[发明专利]与地中海水牛优良泌乳性状相关的单倍型组合与应用

摘要

本发明属于家畜分子标记筛选技术领域。具体涉及与地中海水牛优良泌乳性状相关的单倍型组合与应用。所述的分子标记从地中海水牛中克隆得到，筛选得到12个与泌乳性状关联的SNP标记，利用一个或其组合标记组成的单倍型对地中海水牛泌乳性状进行关联分析。ACSL1基因12个SNP标记的序列如SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:12所示。本发明还涉及ACSL1_SNP1至ACSL1_SNP12位点基因型的检测引物的开发和优良单倍型组合序列的应用，所述单倍型组合序列与地中海水牛高峰奶量、270d产奶量和270d乳蛋白量的性状显著相关。本发明为地中海水牛的标记辅助选择提供了新的遗传标记资源。

主权项

1.单独使用或组合使用的与地中海水牛泌乳性性状相关的SNP标记，其特征在于，所述的SNP标记的核苷酸序列如下所述：(1)SEQ ID NO:1gacaagaaaatggtaactcatgccccttatgttaacattttacagcaagaattctgagtggctaagtcttttgaatgtggataatgagaactttacacaagccgacagagtaaaatgaattcctaaagtgcttttagaaaagtgagatttgccggccaggagaagacagcctgagccatcagcccgtggctctaatgcccccgatgatgagccaaccatcaagttgatggtcatcggccttggggagtttgtcacagcatccctcctccctggaatgaacatgacctttttctctcccacagactgtggcttaggacgctgccagcccaggatgatgcaagcccacgagctgttccagtactttcggctgccagagctggttgacttccggcagtacgtgcgcacccttccaaccaacacR1ctcatgggcttcggcgcgttcgccgcgctcaccactttctggtacgccacgcggccacg，上述序列中421位的R1是A或G，导致ACSL1基因的多态性；(2)SEQ ID NO:2CtcatgggcttcggcgcgttcgccgcgctcaccactttctggtacgccacgcggccacgR2gccctgaagcctccatgcgacctggccatgcagtcagtggaggtgccggtaagtggaacctggccgcccccaggtttcctgcctctgtccccagtttctaggccccatcatggtgacatccagcaggatcacaatcccaagcaaatatttgttctccagggcactttgcaaactgaaatgtgctccccagacagaacttcagcagcgattagaggaagaggtcaaaatataggtcagagggatgcgtgtggtggtgctggttaggtgtctgcccacgtcacatggagcagagctgctgctgctgctaagtcgcttcagttgtgtccgactctgtgcgaccccatagatggcagcccaccaggctccaccatccctgggattctccaggcaagaacactggagtgggttgccatttccttctc上述序列中60位的R2是A或G，导致ACSL1基因的多态性；(3)SEQ ID NO:3tgctaaagctgaaactccaggactttggccacctcatgcaaagagttgactcattggaaaagactctgatgctgggagggattgggggcaggaggagaaggggacgacagaggatgagatgactggatggcatcactgactcgatggatgtgagtctcagtgaactctgggagttggtaatggacagggaggcctggcgtgctgcgattcatggggtcgcaaagagtcggacacgactgagcgactgatctgatctgatctgcacaaaagacgtattaatgcgtctctggtcaacaagctgttaagataattagcttcatttaaaggattacaggttgctcaggaattgggtgtgactcagcttttggctttcacagtgtacctcacattagaggcatcgggggccctaatgatgtggggtttatgggcttctctcacatccaccattcttggatggagtttctgtcttctaactttattttgctcatatgtgtccccaggcaaccccaaaggagcaatgatcacgcatcgaaatgtagtgagcgatttttcagcgtttgtgaaaatgacagaggtaaacttttgggagagggccatctttccgtgtatccagtggttggcatcaggcctcaggaatgaaggtgctcaaggccccaccatcatgttaggcccR3gaccgtatttgaaacagtacctgaaatatagataaggtctgagctttcacaaggtctaaggtcacctcctctcaaatagtttttcactatggacc上述序列中673位的R3是A或G，导致ACSL1基因的多态性；(4)SEQ ID