[发明专利]用于便秘风险预测的特异性引物及其应用

摘要

本发明公开用于便秘风险预测的特异性引物及其应用，本发明引物设计的方法如下：通过NCBI获取拟杆菌属、副拟杆菌属、粪球菌属、劳特氏菌属、志贺氏属菌株的全基因组序列；将每个菌株的基因组分为若干50KB的片段，在primer blast找对应属的特异性基因片段，在Clone Manager上设计引物，通过本发明的引物对能够较好的对便秘人群富集菌群的具体菌种进行鉴别，本发明的引物能够针对已经注释的基因片段及未知功能的基因片段进行扩增，能够扩增出该种菌属对应的其他菌种上的特异性基因片段，有效提高了检测准确性，便于提高临床人群便秘预测风险的预测准确度。

主权项

1.用于便秘风险预测的特异性引物，其特征在于，其分别能对拟杆菌属、副拟杆菌属、粪球菌属、劳特氏菌属、志贺氏属菌株上的特异性基因片段进行扩增，获得其对应同种菌属里的多个菌种共有的特异性基因片段，所述特异性基因片段包括注释基因片段及未知功能的基因片段，所述特异性引物包括以下五组：(1)BAC‑1F＝5'CTTACCTGCCTTGTCCTGGG3'；BAC‑1R＝5'TACCGTTGGACCGTTCAGTG3'；BAC‑2F＝5'CCCTCACGGTACTGGTTCAC3'；BAC‑2R＝5'TTGTTGGAGGCTAACGCAGG3'；BAC‑3F＝5'GTTCGCTATCGGTCTCTCGG3'；BAC‑3R＝5'TTGTTGGAGGCTAACGCAGG3'；(2)PAR‑1F＝5'GGTGGCGCATTTGAAAGACC3'；PAR‑1R＝5'GTCTGCCATGTTGGCACTTG3'；PAR‑2F＝5'AGCCAGCTCGACCTGTAATG3'；PAR‑2R＝5'CGAGCCGATAGGTCTGGTTC3'；PAR‑3F＝5'CCCCAAAGCATACCTTTGAACC3'PAR‑3R＝5'GTATGTGGGAGCTGGGAGTG3'；(3)COP‑1F＝5'GCTCAATGCTCGAAGCAAAGTC3'；COP‑1R＝5'GGCACATAAGCTCGGCATTC3'；COP‑2F＝5'GGACTGATGCAGGGCTGAG3'；COP‑2R＝5'ATGGTCAAGGGATGCACAGG3'；COP‑3F＝5'GTTGATTTATCGGCGGGTGC3'；COP‑3R＝5'GCTTTCACTACATGTTCCGGC3'；(4)BLA‑1F＝5'ATGGCAGAAACAACCAACGC3'；BLA‑1R＝5'CAGCATACGCTTCTCGTTGC3'；BLA‑2F＝5'CATCACGTCTTCCCATTGCAC3'；BLA‑2R＝5'AGGGCCAGAGTCAGTAGGAG3'；BLA‑3F＝5'TGTATGGCTGCTTCTGAGCC3'；BLA‑3R＝5'ACGTGAAAGCAGAGCTGACTG3'；(5)SHI‑1F＝5'GCACCTGGGAAGAAAAAGGC3'；SHI‑1R＝5'TCCGCGTACTCACACAGTTC3'；SHI‑2F＝5'ATCGTTGCGCAGTAATTGGC3'；SHI‑2R＝5'TCGGCATCTGATACGTCTGC3'；SHI‑3F＝5'ATCGCCTGATGCAGATCCAG3'；SHI‑3R＝5'AATTCTCAGGAGAACCCCGC3'。