[发明专利]用于对复杂异质群落中的微生物株系进行分析、确定其功能关系及相互作用以及基于此确定诊断和生物状态管理的方法、设备和系统

摘要

公开了用于对复杂异质群落中的微生物株系进行分析、确定其功能关系及相互作用以及基于此确定诊断和生物状态管理的方法、设备和系统。还公开了用于状态和状态畸变/偏离的诊断、分析和处理的方法，包括诸如生物活性改性剂的处理，所述生物活性改性剂诸如含有合成的微生物群集的生物活性改性剂。

主权项

1.一种方法，所述方法包括：获得至少两个样品集合，每个样品集合包括多个生物样品，所述至少两个样品集合中的至少一个样品集合被定义为处于第一状态，并且所述至少两个样品集合中的至少一个样品集合被定义为处于第二状态，其中所述第一状态不同于所述第二状态；检测每个样品中的多种微生物类型；确定每个样品中的所述多种微生物类型中的每种检出微生物类型的绝对细胞数量；测量每个样品中独特的第一标记物及其量，每个独特的第一标记物是检出微生物类型的微生物株系的标记物；基于所述样品中每种检出微生物类型的所述绝对细胞数量和所述样品中独特的第一标记物的数量及其相对量，确定存在于每个样品中的每种微生物株系的绝对细胞计数；测量每种微生物株系的至少一个独特的第二标记物，以确定每个样品中的活性微生物株系；生成所述至少两个样品集合的每个样品的活性微生物株系及其相应绝对细胞计数的集合；对所述至少两个样品集合的每个样品的所述活性微生物株系和相应绝对细胞计数进行分析以定义基线状态，其中所述基线状态包括指定的分类群和/或株系的存在或不存在或者特定丰度或活性；获得具有未知状态的至少一个另外的样品，所述至少一个另外的样品是来自生物样品来源的生物样品；对于所述至少一个另外的样品：检测一种或多种微生物类型的存在；确定每种检出微生物类型的绝对细胞数量；测量独特的第一标记物及其量，每个独特的第一标记物是检出微生物类型的微生物株系的标记物；从每种微生物类型的所述数量和所述独特的第一标记物的所述量确定每种微生物株系的所述绝对细胞计数；基于指定阈值测量每种微生物株系的至少一个独特的第二标记物，以确定所述微生物株系的活性水平；生成所述至少一个另外的样品的活性微生物株系及其相应绝对细胞计数的集合；对所述至少一个另外的样品的活性微生物株系及其相应绝对细胞计数的所述集合与所述基线状态进行比较，以确定与所述至少一个另外的样品相关联的状态；输出/显示所述确定的与所述至少一个另外的样品相关联的状态；如果所述确定的与所述至少一个另外的样品相关联的状态与所述基线状态实质上不同，则基于所述确定的状态来确定用于所述生物样品来源的处理；以及向所述生物样品来源施用所述处理。