[发明专利]用于亲权鉴定的SSR位点的筛选方法和应用

摘要

本发明提供了一种用于亲权鉴定的SSR位点的筛选方法和应用，涉及生物技术领域。该筛选方法首先从待筛选SSR位点的物种的全基因组序列中找出所有的潜在SSR位点，然后经过依次的筛选和过滤筛选出候选的SSR位点；然后使用模拟筛选的方法，依据待筛选SSR位点的物种的遗传特征，构建模拟亲代并杂交产生子代，以验证能够用于亲权鉴定的SSR位点的特征；然后将候选SSR位点按照PE值排序，然后筛选出符合如下条件的SSR位点：(b1)MAF值≤M；(b2)缺失值比例＜10％；(b3)任意两个SSR位点的距离＞LD衰减距离；(b4)重复单元≥N；满足上述条件的SSR位点可用于亲权鉴定。

主权项

1.一种用于亲权鉴定的SSR位点的筛选方法，其特征在于，包括：(S1)筛选出待筛选SSR位点的物种的全基因组序列所有潜在的SSR位点，再筛选出位于基因区间内的SSR位点，再过滤掉单核苷酸重复类型的SSR位点；然后筛选出具有多态性的SSR位点；(S2)然后过滤掉满足如下条件的SSR位点，得到候选SSR位点：(a1)缺失值比例＞50％；(a2)哈温平衡检验显著性＜0.01；(S3)计算候选SSR位点的LD衰减距离；(S4)将候选SSR位点按照PE值排序，然后筛选出符合如下条件的SSR位点：(b1)MAF值≤M；(b2)缺失值比例＜10％；(b3)任意两个SSR位点的距离＞LD衰减距离；(b4)重复单元≥N；其中，所述M和所述N按照如下方法得到：模拟产生具有SSR位点的亲代个体，所述亲代个体满足如下条件：(c1)亲代个体的SSR位点距离≥LD衰减距离；(c2)亲代个体的基因型满足哈温平衡；然后将亲代个体作为父本，按照如下条件产生子代个体：(d1)杂交过程完全随机杂交；(d2)重组过程无连锁现象；(d3)个体不产生随机突变；然后模拟计算如下指标：(e1)不同MAF的条件下亲子关系准确率，得到亲子关系准确率至少为99.9％时的MAF值，记为M；(e2)不同SSR分型类型、不同位点规模下CPE的变化，以确定SSR位点的重复单元数，记为N。