[发明专利]一种利用宏基因组或宏转录组检测微生物的分析方法

摘要

本发明公开了一种利用宏基因组或宏转录组检测微生物的分析方法。所述分析方法对测序下机数据进行数据质控，过滤后得到高质量数据，然后并行进行组装和双端拼接(单端则不拼接)，组装和拼接所得数据基于bwa算法比对到微生物参考数据库，鉴定样本内微生物物种及其丰度信息。过滤低质量结果后整合分析结果。本发明方法适用范围广，能检测多种类型微生物，兼容多种主流测序平台，兼顾单端、双端测序数据及长读长、短读长序列数据特点，可从各类型测序数据准确地分析样本内微生物物种及其丰度。本发明方法能够有效降低假阳性，克服大部分微生物无法培养的难点，准确、快速、全面检测各类型样本内微生物。

主权项

1.一种基于宏基因组或宏转录组测序的微生物检测鉴定分析方法，其特征在于，包括以下步骤：S1创建微生物参考数据库；S2.进行高通量测序，对测序数据进行数据质检及质控，得到高质量数据；S3.高质量数据的物种比对，包括以下步骤：S31对S2得到高质量数据进行组装，评估组装质量，将组装后数据比对到步骤S1中的微生物参考数据库，比对上微生物参考数据库的序列作为数据集1，统计数据集1所比对到的微生物物种信息、物种reads、reads占该物种比例、覆盖度、深度信息；S32对S2得到高质量数据，高通量测序为双端测序，数据进行双端拼接，评估拼接效果，拼接后数据比对到步骤S1中的微生物参考数据库，比对上微生物参考数据库作为数据集2，对S2得到高质量数据，高通量测序为单端测序，数据不进行拼接，比对到步骤S1中的微生物参考数据库，比对上微生物参考数据库作为数据集2，统计数据集2所比对到的微生物物种信息、物种reads、reads占该物种比例、覆盖度、深度信息；S4过滤数据集1、数据集2中比对质量低的序列、非特异性扩增序列、覆盖度低的序列及低复杂度序列；S5.结果整合：数据集1及数据集2能通过质量评估标准，则以数据集1的物种信息和数据集2的物种信息的交集为物种信息结果，数据集2的物种reads、reads占该物种比例、覆盖度、深度为对应物种的定量结果；数据集1未能通过质量标准，而数据集2通过质量标准，则选用数据集2的微生物物种信息、物种reads、reads占该物种比例、覆盖度、深度结果为鉴定结果；数据集2未能通过质量标准，数据1集通过质量标准，则选用数据集1的微生物物种信息、物种reads、reads占该物种比例、覆盖度、深度结果为鉴定结果；数据集1、数据集2均未能通过质量标准，则该检测结果无效。