相似性评分；/n记录PE阵列输出的评分值中最大的值和对应的候选序列；/n执行回溯以修改待匹配基因序列。/n
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