[发明专利]林木差异表达基因SSR引物组及多态性SSR标记开发方法

摘要

本发明公开了一种林木差异表达基因SSR引物组及SSR标记开发方法。SSR标记开发方法是先提取某树种不同组织或不同发育阶段材料的RNA，进行转录组测序；根据qvalue<0.05的阈值筛选差异表达基因，用MISA对差异表达的unigene进行SSR检测，获取该树种差异表达基因SSR引物组，合成差异表达基因SSR引物，以该树种至少8个不同来源个体DNA为模板，按优化后的条件进行的PCR扩增，经电泳检测，筛选并开发出具有多态性的差异表达基因SSR标记。开发具多态性的杉木差异表达基因SSR引物序列如表2所示。本发明优化的PCR反应条件有效提高了引物扩增的特异性；本发明筛选出具多态性的SSR对林木遗传多样性研究、加快分子辅助育种具有重要意义和参考价值。

主权项

1.一种利用权利要求1所述的林木差异表达基因SSR引物组进行的SSR标记开发方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）转录组测序，提取某树种不同组织或不同发育阶段材料的RNA，经RNA质量检测合格后建库，并进行转录组测序；对转录组检测序列进行拼接，挑选每个基因中最长的转录本作为该基因的unigene；（2）差异表达基因筛选及SSR标记开发，根据qvalue < 0.05的阈值筛选差异表达基因，用MISA对差异表达的unigene进行SSR检测，获取该树种差异表达基因SSR引物组，采用 Primer3进行 SSR 引物设计，合成林木差异表达基因SSR引物，以该树种至少8个不同来源个体DNA为模板，经PCR 扩增，对PCR扩增产物进电泳检测，筛选并开发出具有多态性的差异表达基因SSR标记。