[发明专利]基于FPGA的面向基因测序串匹配算法的加速平台及设计方法在审
| 申请号： | 201810698010.5 | 申请日： | 2018-06-29 |
| 公开（公告）号： | CN108595917A | 公开（公告）日： | 2018-09-28 |
| 发明（设计）人： | 李曦;王超;娄文启;周学海 | 申请（专利权）人： | 中国科学技术大学苏州研究院 |
| 主分类号： | G06F19/20 | 分类号： | G06F19/20;G06F19/28 |
| 代理公司： | 苏州创元专利商标事务所有限公司 32103 | 代理人： | 范晴 |
| 地址： | 215123 江苏*** | 国省代码： | 江苏;32 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明公开了基于FPGA的面向基因测序串匹配算法加速平台及设计方法，加速平台包括PS(Program System)与PL(Program Logic)两部分，PS端包含通用处理器以及DRAM以完成软件端代码的运行以及硬件部分的控制，PL端包含多个可根据需求固化的IP核来以实现相应任务，首先通用处理器将字符串数据写入DRAM中，然后FPGA从DRAM中读取字符串数据并开始计算，并把计算结果写入到DRAM中，最后通用处理器从DRAM中读取匹配结果。本发明加速器在FPGA上部署了多个用于计算的独立IP核，以流水线方式运行，使得不具备硬件知识的编程者可以利用已有的FPGA资源轻松获得良好的性能。 | ||
| 搜索关键词： | 通用处理器 读取 字符串数据 基因测序 串匹配 算法 写入 流水线方式 独立IP核 匹配结果 硬件知识 加速器 固化 编程 部署 | ||
【主权项】：
1.基于FPGA的面向基因测序串匹配算法的加速平台，其特征在于，包括PS与PL两部分，PS部分包括通用处理器和DRAM，用于完成软件端代码的运行以及硬件部分的控制，PL端包括多个IP核来以实现相应任务，通用处理器将字符串数据写入DRAM中，然后FPGA从DRAM中读取字符串数据并开始计算，并把计算结果写入到DRAM中，最后通用处理器从DRAM中读取匹配结果。
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G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
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