NO:4tgcttttctgcccgctggtgtctttgcttgcagaacacattcattcctacctcagatgacactttgatctctttcttgcctctggcccatatgtttgagagagttgttgaggtaggcacggggttttattttgcctatgcatgR4gtgtttgtttgtgttctaagtcattgtgttttacagaaagcacttgggttgaataccagtgacatacacatttcatttttaccgcttgca，上述序列中144位的R4是C或T，导致ACSL1基因的多态性；(5)SEQ ID NO:5gaggaaagctgcacagcagcgaagacccagcacagccataaataaataaacattatttaaaaagcttggactgtaggcaagtagctaagtttttattatgggataaattagacctaaattttctggaaggttaaaaataacttggattatctgataccatgtccttcctttggcagatactgatcctgaagctaaaacagcagaacctctaagatcatcattaaaagccacattccctggttgctgattagctagctcctctatcttcaggatgatcaggagtagtgcaatagccccctgttgtacaaggaccctaaaacacgagaatgctgtttcattttattttatttttggccatgccacatggcatgtgggatcttagttccctgaccagggatccagcctgcagcccctgcattggaagctcagggtcttatccactggaccgccaggggaatcccaagaatgttgttttgaaagctccctacatttaggaaccttatgatttctggaaactgggctgaaatgctaaaaccaaagctttgtgtgtctgtgtgtgttgcgtaacccccactgcaatgatgaR5gtttgtttgcctctgtttgcctctctagtgtgtgatgctctgtcatggagctaaaataggatttttccaaggagatatcaggctgcttatggatgatctcaaggcccttcaacccaccatcttccctgtggtccccagactgctgaaccggatgtttgaccgagtaagtgccaggggcagagtgtgggatctcgaacccaaaattctctgcgaacgtggcggctgctcttagacttgtgggactaagagaaagcactgtgaacgtaccttataaatcagaaggcacaatacagatgtgaggtggagattgctttattttcacaataaactcttggagcctccgttttctcaccttgaca，上述序列中586位的R5是C或T，导致ACSL1基因的多态性；(6)SEQ ID NO:6acgctgctgtgaacatccacaggcaaggggctctatggacgtgtgttttcattctcttacgtgtgtgcccaggagcagaattgctgggtcatgactaactctR6tgtttaactgaggagctgccagtctgttttctaaagcagctgaaccatgttacatccccgccagcaaggcgtgaaggttccagtttctccacatcttcaccaacacttgttgttacctgacgttttaattcttgccattctactcatcaggaaaccttctcatctcttgactcattagattttcggacaagcaaacaccacgctgaagcgatggctgttggactttgcctccaagaggaaagaggctgaacttcgcagtggcatcattagaaacaacagcctctgggataaactgatcttccacaaaatacaggtagcacgttgactctcagctgttgcttgtcatctaaactaatgtggctttcaaactttctgggagggctctttttttttttaactgaagaatagttgatgtacaattttatataagtgacaggcatacaatatagtgattcacaatttttaaagatgatgttccatttattgttattataaaatagtggctatgtccccccaatatatccttgtgcaatatatccttgtagcttattttatacctagttgtttgtacctcttaatcccctagccctttattgtgtgagagctctttttaaaaga，上述序列中103位的R6是A或G，导致ACSL1基因的多态性；(7)SEQ ID NO:7ggtcatcacattaggagtgatcattcttttatttgatacacaggccatgttggtcccccaatgccttgcagcattatcaagcttgttgatgtggaagaaatgaattacctggctgccaagggcgagggcgaggtgagtaaaacccccR7cagtcaccccctcagggcaatcgcctccgctaaccagccacttctgtaaccagccacttctcagcaccgcggcaggtgaagccactgagcttggtattgctactgatcctgcagtcacccaggcttctttttgaagctgcatatgtctaagtctcagggggtggggg，上述序列中148位中的R7是A或G，导致ACSL1基因的多态性；(8)SEQ ID