[发明专利]利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法有效
| 申请号： | 201811296723.5 | 申请日： | 2018-11-01 |
| 公开（公告）号： | CN109411020B | 公开（公告）日： | 2022-02-11 |
| 发明（设计）人： | 李炯棠;徐桂彩;朱锐;张研;李尚琪;孙晓晴 | 申请（专利权）人： | 中国水产科学研究院 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 北京远大卓悦知识产权代理有限公司 11369 | 代理人： | 史霞 |
| 地址： | 100039 北京*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明公开了利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法，包括如下步骤：步骤一、首先将长测序读段分割为彼此顺次连接的若干个标签片段，然后将若干个标签片段比对到待补洞的全基因组序列上；步骤二、确定出与全基因组序列匹配的标签片段于全基因组序列上的比对方向和比对位置；步骤三、根据标签片段的比对位置和洞的位置关系，建立其对应的长测序读段与洞的关联关系；步骤四、根据长测序读段与洞的关联关系，利用长测序读段对洞未知序列进行补洞。本发明将短读段比对基因组方法应用于长测序读段比对基因组的方法，短读段比对到基因组序列上，运行时间短和内存需求小，提高了长片段补洞的速度和内存需求。 | ||
| 搜索关键词： | 利用 长测序读段 进行 基因组 序列 方法 | ||
【主权项】：
1.利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤一、首先将长测序读段分割为彼此顺次连接的若干个标签片段，然后将该若干个标签片段比对到待补洞的全基因组序列上；步骤二、确定出与全基因组序列匹配的标签片段于所述全基因组序列上的比对方向和比对位置；步骤三、根据标签片段的比对位置和洞的位置关系，建立其对应的长测序读段与洞的关联关系；步骤四、根据长测序读段与洞的关联关系，利用该长测序读段对洞未知序列进行补洞。
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