NO:8acagtgatattttttcccccttgtgatgagaactcttaagatctactttcttaacaacttgaaaacatcccacgcagccgcgctaagcgtagtcaccgtgctgtgcgtgacattcccggtccttaattatcttataactggatgtttgcacctttcacctacttcttccaatttgcatggccacacctccctcgccctctttttccttcaggtatgtgtgaaagggtcaaatgtttttcaaggctacttgaaagacccagtgaaaacagcagaagctctggataaagacggctggttgcacacaggggacattggcaagtggttaccagtaagtggtcccctcccttgtcgggaagaR8gagccccaacagggccacggcgccctgactctcccgcctctgtctccctcgcttcctctcccgcaggaaacgggcttacgtttagcatcctcctgtagcattttcactataactgccgcacacaggttttgttttgatacctgacatcctatctggttgctgcttctggtttgaaatccagaaacactgcgactggcttgtttcccacttcccatttcagtgctgtgtcttgacgttgaggccttggttcatttcagggcggggggagagggcactgtatt，上述序列中358位的R8是C或G，导致ACSL1基因的多态性；(9)SEQ ID NO:9gggttctctagttggctgagaggaggaagtggagtaaaagggactccctcatcccttctctgtctcactactcagcctggggaggttacgtaatctctgtcagcctcagtttgtctctctgtaaaatgggttaatagccgacccctgccagaccttgttaggattaagtaatagtgcacaggaaatgctcagtaccctgagtggccactgctggtggggaaacagcccctgggacctgctcacagcccacacctcccctccgcactcccaaacagaatggcaccttgaagatcatcgacaggaagaagcacatatttaaactggcacagggggagtacatagctcccgagaagatR9gaaaacatctaccagcggagtgaacctatcgctcaggtgtttgtccacggagagagcttgcaggtatgtgctgcctgagccaggagctctgtggc，上述序列中356位中的R9是A或C，导致ACSL1基因的多态性；(10)SEQ ID NO:10gaaaacatctaccagcggagtgaacctatcgctcaggtgtttgtccacggagagagcttgcaggtatgtgctgcctgagccaggagctctgtggcR10ggcgggacacatgtatgcctatagccggttcatattcattgcaaaaagcatcacaatattataagacgtccaggtaccttcagtgtagtgggaagtttgccacgtgtgtgaactggctttctgactctgactttgatgcctgacttgctagaacataatcaacacgttattgggttttgttgcttggcatttcttttctttttttctgttttctccccccatctattttgtaactagaaatttatgcctcttattcttggcagttcttagtctgctgtaccaagggaagtggcataaaaatactgggggataggtaaaaataagcttctaatttaattatgaggagaaatattgatatatgggttataagaa，上述序列中96位的R10是C或T，导致ACSL1基因的多态性；(11)SEQ ID NO:11tgaactggctttctgactctgactttgatgcctgacttgctagaacataatcaacacgttattgggttttgttgcttggcatttcttttctttttttctgttttctccccccatctattttgtaactagaaatttatgcctcttattcttggcagttcttagtctgctgtaccaagggaagtggcataaaaatactgggggataggtaaaaataagcttctaatttaattatgaggagaaatattgatatatgggttataagaaagcttagR11attttcagacatattaaacctaacttatttatggtataccttctgcatcattcttgagcaaatgatggtttggaagccagcatatcttaaggttgaaaaccaatgtattgcgatggaacctcatttgccaaaattctggacagatggtggaaaggaag，上述序列中272位的R11是A或C，导致ACSL1基因的多态性；(12)SEQ ID NO:12ctgtgaagctggctggaatggcccagaagggtctttatcccttcagaggcatctgtcctccttgcctcctttgacttcctggtctctttacaggttaaaggcatctatctccaccctgaactcttctctatcgacagtggccttctgaccccaaccatgaaggctaaaaggccagagcttcggaattatttcaggtcacagattgatgagctttactccaccatcaaagtctaatgcgagggaggaagcR12gaggggagtttgacaacggcaggaagggagggagcatctttgggtgcctcgtgcctccagattctcatcataggagcctggagggaatggaacactgccttacagccacc，上述序列中250位的R12是A或G，导致ACSL1基因的多态性。